Ч. оказалась в полной экономической и политической зависимости от фашистской Германии. Деятельность КПЧ была запрещена сначала в Словакии, где было создано автономное правительство во главе с лидером сепаратистов Й. Тисо, а затем и в чешских землях. 14 марта 1939 по согласованию с Берлином словацкие сепаратисты объявили о создании «независимого Словацкого государства». 15 марта германские войска оккупировали чешские области, которые указом Гитлера были превращены в «Протекторат Богемия и Моравия». Закарпатскую Украину захватила хортистская Венгрия. Только Советское правительство отказалось признать ликвидацию Ч., заклеймив действия Германии как акт произвола и агрессии.
Ч. под немецко-фашистским господством. Борьба народов Ч. против гитлеровского ига (март 1939 — май 1945). В «Протекторате» был введён суровый оккупационный режим. Экономика, подчинённая германским монополиям, была поставлена на службу милитаристским планам гитлеровцев. Марионеточное словацкое правительство, подписав в 1939—40 с Германией договоры о военно-политическом союзе и экономическом сотрудничестве, втянуло Словакию в войну на стороне стран фашистской оси. Реакционные круги чешской буржуазии стали на путь открытого сотрудничества с оккупантами. Часть буржуазных политических деятелей во главе с Бенешем, эмигрировавшая на запад, в 1939 в Париже создала Чехословацкий национальный комитет, а в 1940 на его базе — временное правительство в Лондоне. Сопротивление оккупантам и их пособникам возглавила КПЧ. Деятельность подпольных коммунистических организаций (весной 1939 организационно выделилась Коммунистическая партия Словакии, КПС) направлял находившийся в Москве единый партийный центр КПЧ во главе с Готвальдом. Забастовки, манифестации, саботаж и диверсии первоначально являлись основными формами сопротивления оккупантам. Вступив в войну с фашистской Германией, СССР первым из держав антигитлеровской коалиции признал чехословацкое правительство в Лондоне и 18 июля 1941 заключил с ним соглашение о военном сотрудничестве, предусматривавшее восстановление Ч. в домюнхенских границах. На территории СССР под командованием Л. Свободы началось формирование чехословацкой воинской части, развёрнутой в дальнейшем в 1-й Чехословацкий армейский корпус. Летом 1942 на территории Ч. начали создаваться первые партизанские отряды. 12 декабря 1943 в Москве был подписан советско-чехословацкий договор о дружбе, взаимной помощи и послевоенном сотрудничестве. Заключение договора, приближение Советской Армии к границам Ч. активизировали национально-освободительное движение. 29 августа началось Словацкое национальное восстание 1944 . Власть на освобожденной территории перешла в руки Словацкого национального совета (СНС), созданного в 1943 по инициативе коммунистов. В его состав вошли члены ЦК КПС К. Шмидке, Г. Гусак , Л. Новомеский. Для оказания помощи восставшим советское командование, изменив свои первоначальные планы, начало наступление в районе перевалов через Карпаты. 6 октября после тяжёлых боев был взят Дукельскпй перевал. Однако 27 октября под натиском превосходящих сил гитлеровцев пал центр восстания — г. Банска-Бистрица. Повстанцы отошли в горы, где продолжали борьбу. Словацкое восстание явилось началом национально-демократической революции в Ч. В марте 1945 в Москве между представителями лондонской эмиграции, СНС и руководства КПЧ было достигнуто соглашение об образовании Национального фронта чехов и словаков (НФ; см. Национальный фронт Чехословакии ) и его программе. В начале апреля в г. Кошице было образовано правительство НФ и обнародована его программа (см. Кошицкая программа ). В мае начались вооруженные выступления против оккупантов в ряде чешских городов. Их поддержали партизаны. 5 мая восстала Прага (см. Народное восстание 1945 в чешских землях). На помощь восставшим пришла Советская Армия. 9 мая советские войска вступили в Прагу, завершив освобождение Ч.
Установление народно-демократического строя. Перерастание национально-демократической революции в социалистическую (май 1945 — февраль 1948). В результате освобождения Ч. от немецко-фашистских захватчиков было возрождено на новой, демократической основе самостоятельное и независимое государство чехов и словаков. Развернувшаяся в стране национально-демократическая революция привела к установлению народно-демократического строя. Основой его выступал НФ, краеугольным камнем которого стал союз рабочих и крестьян. КПЧ и КП Словакии занимали в НФ ведущее положение. Все партии, вошедшие в НФ, обязались выполнять совместную правительственную программу и строить народно-демократическую республику. Однако национальные социалисты, Чехословацкая народная и словацкая Демократические партии стремились с самого начала затормозить революционный процесс и постепенно восстановить режим, существовавший в домюнхенской буржуазной республике. Только коммунисты последовательно боролись за революционные преобразования в политической и экономической жизни.
Опираясь на рабочий класс и трудовое крестьянство и преодолевая сопротивление буржуазии, КПЧ развернула борьбу за перерастание национально-демократической революции в социалистическую. Национальные комитеты, местные органы власти вместе с заводскими советами начали брать в свои руки управление предприятиями, принадлежавшими оккупантам, а также лицам, сотрудничавшим с ними, проводили чистку государственного аппарата от предателей и коллаборационистов. В соответствии с декретом президента 21 июня 1945 началось проведение 1-го этапа аграрной реформы. Были конфискованы земли и другое имущество немецких и частично венгерских помещиков, а также предателей чехословацкого народа. 24 октября 1945 изданы декреты о национализации ключевых отраслей промышленности, всех банков, частных страховых обществ. В собственность государства к концу 1946 перешло около 3 тыс. крупных промышленных предприятий, в том числе вся горная промышленность, почти вся металлургическая и энергетическая, 3 /4 химической, металлообрабатывающей и др. Национализация ключевых отраслей промышленности и банков положила начало формированию социалистического сектора в народном хозяйстве. 8-й съезд КПЧ (март 1946) подвёл итоги проведения общественных преобразований, наметил задачи дальнейшего укрепления народно-демократического строя. Съезд продемонстрировал, что компартия стала самой сильной политической партией в стране.