Животный мир. В современной фауне Т. 81 вид млекопитающих, 365 видов птиц, 49 видов пресмыкающихся и 7—8 тыс. видов насекомых. Характерные обитатели равнин нижнего высотного пояса: пресмыкающиеся — серый варан, кобра, песчаная эфа, степной удавчик, черепаха; из птиц — хохлатый жаворонок, саксаульный воробей, степная пустельга, дрофа-красотка, стервятник; из грызунов — дикобраз, суслики, песчанки, тушканчики, хомячки. На открытых равнинных пространствах Ю.-З. встречается джейран, в предгорьях — винторогий козёл, леопард. Особенно многообразен животный мир тугаев (бухарский олень, камышовый кот, шакал, барс, барсук, кабан и др.; из птиц — фазан, перепел и др.; из пресмыкающихся — гюрза). В горных лесах и редколесьях обитают лесная мышь, арчовая полёвка, лесная соня, туркестанская крыса, куница, медведь, барсук, ласка, горностай, рысь, барс, волк, козерог; из птиц — куропатка, вяхирь, большая горлица и др.; из пресмыкающихся — гималайская агама и щитомордник. В высокогорьях — сибирский козерог, архар, снежный барс; из птиц — гималайский и тибетский улар, саджа, кеклик, снежный гриф, бородач, беркут, сип; из грызунов — длиннохвостый сурок, памирская полёвка, красная и большеухая пищухи, серебристая полёвка.
В водоёмах — около 40 видов рыб (форель, маринка, сазан, жерех, лещ и др., из них 10 имеют промысловое значение). Промысловые животные (охота на некоторых из них ограничена): кабан, архар, медведь, длиннохвостый сурок, заяц-толай, кеклик, пустынная куропатка, фазан, вяхирь, улары, перепел, тибетская саджа. В водоёмах поймы низовьев Вахша акклиматизирована нутрия.
Охрана природы. Для охраны и восстановления полезной фауны и флоры созданы заповедники: «Тигровая Балка », «Рамит » и 13 заказников, ботанические сады в Душанбе, Ленинабаде и под Хорогом, Варзобская горно-ботаническая станция (ущелье Кандары), Памирская биостанция (Чечекты), расположенные на разных высотных поясах.
Природные районы. Северный Т. — включает западную часть ферганской котловины и входящую в пределы Т. часть Голодной степи с обращенными к ним склонами Кураминского и Туркестанского хребтов. На равнинах — культурный ландшафт с участками пустынной и низкотравной полупустынной растительности, в предгорьях — ландшафт полынных пустынь и крупнозлаковых эфемероидов с участками окультуренных земель. В среднегорье преобладает ландшафт ксерофитных редколесий, чередующихся с участками степей, а в высокогорье — арчовники и луговые степи. Природные условия благоприятны для возделывания хлопчатника и других теплолюбивых культур (виноград, абрикос и др.). Гиссаро-Алай (Зеравшанский район) — сильно пересечённая горная территория, где характер ландшафтов находится в большой зависимости от распределения осадков и экспозиции склонов. На южном склоне Гиссарского хребта преобладают широколиственные леса и луговые степи, в остальной части гор — арчовые редколесья, степи и опустыненные степи. Юго-Западный Т. — состоит из широких речных долин и разделяющих их хребтов. Климат самый тёплый в республике. Преобладает ландшафт эфемероидной растительности, сменяющийся на верх. склонах гор ксерофитным редколесьем. Значительную площадь занимают поливные земли; условия благоприятны для выращивания тонковолокнистого хлопчатника и др. субтропических культур; Центрально-таджикский (Каратегино-Дарвазский) район — включает речные долины и разделяющие их мощные горные хребты, ограниченные Зеравшанским и Алайским хребтами на С., р. Пяндж на Ю., Каратегинским хребтом на З. и хребтом Академии Наук на В. Господствует высотная поясность ландшафтов от полупустынь до высокогорных лугов, степей и луговых степей. Памир — с резко различающимися западной и восточной частями. На Западном Памире распределение влаги предопределяет характер ландшафта: от днищ долин сменяются ландшафты полынных пустынь, остепнённых пустынь и подушковидной растительности; в речных долинах местами сохранилась древесно-кустарниковая растительность. Восточный Памир отличается самым сухим и самым холодным в Т. климатом и отсутствием древесной растительности; господствует ландшафт холодных высокогорных пустынь.