Секретариат СЭВ — экономический и исполнительно-административный орган Совета, состоит из отраслевых и функциональных отделов. Руководящий персонал и специалисты Секретариата комплектуются из граждан стран — членов СЭВ. Местопребывание — г. Москва. Работой Секретариата руководит Секретарь СЭВ и его заместители. Секретарь — главное должностное лицо Совета, представляет СЭВ перед официальными лицами и организациями стран — членов СЭВ и др. стран, а также перед международными организациями.
В составе СЭВ имеются институт стандартизации и Международный институт экономических проблем мировой социалистической системы. Коммунистические и рабочие партии стран — членов СЭВ направляют деятельность органов Совета на разработку общетеоретических, методологических и идеологических вопросов, определяющих сущность процесса социалистической экономической интеграции и составляющих её элементов, создание и совершенствование высокоразвитого международного механизма экономического и научно-технического сотрудничества.
Формы и методы деятельности СЭВ постоянно совершенствуются в соответствии с задачами, выдвигаемыми коммунистическими и рабочими партиями на каждом этапе социалистического и коммунистического строительства. В истории СЭВ прослеживаются следующие этапы.
Первый этап (1949—58) — это период становления многостороннего экономического и научно-технического сотрудничества стран — членов СЭВ. Главное внимание уделялось развитию внешней торговли и организации научно-технического сотрудничества, Сессия СЭВ (2-е заседание Сессии, август 1949) приняла рекомендации вести торговлю между участниками на основе долгосрочных соглашений, что позволило упрочить экономику стран СЭВ и гарантировать стабильное получение необходимых материалов и оборудования и сбыт своей продукции. Большое значение для выполнения странами планов индустриализации имели также принятые Сессией СЭВ (2-е заседание) решения о научно-техническом сотрудничестве, которые предусматривали безвозмездную взаимную передачу технической документации. Одновременно СЭВ решает и вопросы производственного сотрудничества, взаимного согласования народно-хозяйственных планов, специализации и кооперирования производства.
Второй этап (1959—62) сотрудничества начался с Совещания представителей коммунистических и рабочих партий стран — членов СЭВ (май 1958). Были заложены основы международной специализации и кооперирования производства; проведена координация планов на 1961—65. В результате были в основном решены проблемы удовлетворения потребностей стран — членов СЭВ в топливе, сырье, машинах и оборудовании на планируемый период. По решению Сессии СЭВ (10-е заседание Сессии, декабрь 1958) совместными усилиями стран осуществлено строительство крупнейшего в мире нефтепровода «Дружба» (свыше 4,5 тыс. км) для транспортировки советской нефти в ВНР, ГДР, ПНР и ЧССР. Строительство нефтепровода и возрастающие поставки советской нефти способствовали удовлетворению потребностей братских стран в топливе и созданию большой нефтехимии. По решению Сессии СЭВ (11-е заседание Сессии, май 1959) была организована параллельная работа объединённых энергосистем «Мир». В 1962 образовано Центральное диспетчерское управление объединённых энергосистем (Прага).
Третий этап (1962—69) начался с Совещания первых секретарей ЦК коммунистических и рабочих партий и глав правительств стран — членов СЭВ (июнь 1962), наметившего дальнейшие пути экономического и научно-технического сотрудничества, Основой деятельности СЭВ стали одобренные Совещанием «Основные принципы международного социалистического разделения труда». Этот этап характеризовался углублением сотрудничества стран в области координации их народно-хозяйственных планов — основного метода деятельности СЭВ и главного средства формирования международного социалистического разделения труда. Для организации сотрудничества в конкретных областях экономики были созданы международные экономические организации Интерметалл (1964), Общий парк грузовых вагонов (1964), Организация сотрудничества подшипниковой промышленности (1964). В целях содействия развитию внешней торговли стран — членов СЭВ, а также расширения их сотрудничества с др. странами в октябре 1963 было подписано Соглашение о многосторонних расчётах в переводных рублях и организации Международного банка экономического сотрудничества.
Начало новому этапу сотрудничества стран — членов СЭВ положено на 23-м (специальном) заседании Сессии Совета (апрель 1969). В её работе участвовали первые (генеральные) секретари ЦК коммунистических и рабочих партий и главы правительств стран — членов СЭВ. Отметив огромные достижения в развитии производительных сил стран социалистического содружества, Сессия приняла решение о разработке Комплексной программы дальнейшего углубления и совершенствования сотрудничества и развития социалистической экономической интеграции стран — членов СЭВ. Разработанная коллективными усилиями всех государств — членов СЭВ, эта программа, рассчитанная на 15—20 лет, единодушно принята в июле 1971 на 25-м заседании Сессии СЭВ. Её реализация является главным содержанием экономического и научно-технического сотрудничества, представляет собой магистральный путь совершенствования международного социалистического разделения труда, мощное средство интенсификации общественного производства каждой страны — члена СЭВ и всего содружества стран, ускоренного развития научно-технического прогресса.
Придавая большое значение укреплению плановых основ сотрудничества и органичной увязке мероприятий Комплексной программы с народно-хозяйственными планами стран — членов СЭВ, Сессия Совета (29-е заседание, нюнь 1975) одобрила подготовленный Комитетом СЭВ по сотрудничеству в области плановой деятельности с участием Комитета СЭВ по научно-техническому сотрудничеству «Согласованный план многосторонних интеграционных мероприятий стран — членов СЭВ на 1976—1980 гг.». Разработка такого плана — качественно новый этап углубления и совершенствования сотрудничества и развития социалистической экономической интеграции. Сессия СЭВ (29-е заседание, июнь 1975) поручила Комитету СЭВ по сотрудничеству в области плановой деятельности с участием соответствующих постоянных комиссий и Секретариата СЭВ организовать в 1975—77 разработку проектов долгосрочных целевых программ сотрудничества на период до 1990 для совместного решения проблем, носящих комплексный характер: обеспечения экономически обоснованных потребностей стран — членов СЭВ в основных видах энергии, топлива и сырья; согласованного на двусторонней и многосторонней основе развития машиностроения на базе глубокой специализации и кооперирования производства; удовлетворения потребностей в продовольствии, а также потребностей в товарах народного потребления.
Реализуя Комплексную программу, органы СЭВ подготовили, а страны — члены СЭВ заключили ряд важных многосторонних соглашений, направленных на удовлетворение их потребностей в топливе, энергии и сырье. Заключены соглашения о совместном строительстве в СССР Усть-Илимского целлюлозного (1972), Киембаевского горно-обогатительного асбестового комбинатов (1973), о создании мощностей по производству химических средств защиты растений (1973), предприятий по производству железосодержащего сырья и отдельных видов ферросплавов (1974), о сотрудничестве в освоении Оренбургского газоконденсатного месторождения и строительстве магистрального газопровода из района Оренбург — западная граница СССР длина 2750 км (1974), строительстве (1974) линии электропередачи напряжением 750 кв Винница (СССР) — Альбертирша (ВНР). Подписано Генеральное соглашение (1975) о многостороннем сотрудничестве в создании новых мощностей по производству никель-кобальтсодержащей продукции в Республике Куба и др.