Тем не менее, только 7-я дивизия перешла к активным действиям. Узнав о планах восстания, Амин арестовал большинство офицеров, замешанных в заговоре, включая пилота, который должен был сделать сигнальный выстрел. Некоторые заговорщики были казнены. Однако, по словам Гулябзоя, были составлены и другие заговоры с целью убить президента. Один из них, например, состоял в том, что группа личных охранников Амина, вооруженных саблями, отрубит ему голову. Что не вызывает сомнения, так это то, что Амин больше не мог полностью доверять многим из своего окружения. Поэтому он все настойчивее просил прислать ему советских охранников и все более возлагал свои надежды на советскую военную помощь. Москва посоветовала ему переехать во дворец Тадж-Бек в предместьях города, где советские солдаты будут менее заметы для жителей Кабула.
В конце ноября 1979 года, советский первый заместитель министра внутренних дел Виктор Папутин вылетел в Кабул, чтобы проинспектировать воинские части своего министерства в Афганистане. За время пребывания в Кабуле он подготовил отчет в Москву об общей ситуации в стране. Дезертирство и падение дисциплины, по его мнению, сделали положение в Афганской армии критическими, а оппозиция стояла на грани захвата власти. Папутин призывал к немедленной отправке частей Красной армии в охваченную волнениями страну. Телеграмма не была подписана, как положено, тремя из главных советских представителей в Афганистане, так как те недавно были отозваны, а заменить их было некем. Резкий отчет Папутина был плохо принят советским руководством. После возвращения в Москву в декабре, он покончил жизнь самоубийством при загадочных обстоятельствах. Мотивы самоубийства Папутина так и остались тайной, но можно предположить, что они были связаны с оказанным на него давлением. 10 декабря министр обороны Устинов вызвал в Москву Виктора Заплатина, главного советского политического советника Афганской армии, чтобы обсудить с ним беспокойные новости. Сообщение Заплатина было менее тревожным, чем отчет Папутина, но все же не могло соперничать с отредактированными отчетами, которые Политбюро направляло Брежневу, к тому времени проводившему большую часть времени на своей даче.
Устинов был сердит.
— Вы в Кабуле не можете даже договориться между собой о том, что происходит, — прошипел он. — А мы в Москве должны принимать решения. Как же мы, по вашему мнению, должны это делать?
В Москве росло беспокойство, что если ничего не будет сделано, чтобы помочь остановить растущее восстание в Афганистане, Амин может обратиться к Вашингтону с просьбой послать в страну американские вооруженные силы. В начале декабря руководитель КГБ Юрий Андропов направил Брежневу свой меморандум, в котором доказывал необходимость предпринять решительные действия. Большинство участников тех событий полагают, что именно этот меморандум окончательно убедил советского руководителя в необходимости вторжения. Были начаты приготовления на случай, если принятое решение будет положительным. 9 и 10 декабря в Баграме высадились 520 офицеров и солдат советского 154-го особого отряда спецназа — «Мусульманский батальон».
Два дня спустя правящее меньшинство Политбюро наконец решило устранить Амина. Секретность, окружавшая это совещание, как и расплывчатость принятой директивы, делали весьма неясной роль самого Политбюро в убийстве Амина и в начале войны. Выдающийся историк этого конфликта, генерал Александр Ляховский, который позже сам принял участие в войне, убежден, что, вопреки распространенному мнению, советское руководство не давало прямого указания послать советские войска в Афганистан. По мнению Ляховского, директива 12 декабря непосредственно касалась только устранения Амина. Решение же использовать советские сухопутные войска в качестве сил поддержки было принято с запозданием. Никто из тех, кто выступал за решительные действия, не предполагал, что арест правительства разожжет уже тлевшую войну.
Однако, 13 декабря КГБ санкционировало план отравить трех человек, которые, как тогда считалось, держали в своих руках всю власть в Афганистане, — самого Амина, его племянника Асадуллу Амина, занимавшего множество должностей, в том числе пост начальника контрразведки, и главу генерального штаба Мохаммеда Якуба. Бабрак Кармаль вернулся в Афганистан из Праги, куда Тараки назначил его послом. Он и трое бывших министров из «группы четырех», которые были тайно вывезены из Афганистана, с нетерпением ждали, когда Советский Союз нанесет удар и вернет их к власти.
«Мусульманский батальон» и подразделение советских десантников должны были захватить министерство связи и другие ключевые объекты в Кабуле. Туркестанскому военному округу Советского Союза было приказано провести мобилизацию резервистов и привести все части в полную боевую готовность. Там не знали о намерении устранить Амина, с Политбюро не требовали план вторжения, когда его члены 12 декабря приняли решение убить афганского президента.