Кроме того, Дания видела пример Бургундских Нидерландов и Англии, поэтому было решено строить регулярный флот. Но где взять деньги? Ведь флот — вещь очень затратная. И чтобы достать деньги на строительство, было решено воспользоваться географическим положением. Дело в том, что Дания владела на тот момент обеими сторонами Балтийских проливов и король решил обложить пошлиной все иностранные торговые суда, проходящие через Зунды. Естественно, морские нации это не устраивало, и за отмену или снижение Зундской пошлины шла серия войн. Тем не менее на 1520-е годы (времена Кристиана II) датчане брали один золотой нобль с четырех ласт товара (ласт — мера веса, равен 72 пудам или 1170 кг). Получалась своего рода косвенная система налогообложения — стоимость прохождения через Зунды напрямую зависела от количества товара, при этом суда, следующие на Балтику или из Балтики в балласте (пустые), ее вообще не платили. Те, кто пытались не платить и были пойманы на этом, платили дополнительно к пошлине штраф — 100 золотых ноблей. Для силового решения вопроса были построены мощные крепости Кронеборг, Хельсинборг, Ниборг и Мальмёхус.
В свою очередь, Любек решил опереться на шведских сепаратистов из числа высшей знати (включая и регента Швеции Стена Стуре-старшего), которые тяготились властью Копенгагена. В 1495 году начались военные действия между Россией и Швецией на территории Карелии, русские войска осадили Выборг. Эта осада не увенчалась успехом, однако на следующий год русские с ходу взяли Нейшлот и огнем и мечом прошлись по южному побережью Финляндии и Ботнического залива.
В ответ войска Стена Стуре переплыли на кораблях к Нарве и внезапно атаковали Ивангород, предав его жителей поголовному истреблению. Русские были вынуждены заключить перемирие со шведами на шесть лет.
В 1501 году в войну со Швецией вступила Дания, которой стремление Стуре выйти из Кальмарской унии совсем не нравилось. Вялотекущая война длилась восемь лет, а в 1509-м подтянулись новые игроки. На сторону Швеции встал Любек, тогда как на сторону Дании — Бургундские Нидерланды, а чуть позже и Шотландия с Англией. В свою очередь, в 1509 году Ганзе удалось склонить на свою сторону императора Священной Римской империи Максимилиана I. Он настроил против Иоганна Датского Брабант, Фландрию, Голландию, Ватерланд (Нижнюю Голландию) и Фрисландию. Шлезвиг-гольштейнский герцог Фридрих вызвался быть посредником между Данией и Ганзой. Переговоры начались 23 января 1510 года и продолжались до конца марта, но закончились они ничем.
Казалось, Дании ничего не остается, как заключить мир, однако на ее сторону неожиданно встали ганзейские же города Гамбург и Данциг, начав поставки вооружения и продовольствия Иоганну. В этих действиях не было никакого внутреннего раскола, просто купцы Гамбурга и Данцига хотели подзаработать на продаже оружия не хуже Любека и союзных ему городов.
В дальнейшем император Максимилиан I решил полностью изменить свой политический курс. 3 февраля 1511 года он объявил: «Было бы неправильно, если бы Ганза получила какое-то преимущество в торговле с Северными странами, которым она бы несомненно злоупотребила». К тому же в Швеции 2 января 1512 года умер регент Сванте Стуре, и ему наследовал Стен Стуре-младший. Стен, понимая, что в Швеции разгорается междоусобица, поспешил заключить мир с Данией.
Ганза, терпя большие убытки от действий бургундских каперов, не могла больше продолжать борьбу, поэтому 23 апреля 1512 года в Мальмё подписала мирный договор с Иоганном Датским, согласно которому Ганза выплачивала Дании гигантскую сумму в 30 тысяч рейнских гульденов, разнесенную на 12 лет (по 2500 гульденов в год).
Ганза разрешала Дании торговать с Бургундскими провинциями по своему усмотрению, Дания, в свою очередь, позволяла Ганзейскому союзу вести торговлю со Швецией при условии, что Ганза признает возвращение Швеции в унию и Швеция будет союзна Дании. В случае если Швеция когда-либо начнет военные действия против Дании, торговля Ганзы со шведами должна была быть прекращена.