Воробьева не удовлетворяли медленное и неполное пропитывание тканей тела формалином, и он не был уверен, что последующие растворы будут легко проникать в ткани без разрезов кожи на теле. А можно ли их сделать? "Не думаете ли вы, — обратился он к Збарскому, — что в правительственных кругах не одобрят такие манипуляции?" Когда же Воробьев обратился к Б. С. Вейсброду и В. Н. Розанову — официально уполномоченным контролировать и наблюдать за процессом бальзамирования с этим вопросом, ответы были уклончивы: "Действуйте, как вам кажется необходимым, мы же только наблюдаем". А Розанов ответил: "Я вообще за мертвого не боюсь, а вот за живых опасаюсь". На что Збарский справедливо ему заметил: "Есть много русских пословиц на этот счет. Например: "Дуракам половину работы не показывают".
В начале апреля было решено обработать полость черепа. Из разреза в затылочной области была обнажена кость, в которой выпилили отверстия, через которые удалили бывшую там вату и сгустки крови. Кости черепа скрепили платиновой проволокой, просверлив в них бормашиной отверстия. Сделанные в затылочной кости отверстия позволили свободно проникать жидкости снаружи из ванны в полость черепа.
В течение нескольких дней тело находилось в ванне, наполненной 3 %-ным раствором формальдегида. На передней и задней поверхностях тела было сделано около 20 глубоких разрезов, с тем чтобы вскрыть основные фасциальные пространства на передней стенке живота, плечах, предплечьях, на бедрах, голенях и сзади вдоль длинных мышц спины и в ягодичной области. Эти разрезы позволили хорошо пропитать глубокие мышечные массивы формалином, а затем и бальзамирующими растворами. Впоследствии они же доставили и множество хлопот в связи с трудностью их заделки. В дальнейшем Воробьев рассек кожу ладони и нижних поверхностей пальцев на обеих кистях рук.
В течение всего апреля ежедневно Воробьев упорно и по многу часов отбеливал темные участки кожи на лице, кистях рук и на туловище, применяя иногда даже неразведенную, то есть 30 %-ную, перекись водорода. Разумеется, это привело к слущиванию рогового слоя эпидермиса на лице, однако косметически было вполне допустимо, даже сыграло в дальнейшем положительную роль, улучшив проницаемость кожи для бальзамирующих растворов.
Через неделю тело было погружено в ванну с 20 %-ным спиртом, а голова и кисти рук — в локальные ванны с 30–35 %-ным спиртом. Такая спиртовая обработка продолжалась 6 дней. При контакте этилового спирта с гемоглобином образуются окрашенные в красный цвет соединения (метгемоглобин), улучшающие цвет кожных покровов, что было впоследствии доказано П. А. Минаковым и Н. Ф. Мельниковым-Разведенковым. Кроме того, спирт способствует удалению эпидермальных липидов, главным образом холестерина и фосфолипидов, что также увеличивает проницаемость кожной защитной пленки. Думаю, однако, что главными аргументами применения спиртовых ванн у Воробьева был его собственный музейный опыт.
С середины апреля в ванну стали добавлять глицерин, доведя его концентрацию до 20 % при 25–30 % спирта. После двухнедельного пропитывания в спирт-глицериновой ванне, в мае тело погрузили в водный раствор глицерина.
Некоторое размягчение тканей позволило в конце апреля вставить глазные протезы с наложением на края век 2–3 швов. В это же время были наложены швы через толщу верхней и нижней губ, прекрасно сомкнувшие ротовую щель. Узлы этих швов прикрыты усами и бородой и внешне совершенно незаметны.
Много волнений доставляла неравномерность пропитывания кожных покровов, которая придавала вид "зебристости", чередования темных и светлых пятен, полос или точек на лице. По мере пропитывания тела эти дефекты постепенно исчезали. Иногда Воробьев предлагал "зигзаги", периодически погружая голову и кисти рук в ванны с 1 %-ным раствором формальдегида. В мае почти все пигментные пятна на открытых частях тела практически стали незаметными.
В начале июня в ванну стали добавлять уксуснокислый калий. Воробьев, как и все анатомы, пользовался своеобразными расчетами нужных концентраций. Своим помощникам-анатомам он приказывал мерить глицерин или ацетат ведрами на глазок, пудами или бутылями, что приводило в шок привыкшего к точности химика Збарского, который каждый раз пытался пересчитать состав ванны в литрах, килограммах и процентах.