В эпоху разложения рабовладельческого строя и возникновения феодальных отношений большое влияние приобрели манихейство (середина 3 в.) и маздакизм (конец 5 — начало 6 вв.), воспринявшие от зороастризма учение о борьбе Добра и Зла. Социальная доктрина маздакизма провозглашала идеи справедливости и равенства людей.
С завоеванием Арабским халифатом Средней Азии господствующей идеологией стал ислам . В этих условиях прогрессивные мыслители обращались к иранским доисламским философским учениям, древнегреческой науке и философии и индийской интеллектуальной традиции. Значительное распространение получил восточный аристотелизм, развивавшийся Абу Али Ибн Синой и его последователями (в том числе Омаром Хайямом ). Учение Ибн Сины содержало некоторые материалистические элементы (идея вечности материального мира, сенсуалистические моменты в теории познания и др.). Продолжением материалистической традиции Демокрита явилось учение Рази , который признавал естественные закономерности в природе и обществе и утверждал познаваемость мира. Получили распространение передовые идеи Бируни , противопоставлявшего религиозной картине мира естественно-научное понимание природы. Прогрессивной линии Ибн Сины и его последователей в философии противостоял калам — схоластическая философия ислама, возникшая в 8 в. и получившая широкое распространение в 9—14 вв. Сторонники калама (Газали и Фахриддин Рози) отстаивали идею сотворения мира, утверждали зависимость его от божественной воли.
В 11 в. значительное влияние приобрёл исмаилизм (см. Исмаилиты ), философская доктрина которого сложилась на основе неоплатонизма и аристотелизма. С исмаилизмом была связана философия Насира Хосрова . В учении о гармоническом строении Вселенной исмаилиты уподобляли её структуру («макрокосм») строению человеческого тела («микрокосму»). В 10—13 вв. большое распространение получил суфизм , философская догматика которого во многом противостояла правоверному исламу. Теоретические основы суфийских учений разработали таджикско-персидские мыслители Абу Сайд Мейхани, Харакани, Сулами, Кушайри, Санаи, Аттар, Руми . Будучи неоднородным течением, суфизм в его крайних доктринах сочетал мистический пантеизм с рациональными элементами, гуманистическими идеями и диалектическими прозрениями. Согласно Руми, мир пронизан борьбой противоположностей, стремящихся к гармонии; вещи постигаются через противоположности и т. д. Абдуррахман Джами развивал гуманистическое учение о совершенном человеке и социальную утопию справедливого общественного устройства и равенства людей. С 16 в. в идеологической жизни общества доминирующими становятся религиозно-идеалистические направления (калам, догматическая мусульманская философия, благочестиво-аскетический суфизм и др.), против которых выступали прогрессивные таджикские писатели (Бинои, Васифи , Сайидо Насафи ). В условиях безраздельного господства ислама определённое прогрессивное значение имело философское учение Бедиля , сочетавшее идеи индуизма, восточного аристотелизма, неоплатонизма и суфизма; Бедиль оказал значительное влияние на развитие общественной мысли таджикского и др. народов Средней Азии.
После присоединения Средней Азии к России в Т. под воздействием передовой русской общественно-политической мысли возникло демократическое просветительское направление (Ахмад Дониш и его последователи — Мухаммад Хайрат, доктор Собир, Асири , Айни и др.), выдвинувшее на первый план идеи национального прогресса и социальной справедливости и выступившее с критикой средневековых феодальных порядков.
С установлением Советской власти в Т. началось утверждение марксизма-ленинизма. Систематическая разработка проблем философской науки развернулась в республике с 40-х гг. В формировании таджикских философских кадров большую помощь оказали научные центры Москвы, Ленинграда и др. Важное значение приобрело изучение истории таджикской философии и общественной мысли древних среднеазиатских народов. В работах С. Айни, А. А. Семенова, А. М. Богоутдинова, З. Ш. Раджабова, М. Болтаева, Г. А. Ашурова, М. Диноршоева, М. Раджабова и др. анализируются проблемы единства национального и интернационального в истории таджикской культуры и философии, выявляются общие и особенные закономерности её развития, характер взаимодействия её с др. философскими культурами, разоблачается реакционная сущность европоцентристских и азиоцентристских концепций. Ведутся исследования в области диалектического и исторического материализма, научного коммунизма, философских вопросов естествознания, в которых анализируются законы и категории материалистической диалектики, объективные закономерности исторического развития и сознательной деятельности людей, проблемы воспитания нового человека, формирования социалистических наций, методологические вопросы современной науки и др. (С. Умаров, М. С. Асимов, С. Б. Морочник, В. И. Приписнов, М. Гафарова, А. Турсунов, И. Шарипов, С. А. Раджабов, К. Сабиров, М. Камилов). В исследованиях по научному атеизму разрабатываются вопросы формирования научно-материалистического мировоззрения, изучаются причины сохранения религиозных пережитков и пути их преодоления, критически анализируются различные религиозные концепции (А. Базаров, Р. Маджидов). Развернулись исследования, посвященные проблемам социологии, этики и эстетики. Ведущее философское учреждение — Отдел философии АН Таджикской ССР.