П. возникла в середине 19 в. Необходимыми предпосылками были: разработка относительной геохронологической шкалы на основе данных биостратиграфии; появление учения о фациях (швейцарский геолог А. Гресли, 1838), согласно которому одновозрастные отложения, представленные разнообразными типами осадочных пород, отражают разную физико-географическую обстановку их накопления; обоснование английским геологом Ч. Лайелем метода актуализма , позволяющего восстанавливать физико-географические условия прошлых геологических эпох путём аналогии с современными условиями.
В основу П. положено составление различного рода палеогеографических карт (см. Литолого-фациальные карты ).
Первые палеогеографические карты, появившиеся в 60-х гг. 19 в., изображали распределение древних морских бассейнов на месте современных материков. Таковы карты юрского периода (мировая и Европейской России) Ж. Марку (1860), мелового периода Северной Америки Дж.Дана (1863), серия палеогеографических карт Европейской России для ряда последовательных геологических периодов Г. А. Траутшольда (1877), А. П. Карпинского (1880), А. А. Иностранцева (1884). Наибольшую известность получили карты, составленные Карпинским (1887 и 1894), который сделал на основе их анализа важнейшие выводы о закономерностях движений земной коры в пределах Русской равнины, увязав их с развитием смежных горных систем.
Мировые палеогеографические карты отдельных периодов и эпох публиковались на рубеже 19—20 вв. и в начале 20 в. французскими геологами А. Лаппараном и Э. Огом, австрийским геологом М. Неймайром, русским учёным И. Д. Лукашевичем; на этих картах делалась попытка восстановить распределение суши и моря не только на материках, но и в пределах современных океанов на основе экстраполяции данных по обрамляющей суше. Э. Ог придал палеогеографическим картам палеотектоническое содержание, показывая на них, помимо суши и моря, также геосинклинальные и платформенные области. Немецкий геофизик А. Вегенер в 1912, положив начало мобилизму в геологии, изобразил на серии карт предполагаемый процесс распада гипотетического суперконтинента Пангеи и образования Атлантического и Индийского океанов.
В начале 20 в. от обобщённых палеогеографических схем для отдельных периодов и эпох начали переходить к более детальным картам небольших регионов, составляемым для геологии веков или ещё более узких интервалов времени (карты Н. И. Андрусова для неогеновых бассейнов Черноморско-Каспийской области, А. П. Павлова для раннемеловых бассейнов Европейской России, А. Д. Архангельского для позднего мела Поволжья и Туркестана). Исследования Андрусова положили начало палеоэкологическому, а Архангельского — сравнительно-литологическому направлениям в П. В 1910 Ч. Шухертом была впервые опубликована большая серия палеогеографических карт Северной Америки, неоднократно переизданная по более новым материалам. Чтение курса П. в вузах (Мюнхенский университет, Э. Даке, 1912) и публикации первых руководств по П. (Е. Dacqué, 1915; Th. Arldt, 1919, 1922) утвердили положение П. как самостоятельной науки.
С 30-х гг. 20 в. палеогеографические реконструкции становятся необходимой предпосылкой поисков полезных ископаемых (нефти и газа, угля, солей, бокситов, фосфоритов, алмазов и пр.). Совершенствуется одна из основ П.— учение о фациях (У. Твенхофел, Д. В. Наливкин).
Большое значение для палеогеографических исследований имели работы Л. Б. Рухина (1959), Б. П. Жижченко (1959), К. К. Маркова (1960) и др.
Разнообразие методов позволяет выделить несколько направлений П., изучающих разные стороны физико-географических условий геологического прошлого.
Палеоэкологическое направление — анализ состава и др. особенностей осадочных пород и заключённых в них органических остатков с целью выяснения образа жизни и среды обитания животных и растительных организмов геологического прошлого; частей бассейнов, их связи с соседними морями; по организмам-индикаторам судят о климатических условиях, степени солёности и др. особенностях бассейнов (советский палеонтолог Р. Ф. Геккер и др.).
Палеобиогеографическое направление выявляет зоогеографические и флористические провинции и области для отдельных периодов и эпох геологического прошлого (серия мировых карт французских учёных А. и Ж. Термье). Палеобиогеографические, литолого-геохимические и палеотемпературные данные используются для палеоклиматических реконструкций. Например, мировые карты Л. Б. Рухина (1959), Н. М. Страхова (1960) и М. Шварцбаха (1961) выявили существенные отличия древней климатической зональности от современной. Палеоклиматы Земли составляют предмет палеоклиматологии .
Терригенно-минералогическое направление (В. П. Батурин), используя состав акцессорных минералов тяжёлой и лёгкой (кварц, полевые шпаты) фракций для корреляции осадочных толщ, даёт возможность определять области сноса, пути переноса и области накопления обломочных осадков определённого состава и происхождения.
Геохимическое направление (А. П. Виноградов, Л. В. Пустовалов, А. Б. Ронов, Г. И. Теодорович, И. С. Грамберг, Л. А. Гуляева и др.— в СССР; У. Крумбейн и Р. Гаррелс — в США) занимается определением солёности и физико-химического режима древних бассейнов, эволюции их состава, а также состава атмосферы во времени, основываясь на изучении аутигенных минералов, концентраций и соотношений характерных элементов (Cl, F, В, Вг, Ca, Mg, Sr), степени окислённости железа FeO (Fe2 O3 ) в глинистых и карбонатных породах. В 60—70-е гг. всё большее значение приобретает методика определения различных свойств древних водоёмов с помощью точных физико-химических методов [определение палеотемператур с помощью изучения соотношения Ca/Mg изотопов кислорода (18 O/16 O) в раковинах древних организмов — Г. Лёвенстам, С. Эпстайн в США, Р. В. Тейс и др. в СССР].
Изучение динамики древних водоёмов — выявление течений, установление характера среды накопления осадков (русло реки, море и др.) — составляет предмет динамической П. (А. В. Хабаков и др.), использующей особенности текстуры осадочных пород — ориентировку косой слоистости, знаки ряби и т.п.
Большое развитие получило с 30-х гг. палеотектоническое направление, основанное на анализе распределения фаций, мощностей, формаций древних отложений. Первые палеотектонические карты были опубликованы в СССР В. В. Белоусовым, А. Б. Роновым и В. Е. Хаиным.
В специальную ветвь П. обособилась палеовулканология, которая занимается палеогеографической реконструкцией вулканических областей, где нормальный ход накопления осадков эпизодически прерывается лавовыми потоками, выпадением масс вулканического пепла и др. вулканических выбросов. В палеовулканологии применяются структурно-фациальный и формационный анализы и современные методы физических и химических исследований (Ф. Ю. Левинсон-Лессинг, А. Н. Заварицкий, И. В. Лучицкий).
Изучение древнего рельефа составляет предмет палеогеоморфологии (К. К. Марков, И. П. Герасимов, Ю. А. Мещеряков). Реликты рельефа в открытом или погребённом виде, а также при захоронении и откапывании частично разрушаются и в разной степени преобразуются под воздействием эндогенных и экзогенных процессов. Путём общего геоморфологического анализа реликтовых форм и на основе материалов палеогеографических и палеотектонических анализов палеогеоморфология реконструирует рельеф, существовавший в разные геологические эпохи, восстанавливает историю и закономерности его развития. С появлением в 50-х гг. палеомагнитного метода определения древних широт и началом изучения знакопеременных линейных магнитных аномалий океанов возродились идеи мобилизма и вновь получили распространение палеогеографические реконструкции, основанные на гипотезах существования в конце докембрия единой континентальной массы Пангеи, а в палеозое суперконтинента Гондваны.