Изменения, которые были отражены в акте, поистине удручающие. Особенно пострадали кисти рук. Словом, состояние тела было тяжелым, что в заключении определено как "посмертные изменения в виде усыхания и размягчения частей тела, резкие изменения окраски".
К вечеру Воробьев, Збарский и Шабадаш остались в холодном (t -2,5° по Реомюру (около 0 °C) неуютном склепе одни. Надо было начинать работу. Прежде всего следовало расшить все наложенные ранее шпагатные швы на голове и по срединной линии тела, осмотреть полости, определить зоны и места размягчения и приступить к первым неотложным мерам — фиксации всех тканей формалином. Воробьев, сняв пиджак и надев халат, глядя на оробевшего Збарского, которому не приходилось еще соприкасаться с трупами, в сердцах заметил: "Вот, я так и знал! Вы были главным заводилой и втащили меня в это дело, а теперь ведете себя недотрогой. Извольте все с нами делать вместе".
В этот вечер решено было наложить на лицо, кисти рук и на переднюю поверхность тела вату, смоченную в 1 %-ном растворе формальдегида. Общий план дальнейших действий определялся анализом состояния тела. Было по крайней мере ясно, что надо начинать с фиксации тела формальдегидом. Пути его введения, как ранее и высказывался Воробьев, возможны через сохранившиеся артерии, инъекции иглами и, наконец, путем погружения тела в ванну, наполненную формалином, с предварительно сделанными надрезами кожи в слабофиксированных или труднодоступных зонах.
Повреждения тканей тела, в частности его усыхание, произошли, как полагал Воробьев, в связи с недостаточным содержанием глицерина в бальзамирующей жидкости, которую применил Абрикосов. Другие изменения явились результатом замораживания и обморожения тела при его переносе из Горок на станцию Герасимово, затем частичным оттаиванием в Колонном зале (там температура иногда поднималась до + 5, + 10 °C) и весенними колебаниями температуры во время пребывания тела в склепе. Похоже, однако, что как раз холодная зима и весна и спасли тело от полной гибели к марту.
К счастью, все организационные проблемы, которые взял на себя Збарский, решались быстро и оперативно с помощью Дзержинского, в ту пору обладавшего огромной властью. Все необходимые для работы инструменты, приборы и реактивы доставлялись незамедлительно. Была срочно изготовлена деревянная ванна, которая, несмотря на покрытие ее изнутри парафином, сильно протекала, в связи с чем на заводе "Каучук" сделали другую, резиновую. Отдельно для кистей рук были изготовлены большие резиновые перчатки, а для головы — закрытый цилиндр с отверстием на боковой стороне.
27 марта 1924 года была увеличена концентрация формальдегида с 1 до 2 % для обкладки тела смоченной в формалине ватой. Полости тела (брюшную и тазовую) промыли уксусной кислотой. Начали инъецировать раствор формалина в места, где на ощупь определялись размягчения тканей. Решено было повысить температуру в склепе с +3 °C до +15–16 °C, то есть приблизить ее к условиям обычного сохранения музейного материала. В склепе были установлены электрические плитки. Воробьев, Збарский и их помощники не покидали склеп ни днем ни ночью, беспокоясь больших перепадов температуры воздуха, мало спали, питались всухомятку. Узнав об этом, Дзержинский распорядился, чтобы к склепу подвели трамвайные рельсы и поставили вагон со всеми бытовыми удобствами.
31 марта 1924 года было решено произвести погружение всего тела в ванну с 3 %-ным раствором формальдегида. В это же время наладили местные отдельные "ванны" для рук и головы. На руки надевались перчатки, которые фиксировались резиновыми бинтами на запястьях и через разрезанный кончик одного из пальцев перчатки в полость вводили растворы. На голову надевали резиновый цилиндр, фиксируя его к шее резиновыми бинтами. Через отверстие, которое приходилось против носа, вводили в полость растворы и наблюдали за лицом.
В Институте биохимии Збарский, будучи заместителем директора, отвел на первом этаже изолированную комнату для проведения экстренных опытов. В дальнейшем здесь испытывали действие перекиси водорода для отбеливания кожи, свойства уксуснокислого калия и т. д.
В течение почти всего долгого периода бальзамирования Воробьева более всего беспокоила проблема темных пятен на лице и кистях рук. С первых же дней он активно стал их обрабатывать перекисью водорода. Испытание перекиси в лаборатории показало, что эффект побеления пятен оказывается временным. Гораздо лучше применение перекиси после энергичной обработки уксусной кислотой, которую стали применять в виде аппликации, внутрикожных и даже внутримышечных инъекций. К радости Воробьева, пятна стали постепенно исчезать. В дальнейшем при обработке перекисью стали добавлять и аммиак для создания щелочной среды, активизировавшей действие пергидроля.