Оледенение. Снеговая линия расположена в Гиссаро-Алае на высоте от 3800 (на З. и Ю.-З.) до 4200—4400 м (на С.-В.), на Памире от 4000 (на С.-З.) до 5200 (в восточных районах). Общая площадь современного оледенения 8470 км 2 . Преобладают горно-долинные ледники; наиболее крупные центры оледенения — в северной и западной частях Памира: ледники Федченко (длина 77 км, площадь 907 км 2 ), Грумм-Гржимайло (длина 36,7 км, площадь 160 км 2 ), Бивачный (длина 27,8 км, площадь 197 км 2 ), Гармо (длина 27,5 км, площадь 153,3 км 2 ), Большая Саукдара (длина 25,2 км, площадь 69,2 км 2 ), Сугран (длина 24,2 км, площадь 48 км 2 ), Географического Общества (длина 21,5 км, площадь 81,8 км 2 ), Гандо (длина 22,5 км, площадь 55 км 2 ) и др. Самый значительный ледник в Гиссаро-Алае — Зеравшанский (длина около 25 км, площадь 41 км2 ).
Внутренние воды.
Речная сеть развита неравномерно. Наибольшей густотой она отличается в горных областях, наименьшей — на равнинах С. и Ю.-З. Почти все реки относятся к бассейну Амударьи, Сырдарьи и Зеравшана. Только на Восточном Памире небольшие рр. Караджилга, Акджилга, Музкол несут свои воды в бессточное озеро Каракуль, а р. Маркансу принадлежит к бассейну Тарима. Бассейн Амударьи занимает
Озёра расположены главным образом на Памире и в горах Гиссаро-Алая. Самое крупное по площади — озеро Каракуль; озёра Сарезское и Яшилькуль образовались в результате горных обвалов. Одно из красивейших завально-запрудных озёр — Искандеркуль в Гиссарском хребте. Имеются крупные искусственные озёра-водохранилища: Кайраккумское водохранилище («Таджикское море»), Нурекское водохранилище , Фархадское водохранилище и др.
Почвы. На равнинах и низкогорьях Ю.-З. и С. распространены серозёмы; до высоты 300—600 м развиты светлые серозёмы малогумусные (1—1,5%), на высоте 600—900 м — обыкновенные серозёмы с содержанием гумуса 1,5—2%. Верхний пояс предгорий и склоны хребтов от 900 до 1500—1900 м покрыты тёмными серозёмами с содержанием гумуса 2,5—4%. На серозёмах при искусственном орошении выращивают хлопчатник и др. с. -х. культуры. Средний пояс гор (1600—2800 м ) занят горными коричневыми почвами. На С. и в Гиссаро-Алае серозёмы сменяются светло-коричневыми, а на более увлажнённом Ю. — коричневыми карбонатными почвами, выше — типичные коричневые почвы. В долинах Западного Памира светло-коричневые почвы. В верхнем поясе гор (выше 2800 м ) — высокогорные лугово-степные, степные, пустынно-степные почвы; на Восточном Памире — высокогорные пустынные (на низких речных террасах встречаются высокогорные лугово-болотные мерзлотные почвы, нередко засоленные).
Растительность . В Т. насчитывается более 5 тыс. видов высших растений. Преобладает травянистая и полукустарниковая растительность; древесно-кустарниковая занимает 4% территории Характерна высотная поясность в распределении растительности. Равнинные пространства (до 500 м высотой) северной и крайней юго-западной частей Т. относятся к поясу пустынь. Растительность здесь состоит из полукустарничковых полыней и солянок; в поймах нижнего течения Вахша, Пянджа, Кафирнигана, Кызылсу — тугаи из туранги, лоха, камыша и эриантуса. На высоте 500—700 м эфемероидная, с господством осочки низкорослой, мятлика луковичного и различных эфемеров. Выше (на высоте 700—900 м ) по предгорьям — крупнозлаковая, тоже эфемероидная, из пырея волосоносного и ячменя луковичного. Среднегорье (от 1200 до 1800 м и от 2300 до 2800 м ) занято древесно-кустарниковой растительностью. В Т. свыше 150 видов деревьев и кустарников. Почти