Геологическое строение и полезные ископаемые. Западная часть Ч. — т. н. Чешский массив — представляет собой ядро древнего фундамента варисцийской складчатости Центральной Европы (см. Герцинская складчатость ), восточная часть относится к западной ветви Карпат и принадлежит к Альпийской геосинклинальной (складчатой) области . Фундамент Чешского массива сложен гнейсами, мигматитами, кристаллическими сланцами, гранулитами докембрия и сланцами, кварцитами и песчаниками палеозоя; осадочный чехол — меловыми и кайнозойскими, преимущественно обломочными, горными породами. Основание Карпат представлено докембрийскими и палеозойскими метаморфическими породами, прорванными варисцийскими гранитоидами (как и Чешский массив). Складчатый мезозойский и раннекайнозойский комплекс Карпат (известняки, песчаники, флиш) служит фундаментом позднекайнозойских молассовых впадин, выполненных преимущественно песчано-глинистыми отложениями и эффузивами.
Главные полезные ископаемые: каменные (Остравско-Карвинский бассейн) и бурые (Северо-Чешский бассейн) угли. Известны месторождения нефти и газа на С. Венского и Паннонского бассейнов и в Предкарпатском прогибе. Месторождения железных (Рудняни, Нижна-Слана) и марганцевых (Кишовце — Швабовце) руд разрабатываются в Спишско-Гемерском рудном районе Словакии. Многочисленные гидротермальные месторождения свинцово-цинковых руд в Чехии (Пршибрам, Кутна-Гора, Стршибро и др.), в Сев. Моравии (Злате-Гори, Горни-Бенешов, Горни-Место) и Спишско-Гемерском районе (Банска-Штявница); медных руд — в Моравии (Старе-Ранско и др.) и Словакии (Словинки, Рудняни, Рожнява). В Рудных горах с варисцийскими гранитоидами связаны месторождения руд олова и вольфрама (Циновец, Крупка и др.), а с гидротермальными жилами — уран (Пршибрам, Мимонь, Чешско-Моравская возвышенность). В кристаллических сланцах и гранитоидах Карпат известны жилы сурьмяных руд (Пезинок-Пернек, Магурка, Медзиброд, Чучма, Злата-Идка и др.); в кайнозойских вулканических породах Словацких Рудных гор — месторождение ртути. Имеются месторождения флюорита, графита, барита, пирита, коалина, магнезита, стройматериалов. Ч. богата лечебными минеральными, в том числе термальными, водами; многие из них связаны с докембрийскими и палеозойскими породами Чешского массива и с тектоническими нарушениями в Карпатах. По химическому составу выделяются щелочные (Карлови-Вари, Марианске-Лазне), гидрокарбонатные (Теплице), глауберовые (Франтишкови-Лазне), сероводородные (Тренчанске-Теплице), радиоактивные (Яхимов, Теплице) воды и др.
Климат умеренный, с возрастанием континентальности с З. на В. и во внутригорных котловинах. На равнинах средняя температура января составляет от —1°С до —4°С, в горах Чешского массива до —7°С, а в Карпатах до —10°С. Зимой во внутригорных котловинах часто наблюдаются инверсии температур. Средняя температура июля на равнинах 19—21°С; в горах Чешского массива до 8°С, а в Карпатах до 4°С. Годовая сумма осадков на равнинах от 450 до 700 мм ; в горах их количество быстро возрастает с высотой (до 1600 мм в Чешском массиве и до 2100 мм в Карпатах, на высоте около 2000 м ). Максимум осадков выпадает летом, однако, вследствие сильной испаряемости, в это время года на равнинах бывают засухи. Продолжительность снежного покрова на равнинах 1,5—2 мес , он часто неустойчив и прерывается оттепелями; в горах 2,5—3 мес , в гребневой зоне Карпат — до 6 мес.
Внутренние воды. Страна обладает густой сетью относительно коротких рек; из крупных рек на территории страны находится часть среднего течения р. Дунай с притоками Ваг и Морава, верховья Одры и Лабы (Эльбы) с притоком Влтава. Вдоль восточной границы Ч. на небольшом протяжении протекает р. Тиса (приток Дуная); к её бассейну относятся рр. Горнад и Ондава. На большинстве рек наблюдаются весеннее половодье, обусловленное таянием снега в горах и предгорьях, и летние дождевые паводки. Зимой реки замерзают на 1—2 мес. Судоходны Дунай, Лаба, низовья Влтавы. На Ваге и Влтаве — каскады ГЭС. Озёра преимущественно горно-ледникового и тектонического происхождения, невелики по размерам. Многочисленные пруды (общая площадь 50 тыс. га , главным образом в Южной Чехии) используются для разведения рыбы и водоснабжения.
Почвы. Преобладают бурые и горные бурые лесные почвы, характерные для широколиственных и смешанных лесов. В горах, в верхней части лесного пояса, распространены горно-подзолистые почвы, под высокогорными лугами — горно-луговые. На безлесных участках под вторичными лугами формируются дерново-бурозёмные почвы, на карбонатных породах — дерново-карбонатные почвы (рендзины). На равнинах Средней Чехии и Южной Моравии — чернозёмовидные почвы (обычно выщелоченные и оподзоленные, реже карбонатные), по долинам Дуная, Лабы, Моравы и других крупных рек — аллювиальные почвы. Почвы равнин и пологих склонов гор обычно распаханы.
Растительность. До высоты 300 м преобладают распаханные степи с небольшими рощами дубовых и сосновых насаждений. Лесостепи, господствовавшие ранее в естественном растительном покрове равнин, сохранились лишь на неудобных землях и в заповедниках. На высотах до 600—700 м пашня чередуется с дубовыми и дубово-буковыми лесами. От 600—700 м до 1100—1200 м доминируют буковые и пихтово-буковые леса, выше (до 1400—1500 м ) — еловые и пихтовые. Всего под лесом около 1 /3 территории страны, их основу составляют хвойные породы (71%, в том числе 48% ели). Леса лучше всего сохранились в Карпатах, а также в горах Чешского массива. На высоте от 1400—1500 м до 1600—1700 м леса сменяются криволесьем, выше распространены кустарники, субальпийские и альпийские луга.
Животный мир. Из млекопитающих встречаются бурый медведь, волк, рысь, лисица, куница, горностай, олень, кабан, косуля, заяц-русак, белка, ёж; из птиц — глухарь, куропатка, аист, козодой, удод, зимородок, орёл и др. В реках и прудах водятся форель, карп, лосось, хариус, щука, окунь, налим, минога.
Охраняемые территории. В Ч. охраняемые территории (главным образом в лесах) занимают (1976) около 170 тыс. га. Наиболее известны Татранский народный парк , национальные парки Крконошский и Пенипы. Сеть заповедников и памятников природы (Карлштейн, Чешский Рай).
Природные районы. Чешский массив — чередование холмистых распаханных равнин, низкогорий и среднегорий, покрытых буковыми, дубовыми и смешанными лесами; Западные Карпаты — среднегорные и высокогорные хребты с последовательной сменой снизу вверх смешанных и хвойных лесов, криволесья, субальпийских и альпийских лугов; Подунайская низменность — холмистая равнина, в основном распаханная, с участками дубовых лесов: Потисская низменность — холмистая распаханная равнина и низкогорья с дубовыми и буковыми лесами.