Важной вехой в истории П. ц. в России явилось учреждение патриаршества в 1589. Этим актом была закреплена и оформлена в нормах канонического права независимость рус. церкви от константинопольского патриарха. Она стала автокефальной и юридически. Возросло её международное значение.
Крупный конфликт между П. ц. и самодержавием произошёл при патриархе Никоне , объявившем «священство выше царства». Однако тенденция поставить руководство П. ц. над светской властью была пресечена Алексеем Михайловичем , а Никон низложен. Во 2-й половине 17 в. в П. ц. возник раскол , внешним поводом для которого послужили проведённые в 1653—56 Никоном реформы, направленные на укрепление крепостнической церковной организации и исправление богослужебных книг. Церковная реформа, окончательно подчинившая П. ц. самодержавию, была проведена при Петре I Великом . В 1721 патриаршество было уничтожено, а для управления П. ц. учреждена особая духовная коллегия — Святейший Правительствующий Синод во главе с президентом. В 1722 должность президента была упразднена, а надзор за деятельностью Синода поручен обер-прокурору Синода. В результате церковной реформы Петра I П. ц. стала по существу частью государственного аппарата. В 1764 последовала секуляризация церковных владений, поставившая П. ц. в полную зависимость от государственной власти и способствовавшая превращению П. ц. в одно из звеньев царского государственного аппарата. Церковные реформы 18 в., полностью подчинившие П. ц. самодержавию, придали русскому православию вероучительную, каноническую и организационную форму, в основном сохранявшуюся на протяжении последующего времени вплоть до падения царизма.
П. ц. была одним из важнейших институтов государства. Являясь крупным собственником и эксплуататором, она верно служила господствующим классам царской России. Духовенство внушало трудящимся мысль о «богоустановленности» царской власти, помогало самодержавию подавлять крестьянские восстания, выступления дворянских революционеров, движение разночинцев, активно противодействовало революционной борьбе пролетариата. Во всех трёх русских революциях русская П. ц. находилась в стане антинародных сил. Она тормозила социальный, научно-технический и культурный прогресс: противилась отмене в России крепостного права, выступала за сохранение телесных наказаний, осуждала стремление женщин к равноправию, всячески мешала распространению знаний в массах, преследовала передовых учёных и деятелей культуры, стремилась дискредитировать в глазах трудящихся идеи научного социализма. После падения самодержавия русская П. ц. стала союзником буржуазного Временного правительства. Временное правительство санкционировало созыв в августе 1917 поместного собора русской П. ц. — первого после замены патриаршей формы церковного управления синодальной. В ноябре 1917 собор восстановил патриаршество, избрав главой русской П. ц. реакционера Тихона (Белавина).
Великую Октябрьскую социалистическую революцию большинство священников встретило с неприкрытой враждебностью. Патриарх Тихон, поддержанный поместным собором, предал Советскую власть церковному проклятию — анафеме. В годы Гражданской войны 1918—20 многие представители русского православного духовенства активно сотрудничали с белогвардейцами и интервентами, надеясь на восстановление дореволюционных порядков. В 1922 П. ц. попыталась сорвать изъятие части церковных ценностей, предназначавшихся для закупки за границей хлеба голодающему населению Поволжья и др. районов страны. Контрреволюционная деятельность церковников вела к изоляции их от основной массы верующих. Чтобы сохранить влияние русской П. ц., наиболее дальновидная часть духовенства выступила с идеей «обновления» православия — признания социалистического государства, модернизации социально-этической доктрины, изменения в духе времени православного вероучения и уклада церковной жизни. Возникли реформаторские группы «Живая церковь», «Союз общин древле-апостольской церкви», «Союз церковного возрождения» и др., объединившиеся в т. н. обновленческую церковь. Успехи социалистического строительства заставили Тихона и его сторонников отказаться от борьбы с Советской властью и постепенно перейти на позиции лояльного к ней отношения. Преемник Тихона митрополит Сергий (Страгородский) (патриарх с 1943) декларацией от 29 июля 1927 закрепил новую политическую ориентацию русской П. ц., осудив церковную контрреволюцию и призвав духовенство и верующих оказать активную поддержку внутренней и внешней политике Советского государства. В 1945 состоялся поместный собор русской П. ц. Он завершил процесс реорганизации Московского патриархата в послеоктябрьский период и ориентировал церковь на поиски путей приспособления к существованию в условиях социализма. Собор принял «Положение об управлении рус. православной церковью», действующее и ныне (с поправками архиерейского собора 1961, одобренными поместным собором 1971), а также избрал патриархом Алексия (Симанского).
С переменой политической ориентации русская П. ц. начала пересмотр традиционных социально-нравственных воззрений. Она положительно оценила (с позиций религиозного восприятия) успехи социалистического и коммунистического строительства, призвала верующих к активному участию в общенародном движении сторонников мира и т.п. Стали усиливаться модернистские тенденции и в чисто религиозных аспектах идеологии и практики русской П. ц. Признано возможным по-новому формулировать как сами христианские догмы, ранее считавшиеся неприкосновенными, так и выводы из них. В частности, больше не воспеваются бессмысленные страдания, которые раньше считались прямым путём к «личному спасению», не пропагандируется в прежней форме идея «ухода от мира», труд объявлен не «наказанием господним», а «богоугодным делом», пересматривается традиционное толкование многих положений Библии — буквальное понимание библейских текстов в ряде случаев заменяется аллегорическим. Исподволь модернизируются культ и уклад церковной жизни. Фактически изъяты из обращения из-за их неприменимости обряды освящения новопостроенных сооружений, колодцев, скота перед первым выгоном в поле, не проводятся крестные ходы к «святым местам», не совершаются молебны в поле и т.п. Введены такие богослужебные новшества, как заочное отпевание умерших, общая исповедь. Верующим прощают несоблюдение постов, нерегулярное посещение храма, систематические опоздания к началу богослужения и уход до его окончания. В церковное обращение вводятся новые молитвы и службы, например «неделя молитв о христианском единстве». Некоторые итоги деятельности русской П. ц. по приспособлению к новым условиям подвёл поместный собор, проходивший в 1971 и ориентировавший Московскую патриархию на дальнейшее обновление русского православия, на активизацию её деятельности по укреплению своих позиций в секуляризованном обществе и расширению контактов с др. христианскими церквами и объединениями. Собор особым решением снял церковное проклятие со старообрядцев. Патриархом был избран Пимен (Извеков).
Эволюция русского православия не могла сделать и не сделала его мировоззренчески приемлемым для строителей коммунизма. И модернизированное, оно остаётся пропагандистом антинаучной религиозной идеологии, поборником христианских нравственных идеалов, противоречащих нормам коммунистической морали. Коренная противоположность науки и религии неустранима при всех самых радикальных модификациях религиозной веры.