Невзирая на опасность ареста, Подвойский, которого разыскивали власти, был вынужден выступить в защиту Военной организации на 2-й городской конференции 16 июля и на VI партийном съезде 28 июля43. На VI съезде Военная организация явилась объектом официального расследования, которое провела специально созданная военная секция. Делегат VI съезда от районного бюро Центросибири и, по всей видимости, член этой секции Борис Шумяцкий впоследствии рассказывал, что на съезде Бухарин, Каменев и Троцкий (двое последних, вероятно, письменно или через посредников) настаивали на роспуске Военной организации на том основании, что она-де дублирует работу обычных партийных органов. По словам Шумяцкого, большинство членов военной секции отвергло эту позицию и подтвердило необходимость иметь особую Военную организацию, руководимую Центральным Комитетом. В опубликованных материалах VI съезда дискуссия и решение, касающиеся «Военки», отражены в заключительном коммюнике военной секции, в котором, помимо прочего, сообщалось о принятии 8 голосами против 4 следующей резолюции: «Ввиду целого ряда особенностей — бытовых, профессиональных и организационных — жизни и работы военных членов партии, секция санкционирует существование при ЦК, под его постоянным и прямым руководством, особого центрального военного органа, направляющего всю текущую работу партии среди военных»44.
Несмотря на предпринимавшиеся властями усиленные меры розыска, наиболее видные активисты Военной организации — Невский и Подвойский — сумели в послеиюльские дни избежать ареста. И хотя Подвойского дважды задерживал военный патруль, ему так и не удалось установить его личность. Невский, слегка раненный пулей в ногу во время перестрелки 4 июля, укрылся в провинции. Вскоре после возвращения Невского в середине июля в Петроград он и другие оставшиеся на свободе члены «Военки», в том числе Подвойский, Ильин-Женевский и Михаил Кедров, тайно встретились на квартире Генриха Ягоды, чтобы определить потери и обсудить стратегию на будущее. По словам Ильина-Женевского, участники встречи договорились пока попытаться «сочетать нелегальную деятельность с легальной работой», то есть оставить штаб-квартиру в подполье и по-возможности вновь начать среди солдат открытую организационную и агитационную работу45.
На этой встрече члены Военной организации поставили перед собой наряду с другими задачу — возобновить как можно быстрее издание большевистской газеты для солдат, в духе ставшей нелегальной «Солдатской правды». В течение третьей недели июля Подвойский наконец нашел типографию, готовую печатать газету, и 23 июля вышел ее первый номер. Новый печатный орган «Рабочий и солдат» должны были редактировать Подвойский, Невский и Ильин-Женевский, а Кедров и Ягода — взять на себя общее руководство46. Казалось, что с газетой все наладилось, но вдруг возникли осложнения на заседании Центрального Комитета 4 августа. Это было первое заседание нового ЦК, избранного на VI съезде. Поскольку ЦК еще не располагал собственной газетой, которая могла бы заменить «Правду», он решил сделать своим органом «Рабочего и солдата». Кроме того, очевидно, помня проблемы организационного контроля, имевшие место в июне и июле, ЦК постановил, что какое-то время ни Петербургскому комитету, ни Военной организации не следует выпускать свои отдельные газеты47.
Далее ЦК настоял на том, чтобы в редакционную коллегию «Рабочего и солдата» от него вошли трое (Сталин, Сокольников и Милютин) и по одному представителю от Военной организации (Подвойский) и Петербургского комитета (Володарский). Такое решение пришлось очень не по вкусу членам «Военки», которые, привыкнув действовать самостоятельно, ревниво оберегали собственные привилегии и, как выразился в то время Подвойский, были убеждены, что «тип смешанной газеты» не в состоянии ни решить задачи Военной организации, ни удовлетворить потребности солдатских масс, среди которых «Военка» вела пропаганду и агитацию48. Судьба «Рабочего и солдата» решилась 10 августа, когда редакционная статья особенно подстрекательного содержания послужила Временному правительству предлогом для закрытия газеты. ЦК спешно реорганизовал издательство; «Военка» поступила точно так же. И вот 13 августа впервые после июльских событий в газетных киосках Петрограда появились две большевистские газеты: «Пролетарий» — орган ЦК и «Солдат» — орган Военной организации.
Когда Центральному Комитету стало известно о самостоятельной акции Военной организации, он вознамерился завладеть и «Солдатом» и делегировал Сталина к Подвойскому, чтобы информировать его об этом решении. Кроме того, желая пресечь дальнейшие попытки «Военки» заниматься издательским делом, ЦК приказал Смилге изъять и передать в распоряжение центрального партийного органа деньги «Военки», выделенные для публикации «Рабочего и солдата»49. Как видно, Сталин и Смилга выполнили свои поручения быстро и решительно, ибо уже 16 августа в ЦК поступили две жалобы Центрального бюро Военной организации50. В первой из них говорилось о праве «Военки» на собственную газету, причем в таких выражениях, которые свидетельствовали о том, что будет не просто заставить руководителей «Военки» уступить. Во второй жалобе бюро протестовало против действий, совершенно недопустимых «как с точки зрения формальной, так и с точки зрения элементарных принципов партийного демократизма», которые позволили себе Сталин и Смилга, и требовало от Центрального Комитета наладить более нормальные отношения с бюро Военной организации, чтобы последняя могла выполнять свою работу51.