Климат на большей части П. тропический, на С.-З. — субтропический, преимущественно сухой континентальный, в горах на С. страны четко прослеживается высотная поясность. В январе температура на равнине Инда колеблется обычно от 12 до 16° С (на побережье Аравийского моря до 20° С), в горах на С. отмечаются морозы (в высокогорьях до — 20° С). Средняя температура июля (самый жаркий месяц) в пустынях на Ю. и Ю.-В. — до 35° С, на побережье — около 29° С, в горах и на плоскогорьях на З. — 20—25° С, на высоте около 5000 м — до 0° С. На равнине Инда и в горах на С. страны большая часть осадков выпадает в период юго-западного муссона (в июле — сентябре), в пределах Иранского нагорья — зимне-весенний максимум осадков. На побережье в год выпадает 150—250 мм, в Синде — 100—200 мм (в пустыне Тар местами до 50 мм ), в долинах и на плоскогорьях на С.-З. — 250—400 мм, в Пенджабе и в предгорьях — 350—500 мм, в горах на С. страны — 1000—1500 мм в год. Испаряемость почти повсеместно в несколько раз превосходит годовую сумму осадков.
Внутренние воды . Большая часть П. находится в пределах бассейна Инда, западные районы имеют местный сток в Аравийское море или относятся (в Белуджистане) к территории с внутренним стоком. Общий годовой сток в бассейн Инда — 208 км3 , из которых примерно половина приходится на Инд, а остальное — на его главный приток Сатледж (Панджнад), собирающий воды основных рек Пенджаба (Чинаб, Рави, Джелам, Биас). На крупных реках отмечается значительное летнее половодье, обусловленное муссонными дождями и таянием снежников и ледников в горах. Часты наводнения, для защиты от которых русла многих рек на большом протяжении обвалованы. Летние расходы воды в 10—16 раз больше зимних, а отдельные реки зимой и весной полностью пересыхают. Значительная часть стока (в бассейне Инда до 40%) расходуется на орошение. За исключением гор на С. страны, речная сеть редкая, а в отдельных районах пустыни Тар и западной части Белуджистана реки отсутствуют. На орошаемых землях — многочисленные оросительные каналы.
Почвы и растительность . На равнинах П. преобладают серозёмы и серо-коричневые почвы. На Ю.-В., в пустыне Тар,— песчаные почвы, а в межгорных впадинах Белуджистана песчаные почвы пустынь чередуются с солончаками. В предгорьях — коричневые почвы и бурозёмы. В горах с высотой последовательно сменяют друг друга горные коричневые, горные бурые лесные, горно-луговые и горные лугово-степные почвы. В сухих горах и предгорьях, главным образом на западе П., широко развит смыв почв горными потоками. Развитие орошения на равнинах резко усилило процессы засоления и заболачивания почв, в результате чего значительные территории ежегодно не используются в сельском хозяйстве. Большие площади (главным образом в Пенджабе) распаханы. Растительность преимущественно полупустынная и пустынная. Наиболее скудная растительность — в пустыне Тар, где преобладают песчаные гряды, полузакреплённые ксерофитными кустарниками (каллигонум, акации и др.) и жёсткими травами. На равнине Инда естественная растительность — полупустыни и опустыненные саванны (чий, полыни, каперсы, астрагалы и др.), вдоль Инда и др. рек — полосы древесно-кустарниковых и тростниковых зарослей — тугаев, в дельте Инда и вдоль побережья Аравийского моря — местами мангровые заросли. На Иранском нагорье широко распространена полупустынная формация колючих подушковидных кустарников (нагорных ксерофитов), в горах Белуджистана — редкие заросли фисташки, арчи. В горах на С. на высоте 1500—3000 м — отдельные участки листопадных (преимущественно дубовых) и хвойных (ель, пихта, сосна, гималайский кедр) лесов. Леса занимают всего 3% территории П. В долинах вблизи селений — плантации финиковой пальмы (на Ю. страны), цитрусовых, маслин, фруктовые сады. Вдоль оросительных каналов часты насаждения шелковицы.
Животный мир П. представлен индо-африканскими, центральноазиатскими и средиземноморскими видами. Из крупных млекопитающих в горах водятся леопарды, дикие бараны и козлы, персидская газель; на равнинах — гиены, шакалы, кабаны, дикие ослы; многочисленны грызуны. Разнообразен мир птиц (орлы, грифы, павлины, попугаи). Много змей, в Инде водятся крокодилы. Аравийское море богато рыбой (сельдь, тунец и др.).