Социально-экономическое развитие Ш. отличалось большим своеобразием. Значительные части кантонов на протяжении всего средневековья были присущи неразвитость феодальных отношений, длительное сохранение общины-марки, свободного (и лично, и поземельно) крестьянства, аграрно-патриархальный характер экономики. Регулярным промыслом многих кантонов (особенно отсталых, с относительным аграрным перенаселением) стало военное наёмничество. В городских кантонах (Цюрихе, Базеле, Берне) и таких союзных землях, как Санкт-Галлен, Женева, главную роль в экономике играли ремесло и торговля. Города Берн, Женева, Базель, Цюрих были крупными центрами ремесленного производства и банковских операций, общеевропейское значение имели ярмарки Базеля, Женевы. Земледелие в сельских районах городских кантонов местами приняло развитые товарные формы. Устойчиво сохранялись крепостнические и полукрепостнические отношения в подвластных территориях.
С конца 15 — начала 16 вв. в Ш. (преимущественно в наиболее развитых городских кантонах и некоторых союзных землях) происходил процесс разложения феодальных отношений. Возникали капиталистические мануфактуры в текстильном производстве, книгопечатании, производстве бумаги (Базель, Женева, Берн, Цюрих). На товарно-предпринимательской основе были организованы в ряде мест виноградарство и виноделие. Товарный характер приобрело молочное животноводство. Но развитию новых отношений препятствовали политическая раздробленность, отсутствие покровительства промышленности со стороны патрицианско-цеховых властей городов, система военного наёмничества, отвлекавшего население от производительного труда, наличие феодального землевладения. В городах шла борьба между городскими землевладельцами и патрициатом, ремесленными цехами и нарождавшейся буржуазией. Крестьянство выступало против феодалов, а также против городов, эксплуатировавших сельскую округу. Обострившаяся в начале 16 в. социальная борьба способствовала возникновению реформационного движения (см. Реформация ). Его инициатором в Ш. был У. Цвингли . В 1523—1525 он провёл Реформацию в Цюрихе. Было секуляризовано церковно-монастырское имущество, закрыты монастыри, из церквей удалены иконы. Одновременно были запрещены ростовщичество, военное наёмничество; патрициат и дворянство почти полностью вытеснены из городского управления, вновь созданная церковная организация подчинена городскому магистрату. Реформационное движение развернулось также в Санкт-Галлене, Базеле, Шафхаузене, Золотурне, Берне. Оно сопровождалось в 1524— 1525 крестьянскими антифеодальными выступлениями (особенно в окрестностях Цюриха, Берна, Базеля, а также в Шафхаузене, Санкт-Галлене, Золотурне, Тургау, Ааргау).
Почти повсеместно крестьянские выступления были поддержаны городским плебейством, часто возглавлявшимся анабаптистами . Поражение Крестьянские войны в Германии облегчило швейцарским властям подавление (в основном к 1526) крестьянско-плебейского движения. Цвинглианство, продолжавшее распространяться, утвердилось в конце 20-х гг. 16 в. в Берне, Санкт-Галлене, Шафхаузене, Гларусе, Биле, Базеле, в 1532—35 в Женеве. Протестантские кантоны заключили между собой союзный договор, Цвингли вынашивал план проведения Реформации во всей Ш. и объединения её под главенством Цюриха. Это встретило сопротивление экономически отсталых кантонов, оставшихся католическими, а также Берна, который сам претендовал на гегемонию в Ш. Каппельские войны (1529, 1531) между протестантскими и католическими кантонами окончились поражением протестантов и гибелью Цвингли. С середины 30-х гг. центр реформационного движения переместился в Женеву, где с 1536 развернулась деятельность Ж. Кальвина (с 1541 постоянно жил в Женеве); в начале 40-х гг. в Женеве был введён кальвинизм , она стала центром распространения кальвинистской Реформации в Европе. Во 2-й половине 16 в. кальвинизм вытеснил цвинглианство и в других швейцарских протестантских кантонах.