Нерешённость основных проблем развития П. привела к отходу от Мусульманской лиги широких слоев населения, усилению в ней фракционной борьбы и к возникновению в конце 40 — начале 50-х гг. первых оппозиционных буржуазно-демократических партий (Авами лиг, Азад Пакистан парти и др.).
Рост экономических трудностей и сохранившееся влияние английских монополий вызвали недовольство части патриотически настроенного офицерства. В марте 1951 участники армейской оппозиции были арестованы (дело о так называемом «Заговоре в Равалпинди»), репрессиям подверглись также компартия и демократические организации. Обострилась борьба в правящем лагере (вокруг проектов конституции П. и др.). 16 октября 1951 был убит премьер-министр П. Лиакат Али Хан .
Весной 1953 в Западном П. имели место кровавые антиахмадийские волнения (см. Ахмадие ), в значительной степени подорвавшие позиции правящих кругов. В Восточном П. в декабре 1953 был создан Объединённый фронт оппозиционных партий, который нанёс в марте 1954 сокрушительное поражение Мусульманской лиге на выборах в Законодательное собрание Восточного П., было сформировано правительство Объединённого фронта во главе с А. К. Фазлул Хаком. Чтобы сохранить власть, правящие круги П. ввели в Восточном П. чрезвычайное положение; 30 мая 1954 правительство Объединённого фронта было распущено, 5 июля 1954 запрещена деятельность компартии в Восточном П., 24 июля 1954 — в Западном П. 24 октября 1954 чрезвычайное положение было введено и в Западном П. В 1954 П. вступил в СЕАТО, в 1955 — в Багдадский пакт (с 1959 — СЕНТО).
Выборы в Учредительное собрание П. (июнь 1955) свидетельствовали о дальнейшем падении влияния правящих кругов. Чтобы удержаться у власти, лидеры Мусульманской лиги пошли на некоторые уступки бенгальскому национальному движению; в 1954 бенгальский язык был признан, наряду с урду, государственным языком П. В августе 1955 было сформировано коалиционное правительство — Мусульманская лига — Объединённый фронт. В октябре 1955 правящие круги провели объединение территории Западного П. в единую провинцию [до 1955 Западный П. делился на 4 провинции (Пенджаб, Северо-Западная Пограничная провинция, Синд и Белуджистан), ряд княжеств (Бахавалпур, Калат, Дир и др.) и особые районы племён].
29 февраля 1956 Учредительное собрание приняло конституцию П., согласно которой 23 марта 1956 П. был провозглашен федеративной Исламской Республикой П.
Коалиция правых лидеров Объединённого фронта с Мусульманской лигой вызвала недовольство левых и центристских партий, входивших в Объединённый фронт. В сентябре 1956 было создано коалиционное правительство — Авами лиг — Республиканская партия (основана в 1956), возглавляемое Х. Ш. Сухраварди (до октября 1957). Однако и это правительство не смогло решить назревших задач. Проходили массовые забастовки рабочих, усилились крестовые и национальные движения. В результате объединения партий, выступавших за коренной пересмотр внутренней и внешней политики П., в ноябре 1956 в Западном П. образовалась Национальная партия; в июле 1957 она слилась с левым крылом Авами лиг в единую Национальную народную партию. Вместе с тем усилившаяся борьба различных группировок в правящем лагере привела в октябре 1957 — октябре 1958 к серии правительственных кризисов. Укрепившаяся крупная торгово-промышленная буржуазия выражала недовольство монополией на власть, которую сосредоточили в своих руках земляные магнаты Западного П. В этих условиях 7—8 октября 1958 был произведён военный переворот, отменена конституция, запрещены политические партии. 27 октября 1958 функции президента взял на себя главнокомандующий вооруженными силами М. Айюб Хан . В результате переворота укрепились позиции крупной буржуазии и прослойки помещиков, связанной с предпринимательской деятельностью; в интересах этих социальных сил в 1959—60 был проведён ряд реформ, усилен контроль над экономическим развитием провинций. В Западном П. у 5 тыс. крупнейших помещиков изъяли за выкуп 880 тыс. га земли, которые были проданы 74 тыс. арендаторов. В 1962 принята новая конституция, которая установила президентскую форму правления и косвенную систему выборов законодательных органов и главы государства. В 1962 и 1965 президентом избирался М. Айюб Хан, большинство мест в законодательных органах получала возглавлявшаяся им Мусульманская лига.
В 60-е гг. наметился отход П. от односторонней внешнеполитической ориентации на западные державы. 4 марта 1961 было заключено соглашение П. с СССР о сотрудничестве в поиске и разведке нефти и газа.
Возникший осенью 1965 конфликт между П. и Индией, связанный с нерешенными вопросами, истоки которых восходили к колониальному прошлому этих государств (см. Кашмир ), привёл к вооруженному столкновению. Советское правительство 4 и 17 сентября 1965 предложило П. и Индии добрые услуги для восстановления мира и нормализации отношений; по его инициативе 4—10 января 1966 в Ташкенте состоялась встреча президента П. и премьер-министра Индии; подписанная ими Ташкентская декларация 1966 открыла путь мирному урегулированию конфликта.
Вооруженный конфликт 1965 с Индией тяжело сказался на экономическом положении П. Были сокращены расходы на экономическое развитие и социальные нужды. В 1966—69 наблюдался рост рабочего и студенческого движения (в 1965 в результате стачек трудящихся потеряно 622 тыс. человеко-дней, в 1967—2492 тыс.). Происходил рост национальных движений, требовавших реорганизации административно-территориального устройства П. на национальной основе, предоставления провинциям полной региональной автономии, введения всеобщего прямого избирательного права. Усиление демократических движений привело к политическому кризису. 25 марта 1969 М. Айюб Хан передал власть генералу А. М. Яхья Хану, в стране вновь был установлен военный режим. Военная администрация в 1970 реорганизовала единую провинцию Западный Пакистан, создав на её основе 4 провинции: Пенджаб, Синд, СЗПП и Белуджистан.
В декабре 1970 состоялись первые в истории П. всеобщие выборы, на которых победу одержали партии, выступавшие с программой демократических преобразований: в Восточном П.— Авами лиг, руководимая Муджибур Рахманом, и в Западном П.— Партия пакистанского народа (Народная партия), возглавляемая З. А. Бхутто. Руководство Авами лиг потребовало передачи власти избранному большинству депутатов Национального собрания и закрепления в конституции права Восточного П. на полную региональную автономию. Отказ правящих кругов П. принять эти требования привёл к острейшему политическому кризису.
26 марта 1971 в ответ на репрессии пакистанских властей была провозглашена независимая Народная Республика Бангладеш (территория Восточного П.). Наплыв в Индию миллионов беженцев из Восточного П. привёл к резкому обострению пакистано-индийских отношений и широкому вооруженному конфликту между П. и Индией (декабрь 1971). Пакистанские войска в Дакке капитулировали 16 декабря 1971. Спустя два дня военные действия были прекращены и на З. 20 декабря 1971 генерал А. М. Яхья Хан ушёл в отставку, передав власть З. А. Бхутто. Встреча президента Пакистана З. А. Бхутто и премьер-министра Индии И. Ганди в Симле (1972) положила начало урегулированию пакистано-индийских отношений.