Химические элементы, не образующие, подобно, например, Ti, Zr, Th, в биосфере растворимых и легкоподвижных соединений, несмотря на их заметное количество в породах земной коры, в организмах содержатся лишь в очень малых количествах. Организмы не повторяют полностью химические состава среды, а активно выбирают те или иные соединения. Нередко тот или иной вид организмов накапливает определённый химический элемент, т. е. химический состав организмов является характерным признаком для определённого вида. Т. о., организмы выполняют геохимическую функцию, участвуя в биогенной миграции того или иного химического элемента. Например, кальций издавна использовался организмами для образования скелета в виде CaCO3. Эта очень древняя геохимическая функция была характерна для многих низших организмов. Позже, наряду со скелетом из CaCO3, появились организмы со скелетом из фосфата кальция (в первую очередь среди брахиопод), который утвердился и у всех высших организмов. У многих древних низших организмов (включительно до морских губок) встречается также скелет из кремнекислоты. Это указывает на направление эволюции организмов.
Участие живого вещества в биогеохимических процессах проявляется прямо либо косвенно. Так, после гибели организмов живое вещество непосредственно участвует в образовании диатомита, известняков, углей, нефтей и др. Зелёные растения в результате фотосинтетической деятельности создают всю массу кислорода современной атмосферы Земли. Морские водоросли концентрируют значительные количества иода; после их гибели в морских илах происходят захоронение и процесс превращения органического детрита в вещество нефтей. В результате выпрессовывания из захороненных илов жидкой нефти в пористые породы (пески и другие коллекторы) выдавливаются иловые воды, содержащие большое количество иода.
Среднее содержание некоторых химических элементов в земной коре, почвах и организмах (% по массе, данные на 1968)
Химические элементы Земная кора (осадочные породы) Почвенный покров Организмы (растения) В 1´10-2 1´10-3 1´10-4 С 1,0 2,0 18,0 N 6´10-2 1´10-1 3´10-1 O 52,8 49,0 70 F 5´10-2 2´10-2 1´10-5 Na 0,66 0,63 2´10-2 Mg 1,34 0,63 7´10-2 Al 10,45 7,1 2´10-2 Si 23,8 33,0 1,5´10-1 P 7´10-2 8´10-2 7´10-2 S 3´10-1 8´10-2 5´10-2 Cl 1,6´10-2 1´10-2 10-2 К 2,28 1,36 3´10-1 Ca 2,53 1,37 3´10-1 Ti 0,45 4,6´10-1 1´10-4 Mn 6,7´10-2 8´10-2 1´10-3 Fe 3,3 3,8 2´10-2 Cu 5,7´10-3 2´10-3 2´10-4 Sr 4,5´10-2 3´10-2 10-4 Zr 2´10-2 3´10-2 10-4 I 1´10-4 5´10-4 1´10-5 Ba 8´10-2 5´10-2 10-4 U 3´10-4 5´10-5 5´10-7Ещё более разнообразно косвенное влияние организмов и продуктов их жизнедеятельности на геохимические процессы. Микроорганизмы участвуют, например, в окислении соединений железа, марганца и других элементов, что ведёт к выпадению их из природных растворов и отложению в осадках. Микроорганизмы восстанавливают сульфаты, образуя биогенные месторождения серы и т.д. Под влиянием живого вещества изменяются во времени геохимические процессы. Так, когда на Земле ещё не было биосферы, уран, германий и ванадий концентрировались в осадочных железных рудах, а с её появлением уран, ванадий и германий накапливаются и в некоторых ископаемых углях и битумах.
Исключительную роль живое вещество наряду с H2O и CO2 играет в процессах выветривания и образования осадочных пород (биогенных осадков в морях и океанах). Представляет интерес участие организмов в процессах разделения близких по свойствам пар химических элементов, например Si/Ge, Fe/Mn, K/Na, Ca/Sr и т.д. В свою очередь среда обитания отражается на составе организмов. В пределах т. н. биогеохимических провинций возникают формы организмов, накапливающие иногда значительные количества химического элемента, т. е. имеет место интенсивная биогенная миграция. Известно также, что организмы участвуют в нарушении изотопного состава ряда лёгких химических элементов (углерода, кислорода, серы). Как правило, в биогенных процессах организмами поглощаются преимущественно более лёгкие изотопы.