Для одного из ночных нападений на советский конвой в Панджшерской долине командир Зияи, непосредственно наблюдавший за всем с холмов наверху, разместил тридцать из своих бойцов на километровом участке вдоль притока реки Панджшер, к югу от провинции Бадахшан. Когда внизу в долине послышался шум советской автоколонны, которую они ждали, моджахеды обстреляли ее из двух гранатометов РПГ-2 и двух РПГ-7 и сделали по ней около ста выстрелов из своих «Калашниковых» (количество боеприпасов для каждого бойца было строго нормировано). Зияи утверждал, что тогда его людьми было убито более четырехсот советских солдат, в то время как другие отряды моджахедов заблокировали ниже в долине несколько сотен танков и бронетранспортеров.
Однако вскоре советское командование начало новую операцию против войск Масуда в Панджшерской долине. Одновременно было развернуто наступление в провинции Пактия к юго-востоку от Кабула и другое, еще более крупное, в Кунарской долине в непосредственной близости от пакистанской границы. В результате этих наступательных операций силы моджахедов были отброшены еще дальше от основных транспортных магистралей, многие из их отрядов оказались в сложной ситуации, а некоторые полевые командиры были ранены. В их числе был и Исмаил Хан, действовавший в провинции Герат, большинство населения которой бежало в Иран. Многие группировки моджахедов, лишившись снабжения, были вынуждены затаиться, чтобы переждать советские воздушные и наземные атаки.
В конце 1984 года погиб другой крупный командир моджахедов, Забиулла, отряды которого действовали на севере страны. Забиулла, как и Масуд, подчинялся Раббани, поэтому некоторые подозревали боевиков известного своей ксенофобией Хекматьяра в том, что те специально установили мину, на которой подорвался джип Забиуллы. Так или иначе, с его смертью нарушилось то хрупкое единство, которое только начало складываться среди пользовавшихся поддержкой Ирана шиитских группировок в Хазараджате.
После длительной командировки в Кандагар Владимир Костюченко был переведен на одну из военно-воздушных баз в Сибири. Но опытный пилот вертолета чувствовал себя слишком разбитым, чтобы смотреть фильмы, слушать музыку или убивать время другими не менее приятными способами. Его первой реакцией, к тому же сопровождавшейся непроизвольными приступами депрессии со слезами, что только вызывало дополнительные трудности, было избегать людей. Другие ветераны Афганистана, которых он знал, часто наоборот становились агрессивными. Один, например, мог стоять на балконе своей квартиры и мысленно бросать гранаты в припаркованные внизу автомобили, а затем представлять себе мертвых и раненных, плавающих в собственной крови. Костюченко был больше всего шокирован гибелью мирных людей, свидетелем которой он был не раз: как случайно или целенаправленно уничтожали селения, как солдаты штыками закалывали детей и убивали всех остальных жителей, казалось бы, невинной деревни. Особенно запомнился пожилой человек — один из нескольких афганцев, эвакуированных из деревни, которую они сами же незадолго до того помогли разбомбить, оставив лишь груду щебня. Этот человек чем-то напоминал ему отца. Он никак не мог стереть из памяти этот образ.
Сразу после того как Михаил Горбачев сменил Константина Черненко на посту главы Советского Союза в марте 1985 года, Костюченко вновь был направлен в Афганистан. На этот раз ему пришлось служить близ бурной реки в Джелалабадской долине. Казалось, что это какая-то другая война, так как здесь действовали приказы избегать гибели гражданских, насколько это возможно. Вместо того чтобы стрелять по всему, что движется по земле внизу, патрулировавшие окрестности вертолеты должны были останавливать автомашины и проверять их пассажиров. Правда, такая осторожность только увеличивала потери среди советских войск.
Костюченко принимал участие в нескольких операциях по выкуриванию повстанцев из Панджшера, которые обычно предпринимались после того, как афганские агенты сообщали Советам местонахождение баз моджахедов или приближающихся караванов. В 1985 году во время одной из таких миссий в горах около города Саравби к востоку от Кабула планировалось уничтожить большую группу повстанцев, которые, как предполагалось, скрывались в нескольких близлежащих пещерах. Операции в горах считались особенно опасными, так как вертолет мог попасть под огонь гранатометов и пулеметов, стрелявших, казалось бы, ниоткуда, но все же машины гибли редко: чаще всего они получали повреждения и делали вынужденную посадку. Члены экипажей нескольких вертолетов, подбитых в течение первого дня той операции, были спасены другими вертолетами, которые приземлялись, пока другие прикрывали их с воздуха. Командир одного из пострадавших вертолетов, экипаж которого Костюченко спас на своем Ми-8, несмотря на побелевшее от ужаса лицо, клялся, что он должен вернуться за своим забытым автоматом Калашникова. Когда десантники обнаружили пещеру, откуда велся огонь по его вертолету, то увидели, что вход в нее был закрыт серым одеялом, из-за чего ее невозможно было засечь с воздуха. Внутри они нашли керосиновую горелку, запас винтовок и гранат и чайник, который был еще теплым. Спасшийся советский командир был убит на следующий день.