Активные действия русских войск на флангах сковали значит. силы наполеоновской армии (до 115 тыс. чел.), 3-я армия нанесла у Кобрина поражение корпусу Ж. Ренье, направленному в помощь Шварценбергу, а затем сковала корпуса Шварценберга и Ренье на Волыни. 19(31) июля на соединение с 3-й армией из Молдавии выступила Дунайская армия адмирала П. В. Чичагова . Выделенный Наполеоном для наступления на петербургском направлении корпус Ш. Удино 14(26) июля занял Полоцк, но в бою у Клястиц 18—20 июля (30 июля — 1 августа) потерпел поражение и отошёл к Полоцку. Наполеону пришлось направить сюда также корпус Г. Сен-Сира. Корпус Макдональда был скован под Ригой. Первоначальный план Наполеона окружить и разбить по частям русской армии был сорван, а его войска понесли значительные потери в людях и конском составе; дисциплина упала, распространилось мародёрство. Затруднения со снабжением вынудили Наполеона 17—18(29—30) июля остановить армию на 7—8 дней для отдыха в районе от Велижа до Могилёва.
Барклай-де-Толли, подчиняясь давлению со стороны царя, требовавшего активных действий, решил нанести удар на Рудню и Поречье и, воспользовавшись разбросанностью войск противника, попытаться прорвать их центр, а затем разбить по частям др. силы. Однако, вследствие разногласий между командующими и неуверенности Барклая-де-Толли в успехе, благоприятный момент был упущен. Тем временем Наполеон внезапно переправился через Днепр, угрожая захватом Смоленска, и русские армии начали поспешный отход. Упорная оборона дивизии генерала Д. П. Неверовского 2(14) августа под Красным позволила русским войскам успеть занять оборону под Смоленском. В упорном Смоленском сражении 1812 4—6(16—18) августа русские войска мужественно сражались против превосходящих сил врага, однако всё же были вынуждены оставить город. Отразив в бою при Валутиной Горе 7(19) августа попытку противника окружить 1-ю армию, русские войска отошли к Дорогобужу.
Вторжение иноземных захватчиков вызвало патриотический подъём среди различных слоев русских и др. народов России. К началу осени 1812 развернулось партизанское движение в Отечественной войне 1812 . Рус. крестьяне начали активную борьбу с захватчиками. Патриотизм русского народа проявился также в связи с формированием народного ополчения в Отечественной войне 1812 . Крепостное крестьянство надеялось после победы над внешним врагом добиться освобождения и от крепостной зависимости.
Хотя действия Барклая-де-Толли были правильными, непрерывное отступление вызвало всеобщее недовольство. Некоторые даже обвиняли Барклая-де-Толли в измене. Это вынудило Александра I 8(20) августа назначить главнокомандующим всеми действующими армиями генерала М. И. Кутузова , имя которого было особенно популярно в связи с его победами над Турцией и заключением почётного и крайне необходимого для России Бухарестского мирного договора 1812. Кутузов прибыл в армию и принял командование 17(29) августа, когда Барклай-де-Толли, наконец, решил дать противнику генеральное сражение у Царёва Займища. Найдя эту позицию невыгодной, а силы армии недостаточными для генерального сражения, Кутузов отвёл войска дальше на В. на несколько переходов для соединения с подходящими резервами и остановилося у села Бородина, где он решил преградить наполеоновской армии путь к Москве. Прибывшие резервы под командованием генерала М. А. Милорадовича, московские и смоленское ополчения позволили довести силы русской армий до 132 тыс. чел. (в т. ч. 21 тыс. ополченцев и 7 тыс. казаков) при 624 орудиях. Наполеон располагал 135 тыс. чел. при 587 орудиях. 26 августа (7 сентября) произошло Бородинское сражение 1812 , которое началось с рассветом и закончилось в сумерки. Ожесточённое кровопролитное сражение, проходившее в основном в форме фронтальных атак наполеоновских войск на русские укрепленные позиции (Семеновские флеши и батарея Раевского), не решило задач, поставленных Наполеоном (уничтожить русскую армию) и Кутузовым (преградить путь к Москве). Наполеоновская армия, потерявшая 58 тыс. чел. (по французским данным — 30 тыс. чел.), была серьёзно ослаблена. Поздно ночью Кутузов, получив сведения о потерях русской армии (44 тыс. чел.), отказался от мысли возобновить сражение утром и приказал отступать. Русская армия, продемонстрировавшая непоколебимую стойкость и героизм и не утратившая боеспособности, начала отход к Москве, чтобы у её стен, получив подкрепление, снова дать бой противнику. Однако надежды Кутузова на получение подкреплений не оправдались, а выбранная генералом Л. Л. Беннигсеном позиция под Москвой оказалась крайне невыгодной. 