В августе во Фландрии начались мощное народное Иконоборческое восстание 1566, быстро распространившееся почти по всей стране. Оно было обращено, прежде всего, против католической церкви (подверглось погромам около 5500 церквей и монастырей). Власти оказались парализованными. Маргарита Пармская вынуждена была согласиться приостановить преследования «еретиков» и ввести ограниченную свободу кальвинизма. Восстание явилось первым актом Н. б. р. Его размах напугал не только правительство, но также дворян и буржуазию. Дворяне объявили свой союз распущенным и помогли властям подавить восстание, консистории отрекались от участия в нём. Летом 1567 в Нидерланды вступили испанские войска под командованием герцога Альбы, установившего режим кровавого террора. За время его пребывания в стране (1567—73) было подвергнуто репрессиям свыше 11 тыс. чел. (в том числе казнены бывшие лидеры дворянской оппозиции Эгмонт и Горн). Народные массы ответили героическим сопротивлением. Укрывшиеся в лесах партизаны (лесные гёзы) истребляли испанских солдат, прислуживавших испанцам чиновников и католических священников. В Голландии и Зеландии морские гёзы громили испанские флотилии и испанские опорные пункты на побережье. Вильгельм Оранский, бежавший с кучкой приверженцев в Германию, также начал борьбу с Альбой, опираясь на помощь немецких протестантских князей и французских гугенотов. Но вторжения войск принца в Нидерланды (1568, 1572) неизменно кончались поражениями.
В 1571 Альба ввёл налог — алькабалу, приведший в Нидерландах, где господствовали товарные отношения, к полному расстройству экономики: закрылись мануфактуры, лавки, обанкротились многие кредитно-банковские конторы, многие наёмные рабочие и ремесленники остались без работы. В этой обстановке морские гёзы 1 апреля 1572 овладели г. Брилом, что послужило сигналом к всеобщему восстанию в Голландии и Зеландии. Руководимые революционно настроенными буржуа и дворянами городская беднота, крестьяне, рыбаки создавали военные отряды, свергали сотрудничавшие с Испанией местные власти, истребляли испанцев и их пособников, громили церкви и монастыри. Представительные органы — штаты Голландии и Зеландии, собравшиеся летом 1572 в Дордрехте, приняли ряд важных решений по организации власти в восставших провинциях, а синод, проведённый там же в 1574, заложил прочные организационные основы кальвинистской церкви на С. страны. Революционная часть буржуазии и народные массы боролись под знаменем кальвинизма за ликвидацию испанского господства и феодального произвола. Но богатое купечество выступало лишь против «крайностей» испанского режима, поддерживало союз с оппозиционным дворянством. С целью «наведения порядка» купеческая олигархия вручила высшую исполнительную власть и верховное военное командование Вильгельму Оранскому, получившему почти диктаторские полномочия (осень 1572). Испанские власти бросили все силы на борьбу с восстанием и одержали ряд побед, но, в конце концов, их усилия разбились о героическое сопротивление революционных сил (оборона Харлема в декабре 1572 — июле 1573, Алкмара в 1573, Лейдена в октябре 1573 — октябре 1574, изгнание испанских войск из Амстердама в 1578).
Успехи революции на С., провал террористической политики Альбы (вынудивший испанское правительство отозвать его в 1573 из Нидерландов), бесчинства и мятежи испанских солдат усилили антииспанское движение и в южных провинциях. 4 сентября 1576 в Брюсселе произошло победоносное антииспанское восстание; центр революционного и освободительного движения переместился на Юг. Собравшиеся осенью 1576 Генеральные штаты всех нидерландских провинций стали основным органом власти в стране; они должны были определить форму управления страной и наметить решение ближайших задач в области внешней и внутренней политики. Однако в них преобладали дворянство и консервативнее бюргерство, не заинтересованные в дальнейшем углублении революции. 8 ноября 1576 было обнародовано соглашение между северной (кальвинистскими) и южной (католическими) провинциями — так называемое Гентское умиротворение, провозгласившее восстановление политического единства страны и мира, но не решившее насущных вопросов (формально была сохранена власть Филиппа II Испанского, не нашёл разрешения религиозный вопрос, предложение о конфискации церковных земель было отвергнуто; вопрос о ликвидации феодальной собственности на землю и феодальных отношений в городе и деревне даже не ставился). 12 февраля 1577 Генеральные штаты заключили с новым испанским наместником доном Хуаном Австрийским так называемый Вечный эдикт — соглашение о примирении с испанским королём на условиях признания им Гентского умиротворения. Однако уже 24 июня 1577 дон Хуан захватил крепость Намюр и стал собирать силы для подавления революции. В ответ на происки дворянско-католической реакции летом и осенью 1577 в Брюсселе, Генте, Ипре, Антверпене и др. городах городские массы свергали реакционные магистраты, создавали свои вооруженные силы и революционные органы власти на местах — «Комитеты 18-ти», которые ведали вначале лишь организацией обороны городов, а затем постепенно вместе с кальвинистскими консисториями и городскими вооруженными отрядами стали вмешиваться в управление всеми сторонами городской жизни. Особенно острая борьба развернулась в Генте, где в конце октября 1577, после ликвидации дворянского контрреволюционного заговора, одержали победу демократические элементы. В сентябре 1577 в Брюссель из Голландии прибыл Вильгельм Оранский, призванный туда своими сторонниками и избранный рувардом (правителем) Брабанта; он взял в свои руки руководство политической жизнью страны. В 1578—79 во Фландрии, Брабанте, Гронингене, Дренте, Фрисландии стало развёртываться мощное крестьянское движение. Восстававшие крестьяне, которых нещадно грабили и «свои» и испанские солдаты, прекращали выплату налогов Генеральным штатам, несение феодальных повинностей своим господам, принимавшим сторону испанцев, захватывали земли дворян и католической церкви, громили замки, истребляли мародёров.