Война затягивалась, осенне-зимнее наступление немцев на Москву было остановлено и успешно отбито; немецкая армия понесла большие потери. Однако до конца войны было еще очень далеко.
В январе 1942 года случилось неожиданное осложнение. Вначале на простыне, покрывавшей ванну, а затем на голенях и частично на теле Ленина появились темные точечные пятнышки, которые при исследовании оказались грибками, занесенными с плохо простерилизованного материала (вода, вата, марля, простыни, халаты стерилизовались и завозились из Омска). Это уже был второй случай заноса грибков, первый был в 1933 году, когда грибки оказались на знамени Парижской коммуны (некоторые из видов грибков
могут существовать практически в любой, даже самой неблагоприятной среде). С этим осложнением быстро справились, обработав места поражения формалином и перекисью водорода. В дальнейшем, по предложению Н. Н. Бурденко, в лаборатории были введены строгие правила хирургической антисептики. Во время работы персонал стал надевать стерильные халаты, маски, бахилы, по правилам обрабатывать руки, применять только асептический (стерильный) материал.
В июле 1942 года, ровно через год после отъезда из Москвы, Б. И. Збарский послал письмо на имя Л. П. Берия с просьбой направить комиссию для контроля за ходом работ по сохранению тела В. И. Ленина в составе академиков А. И. Абрикосова, Н. Н. Бурденко и А. Д. Сперанского.
Комиссия работала 13 и 14 июля, отметив в акте, что в результате пере- бальзамирования наступило улучшение цвета кожных покровов, исчезновение пятен, улучшение эластичности тканей, уменьшение складчатости на сгибах конечностей, увеличение веса тела.
А. И. Абрикосов утверждает, что в результате перебальзамирования "тело значительно улучшилось, особенно лицо и руки", а А. Д. Сперанский считает результат перебальзамирования превосходным: "Совершенно необыкновенно точно посвежевшее лицо. Тело в прекрасном состоянии". Н. Н. Бурденко почему-то более всего был поражен сохранностью подвижности в суставах: "Какая замечательная подвижность в плечевом и локтевом суставах!" Более того, комиссия полагает, что найдены пути устранения гидролиза жира."… Коллектив провел большую работу, позволяющую считать указанную задачу (гидролиз жира в коже и подкожной клетчатке) решенной".
Решена же эта задача была весьма паллиативно. Разумеется, хорошая фиксация тела формалином, которая является первой предупредительной мерой, сохраняющей жировую клетчатку, уменьшает опасность выхода жира из жировых долек за счет уплотнения оболочек жировых клеток, однако это не спасает от медленно идущих гидролитических и окислительных процессов. Разработаны же на самом деле полезные способы замещения утраченных объемов жировой клетчатки путем подкожного или внутримышечного введения через тонкие иглы инертных масс, состоящих из 4 основных компонентов: вазелина, воска, парафина и желатина.
На следующий год, в октябре 1943 года, Б. И. Збарский направляет в правительство следующее обращение: "В связи с приближающимся 20-летием со дня смерти В. И. Ленина прошу назначить комиссию для заслушивания моего отчета о работе по сохранению тела В. И. Ленина в течение 20 лет. Комиссию, — продолжает Б. И. Збарский, — прошу назначить в следующем составе: народный комиссар здравоохранения Г. А. Митерев, академики А. И. Абрикосов, Н. Н. Бурденко, Л. А. Орбели и А. Д. Сперанский".
Все вышло, как просил Б. И. Збарский, и комиссия прибыла в Тюмень в ноябре 1943 года. Комиссия провела в Тюмени неделю и составила превосходный акт.
"Мое впечатление, — заявил тогда Н. Н. Бурденко, — что это величайший эксперимент в анатомии и биохимии".
Следующий, 1944 год, по сути, был годом подготовки к возвращению в Москву. Большая работа была проведена по устранению пигментных пятен,
а также исправлению пропорций некоторых областей (губы, носогубные складки, крылья носа и др.). Впервые М. А. Бароном были проведены тщательные гистологические исследования кожи и мышечной ткани бальзамированного тела. Появилось время для начатой еще в Москве и незаконченной работы по подбору наиболее подходящих цветных фильтров, которые бы при освещении объекта придавали кожным покровам "живой" вид. Светофильтры готовили вручную, окрашивая стекла с помощью гистологических красителей (эозин, азур, судан и т. д.).