30 декабря 1964 состоялись выборы в федеративный парламент, которые сопровождались острой межпартийной борьбой и кровавыми трайбалистскими столкновениями. В январе 1965 в результате достигнутого компромисса, предусматривавшего проведение дополнительного голосования в 54 избирательных округах, было сформировано новое правительство во главе с А. Т. Балевой, в состав которого вновь вошли представители Северного народного конгресса и НСНГ. правительство поставило в порядок дня проведение необходимых социально-экономических преобразований, направленных на повышение жизненного уровня народа. Но они не были осуществлены. Угрожающие формы и размеры приняли коррупция, взяточничество, непотизм. В вопросах внешней политики правительство Балевы придерживалось односторонней прозападной ориентации, что вызывало недовольство прогрессивных сил. В этих условиях 15 января 1966 в Н. произошёл военный переворот. Образовалось федеральное военное правительство во главе с генералом А. Иронси, которое объявило об упразднении поста президента и всех министерских постов федерального и региональных правительств, в провинции были назначены военные губернаторы. 24 мая 1966 обнародован декрет, провозгласивший Н. унитарной республикой (одновременно было принято решение о запрещении всех политических партий и организаций), который вызвал резкое недовольство, усилились трайбалистские и сепаратистские тенденции на С. и Ю. 29 июля 1966 произошёл новый военный переворот. К власти пришло правительство во главе с подполковником Я. Говоном, сразу же объявившее о восстановлении федеративной формы правления. В сентябре 1966 в Лагосе была созвана Всенигерийская конституционная конференция с целью достижения соглашения относительно будущего государственного устройства Н. Однако в связи с эксцессами в Северной Н. и бойкотом конференции руководителями Восточной Н., взявшими курс на отделение, она была отложена на неопределённое время. Попытки федерального военного правительства Я. Говона урегулировать разногласия с правительством Восточной Н. путём переговоров оказались безуспешными. В начале января 1967 состоялось совещание всех военных руководителей Н. в Абури (Гана), на котором О. Оджукву (губернатор Восточной Н.) настаивал на расширении полномочий правительств провинций, на превращении Н. в некое сообщество или конфедерацию фактически самостоятельных государств. Решения, принятые в Абури, в ряде положений шли навстречу требованиям Оджукву, поскольку федеральное военное правительство стремилось достигнуть соглашения и сохранить единство страны. Однако лидеры восточно-нигерийских сепаратистов продолжали курс на раскол. Оджукву объявил (30 мая 1967) об отделении Восточной Н. и создании самостоятельного государства — «республики Биафра». В июле 1967 началась междоусобная война, длившаяся 30 месяцев и нанёсшая Н. огромный материальный ущерб. К началу января 1970 положение биафрских войск стало безнадёжным. 11 января 1970 Оджукву бежал. 12 января 1970 вооруженные силы сепаратистов капитулировали.
Федеральное военное правительство Н. декретом от 27 мая 1967 объявило о разделении территории страны на 12 штатов. В день празднования 10-летия независимости Н. (1 октября 1970) была выдвинута программа послевоенного переустройства и развития Н. Она предусматривала осуществление плана национального развития (1970—74), реорганизацию вооруженных сил, искоренение коррупции, проведение переписи населения, разработку и принятие новой конституции и ряд др. мероприятий. В программе заявлено также о переходе в 1976 к гражданской форме правления. В течение 1970—73 построено и введено в строй многих новых предприятий, восстановлено хозяйство районов, пострадавших в ходе военных действий 1967—70; значительно вырос товарооборот, улучшилось медицинское обслуживание населения, увеличилось число школьников и студентов. Продолжает действовать «Декрет о чрезвычайном положении в отношении трудовых конфликтов», запрещающий проведение забастовок. Во внешней политике федеральное военное правительство проводит курс на взаимовыгодное сотрудничество с др. государствами. В ООН и ОАЕ Н. выступает за безотлагательное и справедливое решение актуальных проблем современности (разоружение, ликвидация колониализма, расовой дискриминации и др.). Дипломатические отношения между Н. и СССР установлены в 1960. СССР оказывал моральную и материальную поддержку федеральному правительству в период военных действий 1967—70, выступал на стороне сил, отстаивавших единство и территориальную целостность Н. Между Н. и СССР подписан ряд экономических, торговых и культурных соглашений (1968 и др.). Дальнейшее развитие экономического, научно-технического, торгового и культурного сотрудничества предусматривается коммюнике, принятым во время визита Я. Говона в СССР в мае 1974.