Созванная 19 января 1939 года комиссия (Абрикосов, Бурденко, Гращенков, Дешин, Карузин, Сперанский) полностью одобрила этот план и в своем решении записала пункт о срочном сооружении нового саркофага.
В том же году было начато его изготовление по проекту А. В. Щусева с участием скульптора Б. И. Яковлева и инженера-светотехника Н. В. Горбачева, а окончательно оформлен он после войны, в сентябре 1945 года.
Саркофаг в законченном виде безупречен с художественной точки зрения, а инженерная конструкция позволяет добиться идеального освещения лица и кистей рук, а также постоянно контролировать температуру и влажность воздуха внутри саркофага. Тело, помещенное в новый саркофаг, сразу приобрело другой вид — розовый оттенок фильтров "оживил" кожные покровы, устранение теней сделало лицо и кисти рук объемными.
Комиссия 1939 года решила также создать научную лабораторию, в состав которой вскоре ввели С. Р. Мардашева (биохимик), М. А. Барона (гистолог), Б. И. Лаврентьева (гистолог), Д. Н. Выропаева (анатом) и А. Н. Шабанова (хирург, зам. наркома здравоохранения СССР).
Любопытно, что эта комиссия все-таки не прошла мимо замечания Молотова, вела себя придирчиво и отметила ряд изменений: чуть-чуть приоткрытые веки, дефекты в области пястно-фаланговых сочленений и др. Збарский заверил комиссию, что эти дефекты легко устранимы, известны с самого начала бальзамирования, хотя на самом деле все было гораздо сложнее.
Итог работы комиссии превосходен: "Задачу сохранения тела В. И. Ленина надо считать блестяще разрешенной".
Опыт работы с тремя комиссиями (1924, 1934, 1939 годов) привел Збарского к двум важным заключениям: 1) состав комиссии (список экспертов) надо формировать самому директору лаборатории, а не ждать, пока кто-то другой ее назначит в неизвестно каком составе, и 2) включать в комиссию следует самых крупных ученых, независимо от их узкой специальности, ориентируясь прежде всего на государственный и научный авторитет и, что очень важно, порядочность. Жизнь потом подтвердит житейскую мудрость этих неписаных правил. Збарский отлично понимал, с каким опасным материалом имеет дело.
По разным поводам, включая и особое мнение и своеобразные предложения по улучшению бальзамирования и просто в связи с доносами (закрытыми и открытыми), в лабораторию в предвоенные годы многократно направлялись придирчивые высокие комиссии, которые доставили много тревожных, тягостных и неприятных переживаний руководителям и сотрудникам лаборатории.
ТюменьОдним из сложных периодов в истории лаборатории была эвакуация тела Ленина в тогда еще маленький сибирский город Тюмень во время войны 1941–1945 годов.
Это второе "путешествие" Ленина, длившееся 1360 дней с июля 1941 года по март 1945 года, впервые кратко упомянуто Б. И. Збарским в его книге "Мавзолей В. И. Ленина" (1946).
Любопытно, что об этой эпопее до выхода книги Б. И. Збарского, в сущности, никто не знал: так четко была налажена конспиративная служба.
Уже через десять дней после нападения фашистской Германии возникла реальная угроза бомбежек Москвы. Военная комиссия, обследовавшая 4 июля 1941 года Мавзолей, пришла к выводу о целесообразности эвакуации тела Ленина в другое, безопасное место.
Комендант Кремля Н. К. Спиридонов немедленно уведомил Б. И. Збарского о возможной эвакуации тела Ленина. Б. И. Збарского вызвали в Кремль к А. И. Микояну и Л. М. Кагановичу. На вопрос, можно ли перевезти и сохранить тело Ленина в непривычных условиях, Б. И. Збарский ответил: "Конечно, это представляет трудности, но это выполнимо".
В докладной записке на имя наркома НКВД Л. П. Берия Збарский изложил суть дела. О предстоящем отъезде Збарский известил также и наркома здравоохранения Г. А. Митерева. В ночь со 2 на 3 июля было принято решение правительства, подписанное И. В. Сталиным, об эвакуации тела В. И. Ленина в Тюмень. Почему был выбран этот заштатный сибирский город? Не исключено, что это было связано с какими-то воспоминаниями Сталина о сибирской ссылке. 3 июля в 5 часов утра о решении правительства Б. И. Збарскому сообщили официально и просили подготовить все необходимое к отъезду сегодня же к вечеру.
В тот же день был изготовлен гроб из прочного дерева (чинары). На краях крышки были сделаны продольные выступы, входившие в пазы по периметру основания гроба. Заказан был и щит из целлулоида для прикрытия лица бальзамированного тела. Стеклянная полуванна, в которой обычно покоилось тело Ленина, не годилась для перевозки — она была слишком тяжела (вес ее был более 100 кг), к тому же она в дороге могла расколоться. Тело было обернуто простыней, смоченной бальзамирующим раствором, которую скрепили резиновыми бинтами. Стенки деревянного гроба были пропитаны парафином, пазы по краям гроба для герметизации заполнили вазелином. К 16 часам тело было уложено в деревянный гроб, затем помещено в прочный ящик. Гроб вынесли из Мавзолея красноармейцы, поместили его в кузов грузового автомобиля и по улицам опустевшей Москвы повезли к Казанскому вокзалу. Кортеж прибыл на один из далеких запасных путей, где уже стоял специальный поезд, состоявший из вагона-холодильника, двух вагонов для охраны, вагона-салона для Б. И. Збарского, С. Р. Мардашева, И. Б. Збарского и их семей (Р. Синельников приедет в Тюмень позже), двух грузовых вагонов, куда были заранее привезены необходимое оборудование и химические реактивы. В 17 часов тело было сдано по акту Б. И. Збарскому и внесено в вагон-холодильник, перегороженный на 2 половины; в одну из них поместили гроб с телом, в другой была поставлена вооруженная охрана. 4 июля 1941 года в 19 часов состав, охраняемый 15 солдатами и 5 командирами, медленно тронулся в путь, увозя тела Ленина из Москвы на долгие годы.