Серьёзные осложнения произошли на Южном фронте. Ещё в январе 1919 потерпели тяжёлое поражение войска Каспийско-Кавказского фронта (создан в декабре в составе 11-й и 12-й армий), войска которого отступили с Северного Кавказа в район Астрахани, где были сведены в одну 11-ю армию. После разгрома Донской армии Краснова, остатки которой перешли в подчинение Деникину, советское Главное командование и командование Южным фронтом начали длительную операцию на окружение казачьих войск в северной части Донской обл. и под Царицыном. Главные силы Харьковской группы Украинского фронта после овладения Харьковом двинулись в Крым и на Правобережную Украину. Всё это дало возможность Деникину перебросить значительные силы с Северного Кавказа в Донбасс. Лишь после указания Совета обороны от 17 февраля войска правого крыла Южного фронта начали медленную перегруппировку в Донбасс, они вступали в бои с белогвардейской Добровольческой и Донской армиями по частям (сначала группа И. С. Кожевникова, переименованная в марте в 13-ю армию, затем 8-я, 9-я и, наконец, 10-я армии) и терпели поражения. 14 марта на Дону вспыхнуло массовое казачье восстание в районе Вешенской и Казанской в тылу советских войск, которое отвлекло половину сил 8-й и 9-й армий. Восстание было вызвано недовольством казаков продовольственной и земельной политикой Советской власти и ошибками местных органов по отношению к казачеству, что было использовано белогвардейцами. В итоге соотношение сил изменилось в пользу врага, тем более что войска Южного фронта не получали пополнений ввиду напряжённой обстановки на Восточном фронте. Требования Ленина и Главного командования усилить войска в Донбассе за счёт Украинского фронта осуществить не удалось. Советский и партийный аппарат на Украине ещё не имел опыта, рабочий класс был ослаблен режимом оккупации. В украинской деревне происходили серьёзные колебания середняка, усугубленные левацкими ошибками местного руководства в аграрном и национальном вопросах. Кулаку и буржуазным националистам удалось временно повести за собой часть среднего крестьянства, что привело к возникновению на Украине массового бандитизма. Положение особенно осложнилось в мае в связи с антисоветским мятежом Н. А. Григорьева (см. Григорьева мятеж ), который был подавлен к концу мая, однако вскоре начался мятеж Н. И. Махно (см. Махновщина ). Борьба с бандитизмом отвлекла на Украине последние силы, которые можно было бросить на Южный фронт. Всё это привело к тому, что белогвардейцы смогли в мае перейти в наступление в Донбассе и начали теснить советские войска.
Напряжённая обстановка потребовала централизации обороны всех советских республик. 1 июня ВЦИК принял декрет об объединении военных и хозяйственных усилий РСФСР, Украины, Латвии, Литвы и Белоруссии. Был оформлен военно-политический союз советских республик. 4 июня упразднён Украинский фронт; 2-я Украинская армия, переименованная в 14-ю, передана Южному фронту, а 1-я и 3-я Украинские армии, объединённые в 12-ю, — Западному фронту. 31 мая Латвийская армия Западного фронта была переименована в 15-ю, 9 июня Белорусско-Литовская армия — в 16-ю армии.
31 мая Главное командование отдало приказ о переходе к обороне на Южном фронте. 24 июня белые заняли Харьков, 30 июня — Царицын. 3 июля Деникин отдал директиву о наступлении на Москву, нанося главный удар Добровольческой армией через Курск, Орёл, Тулу. Главком Вацетис и председатель РВС Республики Троцкий предложили приостановить наступление Восточного фронта и, усилив Южный фронт, организовать его контрнаступление через Харьков, Донбасс на Новочеркасск. 3— 4 июля пленум ЦК партии отклонил этот план, признав основной задачей момента отразить наступление Деникина, не останавливая наступления на Восточном фронте. 8 июля главкомом был назначен С. С. Каменев, начальником Полевого штаба — П. П. Лебедев; командующим Восточным фронтом 19 июля был назначен М. В. Фрунзе. 9 июля было опубликовано написанное В. И. Лениным письмо ЦК партии «Все на борьбу с Деникиным», содержавшее программу мобилизации сил для одновременной борьбы с войсками Деникина и Колчака.
Войска Восточного фронта выполнили свою задачу. 1 июля 1919 они заняли Пермь и Кунгур, 11 июля освободили от осады Уральск, 13 июля овладели Златоустом, 14 июля — Екатеринбургом, 20—29 июля в Челябинской операции 1919 были разбиты последние резервы Колчака и он начал поспешное отступление в Сибирь. В колчаковском тылу развернулось широкое партизанское движение. 15 авг. был создан Туркестанский фронт под командованием Фрунзе в составе 1-й, 4-й и 11-й армий и войск Туркестана. Восточный фронт, выделив 2-ю армию на Южный фронт, получил задачу добить Северную группу Колчака силами 3-й и 5-й армий.
Развернувшиеся в июле — августе 1919 ожесточённые бои на Южном фронте вызвали большие потери в деникинских войсках. Положение белогвардейцев осложнялось поражением армий Колчака и нежеланием казачества выходить за пределы своих областей. Всё это заставило Деникина отказаться от немедленного наступления на Москву и двинуть главные силы Добровольческой армии для ускорения захвата Украины. В июле деникинцы заняли Полтаву, Кременчуг, Екатеринослав и начали наступление на Киев и Одессу. Из района Каменец-Подольска на Киев и Одессу перешли в наступление петлюровские войска, усилившиеся галицийскими частями, отошедшими на В. после ликвидации Западно-украинской республики (создана в конце 1918). Польские войска заняли Минск, Новоград-Волынский и Житомир.
Уроки колчаковщины и деникинщины и огромная разъяснительная работа партии вызвали изменения в настроениях крестьянства в пользу Советской власти. Это, в частности, нашло выражение в массовой добровольной явке дезертиров (до 400 тыс. в июле — августе). Советское командование разработало план наступления против Деникина, однако обеспечить превосходство в силах не удалось, в частности в связи с кавалерийским рейдом генерала К. К. Мамонтова (см. Мамонтова рейд 1919 ) по тылам Южного фронта, который отвлек значительные силы. Поэтому успех, достигнутый в ходе Августовского наступления 1919 , закрепить не удалось. Белые в августе заняли всю Правобережную Украину, 23 августа — Одессу и 31 августа — Киев.