Одновременно были предприняты меры против разложения воинских частей на фронте. Так, командиры получили право открывать огонь по подразделениям войск, оставлявшим поле боя без приказа. На всех фронтах были запрещены большевистские газеты и проведение политических митингов. Самой важной мерой явилось восстановление правительством смертной казни за военные преступления в зоне боевых действий и введение одновременно «военно-революционных судов» с правом вынесения смертных приговоров30.
Чтобы помешать восставшим рабочим и солдатам из центра города скрыться в относительно безопасных фабрично-заводских районах левого берега, на Неве были разведены мосты. В то же время были наглухо закрыты границы страны, дабы «германские агенты» не ускользнули за кордон. Временно запрещались собрания на улицах. Военный министр и министр внутренних дел получили полномочия закрывать газеты, агитирующие за неповиновение военным властям или призывающие к насилию.
На этом основании закрыли большевистские газеты «Правда», «Солдатская правда», «Окопная правда» и «Голос правды». Явно преследуя цель разоружения рабочих, правительство распорядилось, чтобы гражданские лица сдали все находящиеся в их распоряжении оружие и боевые припасы. Отказывавшиеся подлежали ответственности как виновные в похищении казенного имущества31.
7 июля кабинет возложил расследование вопросов, имеющих отношение к организации июльского восстания, на прокурора Петроградской судебной платы Н.С.Каринского. В связи с этим исполкомы Советов приняли решение отказаться от задуманного ранее собственного расследования32. Однако еще до начала работы прокуратуры петроградские власти приступили к облавам на большевистских руководителей. Кабинет министров издал специальный приказ об аресте Ленина, Зиновьева и Каменева. Ленин и Зиновьев немедленно ушли в подполье. Это же сделали и двое руководителей «Военки» Невский и Подвойский. Не скрылся только Каменев, арестованный и заключенный в тюрьму 9 июля.
За два дня до этого заключили в тюрьму членов двух делегаций моряков, отправленных из Гельсингфорса в Петроград Центральным Комитетом Балтийского флота — Центробалтом, в котором преобладало влияние левых. Среди арестованных оказались такие влиятельные «флотские» большевики, как Павел Дыбенко и Николай Ховрин. Через неделю арестовали и отправили в тюрьму крупного большевистского руководителя из Гельсингфорса Владимира Антонова-Овсеенко. Среди пассажиров автомобиля, задержанных по подозрению казачьим патрулем, был Сергей Багдатьев, армянин, одно время кандидат в ЦК большевиков. Сообщалось, что Багдатьев разъезжал днем 4 июля по Петрограду на бронеавтомобиле, размахивая винтовкой и призывая встречных зевак «арестовать министров». На допросе после ареста Багдатьев скромно признался в том, что он один из организаторов восстания. В газетных сообщениях о его задержании обращалось внимание на две вещи: Багдатьев — немецкий шпион и еврей. Для корреспондента «Маленькой газеты» «внешность» Багдатьева, его «горбатый нос» и «рыжая бородка», а также то обстоятельство, что он «маскируется в самые демократические и самые рабочие рубашки», явились абсолютными уликами. Как сообщал корреспондент, Багдатьев говорит по-русски «очень хорошо, с едва заметным еврейским акцентом»33.
Редактор «Окопной правды» Флавиан Хаустов, бежавший из «Крестов» (старой пересыльной тюрьмы в Выборгском районе, построенной в виде двух крестов) и пытавшийся уйти от устраивавшихся на него облав, вновь был схвачен, очевидно, по доносу шпика при выходе из театра в Луна-парке34. Намного сложнее правительству было арестовать левых руководителей на Кронштадтской военно-морской базе. В ответ на телеграмму Керенского с требованием немедленной выдачи правительству «контрреволюционных подстрекателей» исполком Кронштадского Совета послал такое сообщение: «Проведение арестов невозможно в связи с тем, что в Кронштадте ничего не известно о присутствии „контрреволюционных подстрекателей“». Кронштадтский Совет упорно отказывался сотрудничать с правительством и после получения конкретных указаний о выдаче нескольких ведущих большевистский руководителей (Федора Раскольникова, Семена Рошаля и Афанасия Ремнева). Только после того, как правительство пригрозило подвергнуть Кронштадт морской блокаде и бомбардировке, Совет согласился на то, чтобы все трое разыскиваемых кронштадтцев, за исключением скрывшегося ранее Рошаля, отдали себя в руки властей35. Позже дал себя арестовать и Рошаль. Встретив Раскольникова в Крестах, он объяснил: «После твоего ареста я считал неудобным скрываться»36.