На всеобщих выборах в июле 1963 победу одержал лидер партии Гражданский радикальный союз народа (основана в 1957) А. Ильиа, предвыборная программа которого содержала ряд важных общедемократических и антиимпериалистических положений: отмена репрессивного законодательства, восстановление конституционных прав, перераспределение национального дохода. В ноябре 1963 правительство Ильиа объявило аннулированными контракты, заключённые с нефтяными монополиями США в 1958—61. Народные массы требовали от правительства проведения социально-экономических реформ, способных вывести страну из кризиса, однако правительство проявляло нерешительность и колебания и пошло на существенные уступки иностранным монополиям и внутренней реакции. Невыполнение правительством Ильиа его предвыборной программы, ухудшение экономического положения в стране, сопровождавшееся снижением жизненного уровня народа, рост безработицы вызывали недовольство правительством и привели к падению его авторитета среди широкой общественности. 28 июня 1966 в А. был совершен государственный переворот. Военное командование сместило Ильиа с поста президента. Захватив власть, «революционная хунта» распустила Национальный конгресс, провинциальные законодательные органы власти и запретила все политические партии. Президентом был назначен генерал-лейтенант Х. К. Онганиа. В принятом его правительством т. н. революционном статуте было зафиксировано, что президент республики взял на себя выполнение всех законодательных функций, которые конституция страны предоставляет конгрессу. Одной из главных целей внутренней политики правительство Онганиа провозгласило «искоренение деятельности коммунизма». Уже в августе 1967 был принят закон «о защите от коммунизма», по которому лица, обвиняемые в деятельности, «основанной на коммунистической идеологии», подвергаются тюремному заключению на срок от 1 года до 8 лет, а лица, «рассматриваемые в качестве коммунистов», увольняются как с государственной службы, так и с работы в частных предприятиях. Тогда же правительство Онганиа приняло закон «о гражданской обороне», согласно которому в случае внутренних волнений могут быть мобилизованы все граждане в возрасте от 14 до 60 лет. Придерживаясь в области экономики «политики свободного предпринимательства», правительство Онганиа приняло в 1967 закон о нефти, а также закон об аренде земли (см. раздел Экономико-географический очерк). Наступление реакционных кругов на социальные завоевания трудящихся, снижение жизненного уровня народа, рост дороговизны вызвали волну протеста. В связи с участившимися вооруженными выступлениями трудящихся в крупных промышленных городах (Кордове, Росарио) правительство в июле 1939 ввело в стране осадное положение, отменило конституционные гарантии и провело многочисленные аресты. Во внешней политике правительство Онганиа придерживалось линии США; в то же время оно расширяло экономические связи с западноевропейскими странами (ФРГ, Англия, Испания, Франция и др.). Во время пребывания Онганиа на посту президента шла острая борьба за власть между отдельными группировками высшего командования армии А. В результате этой борьбы Онганиа был смещен в июне 1970 и президентом назначен генерал Р. М. Левингстон.