В сентябре войска Восточного фронта перешли в наступление, 10 сентября освободили Казань, 12 сентября — Симбирск и 7 октября — Самару. В белой «народной армии» началось массовое дезертирство, в чехословацких войсках выявилось нежелание солдат и части офицеров воевать против Советской власти. Главное командование белых признало невозможным ведение успешной борьбы без прямой военной помощи Антанты. 7 ноября советские войска заняли Ижевск и продолжали наступление на Урал. Поражения подорвали авторитет «учредиловских» правительств в глазах иностранных империалистов. Мелкобуржуазная контрреволюция потерпела крах. 18 ноября в Омске военный министр Сибирского правительства. Ставленник Антанты адмирал А. В. Колчак разогнал «Директорию» и все эсеро-меньшевистские «правительства» и был провозглашен верховным главнокомандующим и «верховным правителем» России, к концу 1918 Колчака признали все главари российской контрреволюции. Руководство контрреволюцией окончательно перешло к буржуазно-помещичьим кругам.
На Юге и Юго-Востоке летом и осенью 1918 также сложилась напряжённая обстановка. В июне — июле была свергнута Советская власть в Оренбургской и Уральской областях. Туркестанская советская республика оказалась отрезанной от основных районов страны. 11—12 июля произошёл эсеровский мятеж в Закаспийской обл., поддержанный английскими войсками, пришедшими из Ирана. 31 июля пала Бакинская коммуна и 1 августа к власти пришла эсеро-меньшевистская диктатура Центрокаспия , которая совместно с английскими интервентами расстреляла 26 бакинских комиссаров во главе с председателем Бакинского СНК С. Г. Шаумяном. Баку был занят приглашенными эсеро-меньшевиками английскими войсками, но они вскоре оставили город при приближении тур. войск, которые 15 сент. овладели Баку и поставили у власти своих ставленников — мусаватистов. В Семиречье возник Семиреченский фронт против восставших ещё в апреле казаков во главе с атаманом Б. В. Анненковым.
На Дону казачья армия генерала Краснова (40—60 тыс.) в августе — октябре развернула наступление на воронежском, поворинском и царицынском направлениях, но, встретив героическое сопротивление советских войск под Царицыном (см. Царицынская оборона 1918—19 ) и в др. районах, ограничилась закреплением территории Донской обл. Командующий Добровольческой армией генерал Деникин в июне предпринял новый поход на Кубань, где происходили казачьи восстания. Войска Северо-Кавказской советской республики , хотя и превосходили войска Деникина по численности, но, будучи отрезаны от центра, испытывали острый недостаток вооружения, снаряжения и боеприпасов. Они были лишены должного руководства со стороны командования Южного фронта, а во главе Красной Армии Северного Кавказа (с сентября — 11-я армия) оказались авантюристы («главком» И. Л. Сорокин и др.). Серьёзным недостатком было также наличие сильных элементов партизанщины. Несмотря на это, советские войска Северного Кавказа героически сражались против опытного и сильного противника, оттянув на себя наиболее боеспособные силы южной контрреволюции, чем облегчили борьбу Красной Армии против Краснова и на Восточном фронте. В июле — августе 1918 белогвардейцы ценой больших потерь овладели станицей Тихорецкой (14 июля), Ставрополем (21 июля) и Екатеринодаром (17 августа). Главные силы войск Сверного Кавказа отошли к Армавиру, в район которого в середине сентября вышла Таманская армия, проделавшая тяжёлый поход с Тамани вдоль побережья, а затем через горы (см. Таманской армии поход 1918 ). Деникин занял Новороссийск, ставший с ноября 1918 его главной базой для связи с Антантой.
К концу лета 1918 3 /4 территории Советской России оказалось в руках интервентов и белогвардейцев. Советская республика была окружена сплошным кольцом фронтов. Борьба против внутренних и внешних врагов Советской власти требовала напряжения всех сил страны. 2 сентября постановлением ВЦИК Советская республика была объявлена военным лагерем, Высший военный совет был упразднён и вместо него создан Реввоенсовет Республики (РВСР) с Главным командованием и Полевым штабом при нём. Главкомом был назначен 6 сентября И. И. Вацетис, начальником штаба Ф. В. Костяев (с декабря). В сентябре было реорганизовано управление фронтами: были образованы Северный фронт в составе 6-й и 7-й армий (командующий Д. П. Парский, с ноября 1918 по февраль 1919 Д. Н. Надёжный) и Южный фронт в составе 8-й, 9-й, 10-й, 11-й и 12-й армий (командующий фронтом П. П. Сытин, с ноября 1918 по январь 1919 П. А. Славен, в январе — июле 1919 В. М. Гиттис, в июле — октябре 1919 В. Н. Егорьев, в октябре 1919 — январе 1920 А. И. Егоров), а также Западный район обороны (начальник А. Е. Снесарев).
Превратившись во 2-й половине 1918 в осажденную крепость, страна была вынуждена подчинить всю жизнь интересам обороны. В 1918—19 партия и Советское правительство просели ряд чрезвычайных экономических и политических мероприятий, вошедших в историю под названием политики «военного коммунизма» . 30 ноября ВЦИК образовал высший военно-политический и военно-хозяйственный орган — Совет рабочей и крестьянской обороны во главе с В. И. Лениным. В октябре 1918 был принят план увеличения армии до 1,2 млн. чел. Полностью используя запасы старой армии, Советское правительство приступило к развёртыванию производства вооружения и снаряжения. 17 августа при ВСНХ была образована Комиссия по производству военного снаряжения под председательством Л. Б. Красина, реорганизованная 2 ноября в Чрезвычайную комиссию по снабжению Красной Армии. На военных заводах было увеличено производство, особенно ружейных патронов (в августе — 5 млн., в дек. 1918 — 19 млн.). С огромным напряжением шла борьба за хлеб. Продовольственно-реквизиционная армия Наркомпрода к ноябрю насчитывала около 36 тыс. бойцов. На всех ж. д. было введено военное положение, погрузка и выгрузка увеличилась с 9223 вагонов в августе до 14 662 в ноябре (в мае 1917 она составляла 76 362 вагона). 21 ноябре была отменена частная торговля и введено плановое распределение продовольствия населению по классовому принципу и по жёстким нормам военного времени. Национализация была распространена на среднюю промышленность. Советская республика централизованно использовала свои ресурсы.
Крушение планов Антанты по разгрому Советские республики силами собственных армий (ноябрь 1918 — март 1919). Осенью 1918 резко изменилось международное положение. Германия потерпела поражение в 1-й мировой войне. В начале ноября в Австро-Венгрии и Германии произошли революции. Австро-Венгрия распалась. Образовались самостоятельные государства — Австрия, Венгрия, Чехословакия. 11 ноября Германия капитулировала перед Антантой. Несмотря на требование Антанты оставить германские войска на советской территории, германское правительство отдало приказ об эвакуации всех оккупированных территорий России, т. к. боялось полной революционизации армии. В Эстонии, Латвии, Литве, Польше, Белоруссии, Галиции, на Украине образовались буржуазно-националистические правительства, объявившие себя сторонниками Антанты и приступившие к созданию своих армий для подавления местных революционных сил и борьбы с Советской Россией. “Ориентацию” на Антанту приняли буржуазно-националистические правительства Грузии и Армении, рассчитывавшие, в частности, с её помощью вернуть захваченные у них Турцией территории.