Коперник прервал свое изучение медицины, отучившись два года из полагавшихся трех. Так и не окончив ни одного из университетов, в которых учился, Коперник в мае 1503 года оправился в Феррару, где сдал экзамен по каноническому праву и получил докторскую степень. Некоторые специалисты считают, что он поступил так, дабы избежать кутерьмы во время ритуала вручения дипломов во дворе университета Падуи (или «Иль Бо», как его неофициально называли), не говоря уже о тратах на экзаменаторов и пирушку, которую должен был закатить выпускник. Из Феррары он вернулся в Польшу, в Вармию, где и остался навсегда.
Собор в Вармии стоял и по-прежнему стоит на холме, с которого открывается вид на Вислинский залив. Внушительная кирпичная церковь поднимается готическими башнями и шпилями из каменного фундамента, заложенного в XIV веке. Ее окружает несколько маленьких зданий, колокольня и колодец под навесом; периметр защищен высокими укрепленными стенами, которые увенчаны зубцами и бойницами. Ров и барбикан не сохранились, но уцелели толстые деревянные ворота и средневековые решетки, которые даже сейчас способны раздавить насмерть своим весом.
Поскольку собор построили в честь Девы Марии, то прилегающее поселение стало называться Фрауэнбург — «город Богородицы». Фрауэнбург (ныне известный как Фромборк) был одним из нескольких городов, входящих в епархию Вармии. Впечатляющий дворец епископа, куда доктор Коперник впервые приехал жить и работать на своего дядю, располагался в пятидесяти милях от Фрауэнбурга, в Гейльсберге (сейчас Лидзбарк-Варминьский). Это пятидесятимильное отдаление кажется чрезвычайно неудобным, учитывая, что для преодоления такого расстояния с помощью доступного в то время транспорта требовалось несколько дней, но епископу Ватценроде лишь иногда приходилось появляться в соборе. Так, например, 11 января 1510 года он прибыл туда во главе официальной процессии и доставил из самого Гейльсберга священную реликвию — якобы подлинную главу святого Георгия.
Князь-епископ Вармии управлял провинцией размером в четыре тысячи квадратных миль (большая часть территории ему принадлежала лично) с десятками тысяч жителей. Он подчинялся непосредственно королю Польши. Более того, Ватценроде за время пребывания на посту епископа успел послужить доверенным советником у трех королей подряд, разделяя с ними мечты о величии Польши и ненависть к облаченным в белые мантии рыцарям тевтонского ордена, земли которых окружали Вармию. Хотя этот военно-религиозный орден был основан крестоносцами в конце XII века в Святой земле, после падения Акры он переместился в Старую Пруссию, где его члены пустились во все тяжкие и стали опасны. Рыцари часто выступали из своего замка в Кенигсберге и грабили города Вармии, атакуя даже Фрауэнбург и его собор-крепость.
Епископ Ватценроде зачал в Торуни внебрачного сына, но своим законным наследником он считал талантливого младшего племянника. Проведя Коперника через несколько церковных санов, он сделал его врачом и личным секретарем епископа, так что в будущем юношу ждал безграничный карьерный рост, однако он, казалось, этого совсем не жаждал. Его мысли были далеки от вопросов власти, о чем свидетельствуют записи, которые Коперник вел в годы работы у епископа. В них описываются положения Марса, Юпитера и Сатурна во время парада планет в созвездии Рака в 1504 году, а также лунное затмение, случившееся 2 июня 1509 года.
Французский ученый-универсал Пьер Гассенди, спустя более ста лет после смерти астронома (в 1654 году) написавший первую дошедшую до нас биографию Коперника, отмечал, что тот лечил бедняков совершенно бесплатно. Хотя в этом легко и соблазнительно усмотреть широту души, у вармийских крестьян, скорее всего, попросту не было денег, чтобы ему заплатить, да он и не нуждался в их грошах. Помимо жалованья, полагавшегося ему как канонику, Коперник на протяжении тридцати пяти лет получал дополнительный доход от синекуры в церкви Святого Креста во Вроцлаве. Кроме того, кафедральный капитул Вармии выплачивал ему ежегодную премию за медицинскую помощь епископу, когда у того появлялись жалобы. Согласно архивным записям, когда в 1507 году епископ Ватценроде заболел, племянник успешно его вылечил.
Коперник публично выразил благодарность дяде, посвятив ему свою первую работу со словами «О, преподобный правитель и отец нашей земли». Представленный таким образом текст был отнюдь не великой теорией Коперника, а переводом писем некоего константинопольского моралиста VII века с греческого на латынь. Коперник обнаружил 85 наставительных, пасторальных и любовных писем Феофилакта Симокатты в библиотеке капитула в книге под названием «Эпистолографы». Эти послания читаются скорее как басни и поучения, нежели письма, но, по собственному выражению Коперника, они понравились ему потому, что «Феофилакт так перемешал веселье с серьезностью и игривость со строгостью, что всякий читатель сможет выбрать из этих писем то, которое ему понравится больше всех, словно цветок в саду».