1(13) сентября Кутузов собрал в Филях военный совет. Чтобы сохранить силы армии и дождаться подхода резервов, Кутузов приказал оставить Москву без боя, что было выполнено 2(14) сентября. В первый же день вступления войск Наполеона в Москву в городе начались пожары, продолжавшиеся до 6(18) сентября и опустошившие 2 /3 города. Кутузов, совершив искусный фланговый марш-манёвр и переведя армию с Рязанской дороги на Калужскую (см. Тарутинский маневр 1812 ), остановился в Тарутинском лагере, прикрыв южные районы России и развернув интенсивную подготовку к переходу в наступление. Наполеоновская армия испытывала всё возрастающие трудности от усиливавшейся «малой войны» — смелых операций армейских партизанских отрядов, созданных Кутузовым, и крестьянских партизанских отрядов, обложивших наполеоновские войска в Москве и нарушавших их снабжение. Критическое положение заставило Наполеона послать в ставку русского главнокомандующего генерала Ж. А. Лористона с мирными предложениями, адресованными Александру I. Кутузов отверг предложения о мире или перемирии, заявив, что война только начинается и не будет прекращена до тех пор, пока враг не будет изгнан с русской земли. В Тарутине главнокомандующий завершил разработку плана окружения и разгрома наполеоновских войск в междуречье Западной Двины и Днепра силами армии адмирала Чичагова и корпуса генерала Витгенштейна во взаимодействии с главными силами под своим непосредственным руководством. 8(20) октября Витгенштейн выбил противника из Полоцка — важного стратегического пункта в тылу наполеоновской армии. 6(18) октября русские войска нанесли сильный удар по авангарду И. Мюрата на р. Чернишне (севернее Тарутина), что положило начало разгрому наполеоновской армии. Известие о поражении французских войск на р. Чернишне ускорило решение Наполеона об отступлении из Москвы, которое началось вечером 6(18) октября 10(22) октября передовые отряды русских войск вступили в освобожденную Москву. Попытка Наполеона пробиться в южные районы страны окончилась неудачей. Русские войска, преградив противнику путь у Малоярославца 12(24) октября, вынудили его повернуть на разорённую Смоленскую дорогу. Теперь Наполеон, осознав крах своих завоевательных планов, всячески избегал решительного сражения, которое навязывало ему русское командование. В главных силах русской армии насчитывалось 110—120 тыс. чел. Армия Чичагова после соединения с армией Тормасова имела около 60 тыс. чел. Корпус Витгенштейна был усилен до 50 тыс. чел. Чичагов оттеснил войска Шварценберга за Южный Буг, а затем, оставив против него корпус генерала Ф. В. Сакена, 18(30) октября с 30 тыс. чел. двинулся на Минск. Тем временем Кутузов организовал параллельное преследование отступающих наполеоновских войск: с тыла их теснили казачьи полки атамана М. И. Платова, южнее Смоленской дороги двигались сильный отряд генерала М. А. Милорадовича (2 пехотных и 2 кавалерийских корпуса), летучие отряды А. П. Ожаровского, Д. В. Давыдова и севернее дороги — отряды П. В. Голенищева-Кутузова, П. М. Волконского и др. Отходившие наполеоновские войска подвергались непрерывным атакам казачьих и партизанских летучих отрядов. Из-за бескормицы в армии Наполеона начался массовый падёж лошадей, вынуждавший противника бросать свою артиллерию. 22 октября (3 ноября) войска Милорадовича и Платова нанесли поражение французскому арьергарду Л. Даву под Вязьмой . Под угрозой окружения Наполеон был вынужден оставить Смоленск, а вскоре потерпел крупное поражение в сражении под Красным 3—6 (15—18) ноября, в котором был разгромлен арьергард М. Нея. За месяц боев русские войска захватили 90 тыс. пленных и свыше 500 орудий. В ноябре начались холода, плохо одетые и голодные наполеоновские солдаты всё более теряли боеспособность, её сохраняли ещё лишь гвардия и присоединившиеся к гл. силам корпуса К. Виктора и Г. Сен-Сира. Из уцелевших солдат главных сил «Великой армии» (около 75 тыс.) в строю был