Обстановка в стране и в Закавказье летом 1918 была крайне тяжёлой (см. Гражданская война и военная интервенция в СССР 1918—20). Захватив в апреле — мае 1918 значительную часть Армении, турецкие войска вторглись в А. Одновременно германские империалисты начали оккупацию Грузии. Бакинская коммуна была единственным оплотом Советской власти в Закавказье. По указанию В. И. Ленина в июне 1918 в Баку было доставлено 7 броневиков, 13 самолётов, 80 орудий, 160 пулемётов, 10 тыс. винтовок, боеприпасы, хлеб. Советское правительство через своего посла в Берлине А.А. Иоффе требовало от Германии соблюдения условий Брестского мира 1918 и немедленного прекращения наступления союзника Германии — Турции, на Баку. Но под натиском английских, затем германо-турецких интервентов и в результате предательства эсеров, меньшевиков, дашнаков и мусаватистов 31 июля 1918 Советская власть в А. временно пала. Руководящие деятели Бакинской коммуны (С.Г. Шаумян, М.А. Азизбеков, П.А. Джапаридзе, И.Т. Фиолетов, Я.Д. Зевин и др.) были зверски расстреляны 20 сентября 1918 эсерами и английскими интервентами под Красноводском в числе 26 бакинских комиссаров.
С 4 августа по 14 сентября 1918 Баку оккупировали английские интервенты, а 15 сентября они были вытеснены турецкими войсками. Мусаватисты нашли поддержку у турецких интервентов и в союзе с ними восстановили здесь власть буржуазии и помещиков. По условиям Мудросского перемирия 1918, заключённого между державами Антанты и Турцией, турецкие войска осенью 1918 оставили Баку. В ноябре 1919 город был снова занят английскими войсками. Мусаватисты активно сотрудничали с англичанами и вместе с ними установили режим жестокого террора. Английские интервенты грабили нефтяные и другие богатства А.
Большевики А. работали в глубоком подполье. В начале 1919 вновь сформировалось руководящее ядро Бакинской организации РКП(б). Тогда же возник новый постоянно действующий пролетарский орган, руководимый большевиками,— Бакинская рабочая конференция. Она состояла из 251 представителя рабочих организаций, открылась 15 декабря 1918. С.М. Киров оценивал её как «рабочий парламент». С начала марта 1919 Бакинское бюро Кавказского краевого комитета РКП(б) возглавил А.И. Микоян. Коммунисты прилагали большие усилия для нелегальной доставки в Астрахань бензина, крайне необходимого Красной Армии. За несколько месяцев в Астрахань т. н. морскими экспедициями тайно было доставлено до 20 тыс. пудов бензина и 3,5 тыс. пудов смазочных масел.
Для организации помощи трудящимся А. и всего Закавказья 16 января 1919 при Наркомнаце был учрежден Отдел по делам мусульман Закавказья под председательством С.М. Эфендиева. ЦК РКП(б) и СНК РСФСР поддерживали тесную связь с Бакинской партийной организацией. В мае 1919 в Баку нелегально прибыл Г.К. Орджоникидзе. Трудящиеся А. во главе с большевиками вели борьбу за восстановление Советской власти.
В конце 1919 — начале 1920 мусаватский режим переживал глубокий политический и экономический кризис, усилилась разруха, охватившая промышленность и сельское хозяйство, начался разброд среди буржуазно-помещичьих партий и в самом националистическом правительстве. Массовая безработица, безземелье крестьян, административно-полицейский произвол мусаватистов способствовали революционной активности пролетариата А. Важное значение для освободительного движения в А. имели решения 2-го Всероссийского съезда мусульман-коммунистов Востока, проходившего в Москве 22 ноября—3 декабря 1919. Победы Красной Армии на фронтах Гражданской войны вдохновляли трудящихся А. на борьбу. Пролетариат Баку провёл мощные забастовки и демонстрации (конец 1918 — лето 1919). Весной 1919 Советская власть была установлена в Ленкорани и на Мугани, но она просуществовала недолго. Летом и осенью 1919 крестьяне А. в ряде уездов перешли к вооруженной борьбе с беками и мусаватским правительством. В этой борьбе прославился вожак крестьянских масс Катыр Мамед, возглавивший вооруженную борьбу крестьян в б. Елизаветпольском уезде. К концу 1919 большевикам А. удалось добиться установления союза между пролетариатом и трудовым крестьянством. Усилившаяся борьба трудящихся А. и всего Закавказья, разложение английских оккупационных частей, вызванное революционной работой большевиков, разгром Красной Армией белогвардейских армий Колчака, Деникина, Юденича вынудили англичан осенью 1919 вывести свои войска из А. 11-12 февраля 1920 в Баку нелегально проходил 1-й съезд коммунистических организаций А., принявший решение об образовании Азербайджанской коммунистической партии (большевиков) и нацеливший её на подготовку вооруженного восстания против контрреволюционного мусаватского режима, за установление диктатуры пролетариата.