В 15—16 вв. велась широкая торговля Я. с Китаем и Кореей. Развитие торговли с Китаем оказало большое влияние на добывающую промышленность Я. феодалы начали интенсивно заниматься горным делом (добыча золота, серебра, меди) в своих владениях. Это способствовало ещё большему усилению крупных феодалов, которые стремились избавиться от опеки сёгуна. В 16 в. центральное правительство сёгунов из дома Асикага полностью утратило власть над страной. В середине 16 в. в Я. появились европейцы (в 1542 — португальцы, в 1584 — испанцы), которые вели главным образом посредническую торговлю товарами из стран Азии. Европейские миссионеры начали распространять в Я. христианство.
В обстановке непрекращающихся крестьянских восстаний у класса феодалов усилилась тенденция к объединению государства, созданию сильной центральной власти. Зажиточная верхушка горожан была также заинтересована в создании в стране единого рынка. Объединение страны начал полководец Нобунага Ода (1534—82). При Хидэёси Тоётоми (1536—98) оно было в основном закончено. Жестоко подавлены крестьянское движение и свобода вольных городов. В 1588 издан указ об изъятии оружия у крестьян. В ходе всеобщей переписи земельных владений (1589—95) крестьяне были прикреплены к земле. В конце правления Хидэёси Тоётоми в 1592—98 были предприняты два завоевательных похода против Кореи, окончившиеся поражением захватчиков.
Поздний феодализм (17—60-е гг. 19 в.). После смерти Хидэёси феодал Иэясу Токугава (1542—1616) завершил объединение страны. В 1603 Иэясу был провозглашен сёгуном. Династия сёгунов Токугава правила до 1867. При Токугава Я. представляла собой централизованное феодально-абсолютистское государство. Экономическую базу Токугава составили земельные владения правившего дома, крупные города и рудники. Княжества при Токугава были административно-хозяйственными единицами. Во главе княжеств находились князья (даймё), имевшие большие дружины. Была установлена система жёсткого контроля правительства над даймё. Служилое сословие — самураи — сосредоточивались преимущественно в городах — резиденциях князей, получая жалованье рисом. Правительство установило систему 4 сословий — самураев, крестьян, ремесленников и торговцев со строгой сословной регламентацией.
Правительство Токугава, опасаясь экспансии европейцев, а также распространения христианства, которое становилось идеологией народного движения (см. Симабарское восстание ), принимало меры против христианства (указы 1612, 1613 и 1618) и европейской торговли. В 1633, 1636 и 1639 последовало 3 указа о «закрытии страны» (под страхом смерти запрещены въезд иностранцев, выезд японцев за границу и строительство больших судов). С 1641 ограниченная торговля с Китаем и Голландией была разрешена лишь в Нагасаки (Дэсима). В конце 17 — начале 18 вв. токугавская Я. достигла наивысшего подъёма. В дальнейшем токугавское государство вступило в длительный кризис, в основе которого лежало начавшееся разложение феодального строя. В 1601—1867 произошло 1640 крестьянских выступлений, из них в 17 в. — 216, в 18 в. — 713, за 1801—67 — 711. С 1712 начались городские восстания: в 18 в. их известно 95, в том числе в 80-х гг. — 60. Правительство ограниченными реформами (1716—33, 1789—93, 1841—43) пыталось разрешить противоречия феодального строя. Феодальная организация землевладения Я. в токугавский период в целом характеризовалась наличием большого количества мелких крестьянских хозяйств, выполнявших феодальные повинности в пользу князей. Вместе с тем постепенно в деревне складывалась прослойка т. н. новых помещиков, которая формировалась из среды купцов, ростовщиков, деревенской верхушки, частично из самураев. Возникли мануфактуры, в том числе хлопчатобумажные, шёлкоткацкие. Капиталистическая мануфактура появилась в конце 18 — 1-й половине 19 вв. Постепенно складывался капиталистический уклад.
Внутриполитическая обстановка в стране в 50—60-х гг. 19 в. обострилась в связи с тем, что правительство Я. под давлением США и европейских государств было вынуждено отказаться от политики самоизоляции. Послав эскадру М. Перри , США добились в 1854 открытия портов Симода и Хакодате для иностранных кораблей. Договоры, заключённые США и европейскими державами с Я. в 1854—58 (см. Ансэйские договоры ), включали Я. в мировой рынок. В 1855 был заключён первый русско-японский договор, положивший начало официальным межгосударственным отношениям между Я. и Россией.