Хмельницький зорганізував генеральну старшину й раду як державний орган, що вирішував важливі справи. Та згодом в останніх роках Хмельницький правив вже без генеральної, а може й без старшинської, ради.
Військо було поділене на полки, а в них була така полкова старшина: полковник, полковий обозний, полковий суддя, полковий писар, полковий хорунжий, полкові осавули, сотники, отамани. Решта полка поділялася на: «товариство» (на заслужених козаків без ранґи) та на козаків.
Можливо, що були ще й нижчі ранґи від отамана, та про те немає певних даних. Тогочасних полковників можна прирівняти до сьогочасних командирів корпусів. Полк часів Хмельницького — це була самостійна бойова формація, складена з усіх родів тогочасної зброї. Вона часто виконувала самостійні завдання; як напр. Кричевський під Лоєвом, Богун на Поділлі тощо.
Організація війська була поставлена Хмельницьким відразу на нових основах. Тоді, як давніше ядром збройної сили України були запоріжці, - тепер оправа ґрунтовно міняється. Назва «військо запорізьке» зберігається ще для традиції, хоч самі запоріжці числово губляться в морі козацької збройної сили. Ще якийсь час слідні впливи запоріжців і реєстрових, які створюють для української збройної сили підставу її бойової активности й військового знання. Алеж впродовж років війни все те вирівнюється і врешті помічаємо вже лише одноцілі полки як самостійні бойові одиниці в розумінні сьогоднішніх дивізій чи корпусів. То ж нашу характеристику поодиноких організаційних елементів козацької збройної сили слід стосувати лише до початкових років Хмельниччини; згодом же ж ця організація зазнала нових змін.
В мирний час полк складався звичайно з 500 козаків, поділених на 5 сотень, по 100 козаків кожна, з сотником у проводі. Сотня була тактичною одиницею і ділилася на десять чот (або «куренів»), по десять козаків з десятником чи отаманом у проводі. При сотнях були теж сотенні осавули.
Ю. Нарбут. Козак.
Під час воєн число козаків в полку дуже зростало. Звичайно полк налічував 1 000 — 4 000 козаків, а то й більше. Причиною такого збільшеного стану людей в полках було велике число молодих козаків, що впродовж перших трьох років служби звалися новиками або молодиками, і під час миру сповняли всіляку допоміжну, нераз і доволі важку, службу. Після трьох років новики ставали справжніми козаками. У походах їх приділювали на їх власне бажання до різних куренів так, що отаман мав під собою звичайно крім дев'яти козаків, ще й кільканадцятьох новиків. Через те чисельний стан куренів не завжди бував однаковий.
У війнах Хмельницького полки зростали в наслідок припливу великого числа охотників, селян-повстанців, що їх теж приділювано до різних куренів. В початках були навіть окремі повстанчі полки з осібними народніми полковниками; та гетьман скоро зліквідував ті полки, розділивши людей поміж реґулярні військові частини.
Запоріжці — або «славне військо запорізьке низове» — панували неподільно на «диких полях» і дніпрових островах. Хоч ті райони теоретично й належали Польщі, та там часто гуляли татарські загони, і насправді влада там належала запоріжцям із їх центром — українською Січчю. Відомі своєю відвагою, витривалістю, хоробрістю, вигадливістю в боях і незвичайною силою волі — вони викликували зацікавлення й подив усієї Европи; польське військо уважало запоріжців «характерниками» — й радо вітало їх як союзників в боротьбі проти татар. Самі ж запоріжці вважали себе нащадками княжих «воїв», підкреслювали це зчаста і навіть своє походження (як і всього українського народу) та своє воєнне знання виводили від старинних римлян. Поміж собою називали себе товаришами, товариством, лицарством.
Запоріжці були нежонаті і жінкам було заборонено заходити на Січ. Хто оженився, осідав у степу і вже не зараховувався до товариства. Запоріжцем міг стати кожен, хто пройшов певний окреслений вишкіл і своєю поведінкою, знаннями й характером був гідний доступити цієї високої почести. За прізвищем не питали і звичайно надавали собі різні ймення, які й характеризували запоріжців. Самі вони гордилися своєю безіменністю: «Хоч дивись на мене, та ба — не вгадаєш, звідкіль родом і як звуть — нічичирк не взнаєш»; або: «У мене ймення не одне, а єсть їх до ката, — так звуть, як набіжиш на якого свата».