В 16—17 вв. появились лечебники, содержащие гигиенические советы. В 1700 вышел трактат итальянского учёного Б. Рамаццини «Рассуждение о болезнях ремесленников» — первый научный труд по Г. труда. В классическом произведении немецкого учёного И. П. Франка «Система медицинской полиции» (1779—1827) говорилось о социальном значении здоровья. В 1797 появилась «Макробиотика» (искусство продления жизни) немецкого врача К. В. Гуфеланда.
В России в 18—19 вв. вопросы Г. нашли отражение в трудах М. В. Ломоносова, а также врачей С. Г. Зыбелина, Д. С. Самойловича, М. Я. Мудрова. В сочинении М. В. Ломоносова «Первые основания металлургии или рудных дел» (1763) дано много указаний, направленных на сохранение здоровья рудокопов, сформулирована теория движения воздуха в шахтах, которая легла в основу расчёта естественной вентиляции.
К середине 19 в. главное внимание гигиенистов было направлено на общественное здравоохранение. Со 2-й половины 19 в., в связи с успехами естествознания и медицины, значительное развитие получили в Г. экспериментальные методы исследования. Экспериментальное направление в Г. связано с трудами немецкого гигиениста М. Петтенкофера. Он создал немецкую школу гигиенистов, из которой вышли такие учёные, как М. Рубнер, К. Флюгге, В. Праусниц и др. В Англии новое направление в развитии Г. нашло отражение в трудах Э. Паркса, во Франции — З. Флёри, А. Пруста, А. Бушарда. Развитие экспериментальной Г. в России связано с именами А. П. Доброславина и Ф. Ф. Эрисмана, заложивших основы развития в России общей, жилищной и школьной Г., гигиены труда и питания. Развиваясь столь же интенсивно, как и в западно-европейских странах, гигиеническая наука в России имела свои особенности. Русские гигиенисты 19 в. широко применяли санитарно-статистические методы исследования. Эрисман и московские земские санитарные врачи Е. А. Осипов, П. И. Куркин, С. М. Богословский создали русскую школу изучения физического состояния и заболеваемости на основе учёта и гигиенической оценки демографических данных (рождаемость, смертность и естественный прирост населения, заболеваемость и физическое развитие, данные санитарно-топографического характера). В 19 в. выдвинулась плеяда видных санитарных деятелей: И. И. Моллесон, Е. М. Дементьев, Д. Н. Жбанков, А. В. Погожев, П. А. Песков, Н. И. Тезяков и др. Важную роль в развитии Г. сыграли Г. В. Хлопин, уделявший много внимания методике гигиенических исследований, и А. Н. Сысин, разрабатывавший многие вопросы общей и коммунальной гигиены. В 18—20 вв. большинство городов Европы и Азии находилось в антисанитарном состоянии. В России положение изменилось коренным образом только после Великой Октябрьской социалистической революции.
В СССР Г. развивалась в соответствии с требованиями Программы РКП (б), принятой в 1919 на 8-м съезде партии, где были особо подчёркнуты профилактические задачи сов. здравоохранения, определено содержание и направление деятельности санитарных органов страны и работы научно-исследовательских гигиенических учреждений. Основным в научно-практической деятельности сов. гигиенистов является научное обоснование биологического оптимума, которому должна соответствовать внешняя среда, чтобы обеспечить человеку нормальное развитие, хорошее здоровье, высокую работоспособность и долголетие. Для решения этих задач проводятся экспериментальные исследования в лабораториях и натурных условиях, в производственных условиях и бытовой обстановке. В СССР гигиенические мероприятия включаются в планы промышленного, с.-х., жилищного и культурного строительства.
Расширение задач, стоящих перед Г., усложнение методов гигиенических исследований привели к дифференциации гигиенической науки. Сначала выделились и оформились в самостоятельные научные дисциплины военная и военно-морская гигиена (см. Гигиена военная). Первые труды по военная Г. в России были опубликованы в конце 17 в. Крупный вклад в развитие военно-морской Г. внесли Д. П. Синопсус и А. Г. Бахерахт. Гигиена труда, или профессиональная Г., оформилась в самостоятельная отрасль гигиенической науки во 2-й половине 19 в. Её развитие в России связано с именами Эрисмана, Погожева, Дементьева и др. деятелей фабричной и земской медицины. Большой вклад в развитие Г. труда в СССР внесли С. И. Каплун, В. А. Левицкий, А. А. Летавет, З. И. Израэльсон, Л. К. Хоцянов и др. В послереволюционные годы в научную дисциплину оформилась школьная Г., в процессе дальнейшего развития ставшая гигиеной детей и подростков. Большой вклад в развитие этой дисциплины внёс сов. гигиенист и санитарный деятель А. В. Мольков. Первым научно-исследовательским центром по школьной гигиене был организованный в 1919 институт социальной гигиены. В 1926 создана кафедра школьной гигиены при медицинском факультете 1-го МГУ, а в 1934 при Центральном институте усовершенствования врачей. Гигиена коммунальная развилась благодаря трудам А. Н. Сысина и А. Н. Марзеева: она оформилась в самостоятельную дисциплину в 1933, когда была создана кафедра коммунальной Г. в 1-м Московском медицинском институте (И. Р. Хецров, С. Н. Черкинский). Гигиена питания как предмет научного исследования оформилась в 1922 с созданием первого в СССР Института питания под руководством М. Н. Шатерникова. Первая кафедра Г. питания на санитарном факультете 1-го Московского медицинского института была организована в 1932. Социальная гигиена в СССР оформилась после Великой Октябрьской социалистической революции. Создателем и многолетним руководителем первой кафедры социальной Г. в СССР был Н. А. Семашко. В 1944 в составе АМН СССР был создан Институт организации здравоохранения и социальной гигиены (ныне Всесоюзный научно-исследовательский институт социальной гигиены и организации здравоохранения им. Н. А. Семашко). В связи с расширяющимся из года в год использованием источников ионизирующей радиации в промышленности, сельском хозяйстве и медицине возникла новая проблема — радиационная защита трудящихся и радиационная безопасность населения. Разработкой этих вопросов занимается гигиена радиационная.
Научную разработку различных гигиенических проблем в СССР вели институты Г. труда, институты коммунальной Г. и институты питания. Старейшее научно-исследовательское учреждение страны — Московское НИИ гигиены им. Ф. Ф. Эрисмана, созданный в 1927. Научно-исследовательская работа в области Г. ведётся также на кафедрах Г. медицинских институтов и институтов усовершенствования врачей.