При начавшемся в конце 8—9 вв. распаде халифата Аббасидов Е. стал фактически независимым. В 868—905 страной правила династия Тулунидов, а после кратковременного (905—35) восстановления власти халифа — династия Ихшидидов (935—69). Экономическое и политическое значение Е. в восточном Средиземноморье сильно возросло при Фатимидах (909—1171; в Е. с 969). Во 2-й половине 10 и в 11 вв. происходило значительное развитие орошаемого земледелия, скотоводства, ремесла. Большая часть изделий ремесленников вывозилась в Переднюю Азию, что давало существенные доходы египетской казне.
В 1171 власть в Е. перешла в руки Салах-ад-дина, основателя династии Айюбидов. При Айюбидах (1171—1250) большая часть государственных земель была превращена в икта, рента с которой поступала мелким и средним феодалам в виде вознаграждения за военную службу. Айюбидские султаны окружили себя гвардией, сформированной из мамлюков (воинов-рабов). В 1217—21 Айюбиды отразили наступление крестоносцев на Е. В 1250 командная верхушка мамлюков захватила власть в Е. и создала могущественную армию. Мамлюкские военачальники завладели лучшими землями, государственными ремесленными предприятиями и доходами с таможен. Во 2-й половине 13 — начале 14 вв. мамлюкское государство переживало экономический подъём, поддерживало оживлённые торговые связи с Европой и странами Индийского океана. В 14 в. мамлюкские феодалы приобрели неограниченную власть в принадлежавших им имениях, взимали ренту по своему произволу, пользовались административно-судебным иммунитетом. Расширение власти мамлюкских беев сопровождалось ростом хищнической эксплуатации крестьянства. Во 2-й половине 14 и в 15 вв. частым явлением стали голод и эпидемии, население страны сократилось.
Мамлюкское государство, в начале 15 в. отбившее натиск Тимура, пало под ударами турецких завоевателей. В 1517 турецкий султан Селим I присоединил Е. к Османской империи. Земли мамлюкских султанов и мамлюков, активно боровшихся против турок, были конфискованы и перешли в собственность турецкого султана. Фактическими владельцами земель являлись мультазимы — откупщики государственных земель (главным образом представители высшего слоя арабских племён и командиры турецких войск), вносившие часть ренты турецкому паше, наместнику султана в Е., но пользовавшиеся правом бесконтрольной эксплуатации зависевших от них крестьян. Ослабление Османской империи с конца 17 в. позволило мамлюкам фактически восстановить в начале 18 в. политическую власть в Е. Один из мамлюкских правителей — Али-бей провозгласил независимость, принял титул султана Е., но в 1772 был свергнут. После его смерти развернулась борьба за власть между отдельными группировками мамлюков. Произвол мамлюкских беев, ограбление ими феллахов, ремесленников и купцов привели страну к экономическому упадку. Всё это вызывало народное движение против турецких и мамлюкских угнетателей (наиболее значительным было восстание в Каире в 1795 во главе с Омаром Макрамом).
В конце 18 в. Е. был оккупирован французскими войсками (см. Египетская экспедиция 1798—1801). Оккупационный режим вызвал недовольство египетского народа (восстания в Каире в 1798, 1800, и др., партизанская война в провинциях). В 1801 французы капитулировали перед англо-турецкими войсками, и формально в Е. была восстановлена власть Османской империи. В 1804—05 в Каире происходили народные восстания против турецких янычар и мамлюкских феодалов. Восстание 1805 увенчалось победой при поддержке командира одной из частей турецкой армии албанца Мухаммеда Али, которого в мае 1805 каирское духовенство провозгласило правителем Е. Он расправился сначала с вождями восстания, а затем уничтожил и мамлюкских феодалов (1811). Освободившиеся земли (вместе с феллахами) раздавал (с 1829) своим родственникам и приближённым; это способствовало возникновению нового феодально-помещичьего класса. Была установлена государственная монополия на продажу с.-х. культур. Значительно возросло производство культур, шедших на экспорт (хлопка, сахарного тростника и индиго). В 1816—20 система государственных монополий была распространена на промышленность, ремесло, внутреннюю и внешнюю торговлю. В 20—30-е гг. открыты светские школы европейского типа. Поощрялось внедрение научных и технических достижений стран Европы. Возникло книгопечатание, начала издаваться первая египетская газета (1827). Значительные средства тратились на создание регулярной армии (около 200 тыс. чел.), формировавшейся на основе принудительной повинности. Армия использовалась для завоеваний в Аравии (1811—18) и Судане (1820—22). В 1824—28 египетские войска вместе с турецкими участвовали в борьбе с Греческой национальной-освободительной революцией 1821—29. В Наваринском сражении 1827 египетско-турецкий флот был разбит и египетские войска выведены из Греции.