Коперник проводил беспокойные часы, каталогизируя архивы капитула, которые в течение нескольких лет были перевезены в Ольштын для более надежного хранения в сокровищнице замка. Эти документы сохранили всю боевую историю епархии, от буллы папы Иннокентия IV в 1243 году, определившей границы Пруссии, и пергамента 1264 года, в котором Ансельм, первый епископ Вармийский, сообщал о планах возведении величественного собора во Фрауэнбурге. Сотни документов (буллы, соглашения, дарственные грамоты, купчие, завещания, рекомендации, петиции) хранились в нескольких ящиках. Разбирая и сортируя юридические материалы с красивыми официальными печатями, Коперник также находил время, чтобы писать новые воззвания к королю Сигизмунду, умоляя его укрепить силы, защищающие хранилище Ольштына:
«Всемилостивый князь и господин, Сигизмунд, милостью Божией король Польши, великий князь Литовский, властелин и наследный владыка Руси и Пруссии и наш всемилостивый господин», — обращался Коперник к его величеству 16 ноября. Он описал ужасные подробности произошедшего за день до этого вторжения в город Гутштадт, сдавшийся рыцарям, и выразил готовность умереть (что казалось весьма вероятным) при защите Ольштына.
«Ибо мы желаем делать то, что подобает благородным и честным людям, которые совершенно преданы Вашему Величеству, даже если нам суждено погибнуть. Всю нашу собственность и себя самих мы вверяем заботам Вашего Величества». Между тем он продолжал методично перечислять эту собственность: «Документы, касающиеся передачи главы святого Георгия из Гейльсберга во Фрауэнбургский собор», «документ короля Франции, касающийся подаренной частицы Креста Господня».
На этой картине кисти Станислава Самостжельника (1520) король Сигизмунд преклоняет колени рядом с епископом Краковским, чтобы получить благословение святого Станислава — покровителя Польши
Пехота Сигизмунда прибыла на помощь в конце ноября. Однако каноников Вармии присутствие солдат ничуть не успокоило, и они в ужасе бежали из замка. Только Коперник и каноник Генрик Шнелленберг проявили твердость и остались в Ольштыне. Там в декабре они встретили королевскую кавалерию, но даже и тогда два каноника не ослабили своей бдительности. Самое сильное испытание им пришлось пережить в январе 1521 года, когда Альбрехт и разросшаяся армия его ордена потребовали сдать замок. Затем, неожиданно изменив планы, Альбрехт просто разграбил близлежащие деревни и отошел в сторону Кёнигсберга, согласившись на временное перемирие. Тем не менее Коперник не переставал укреплять оборону замка. Он заказал из Эльбинга несколько телег с длинными ружьями — аркебузами — и свинцом для пуль, а также едой и солью. Подготовившись к эскалации конфликта, он вскоре получил донесение о подписанном 5 апреля в Торуни четырехлетием перемирии.
Мир ненадолго вернул Коперника к более рутинным управленческим делам. В мае 1521 года он курировал переуступку земельных наделов, освободившихся «после смерти Михеля одноглазого», «казни через отсечение головы Петера в Хоэнштайне за составление заговора» и еще по ряду причин. Как крестьяне, так и земля понесли потери из-за войны.
В июне капитул вызвал Коперника обратно во Фрауэнбург, чтобы восстановить порядок на севере, пока его способный друг Тидеман Гизе присматривал за Ольштыном. Новый — третий — срок Гизе на посту управляющего оказался самым тяжелым в его карьере. Несмотря на перемирие, рыцари продолжали опустошать Вармию, но это же перемирие не позволяло капитулу им ответить. Гизе писал петиции об устранении несправедливости, произносил эмоциональные речи о мирных отношениях на важных встречах между прусскими сословиями и Тевтонским орденом. Казалось, ничто не способно прогнать рыцарей из города и окрестностей Браунсберга, который они занимали с начала последней войны. И все же Гизе на переговорах был настойчив. Король и епископ обещали поддержать его на встрече в Грауденце, запланированной на март 1522 года. Сигизмунд должен был отправить своих эмиссаров, а Фабиан — посетить встречу лично. Но в итоге епископ тяжело заболел и не мог встать с постели, поэтому отправил вместо себя своего врача доктора Николая.
Коперник присоединился к Гизе в Грауденце, чуть запоздав из-за разлива реки Буды, которая затопила мосты и едва не помешала ему добраться до Фрауэнбурга. 18 марта он стоял рядом с Гизе перед собравшимися представителями и подтверждал факты совершенных рыцарями преступлений, которые тот перечислял. Через три дня он представил свой трактат о деньгах, написанный до войны, в котором сурово порицал неудачную практику чеканки, обрушившую валюту.