Между тем минная обстановка в проливе была очень непростой. С начала войны по 31 октября 1943 года Черноморский флот выставил в проливе и на входах в него 429 мин, в том числе 127 донных, и 32 защитника; противник — более 1900 мин, из них более 300 донных, а также 762 защитника. Учитывая результаты траления до ноября 1943 года и естественную убыль, можно считать, что на этом небольшом пространстве оставались опасными примерно полторы тысячи мин. Часть из них находилась на пути десантных отрядов. В ходе операции были поставлены новые заграждения.
К сожалению, нехватка катеров привела к решению использовать все тральщики в роли транспортов и высадочных средств. Правда, с середины октября началось траление от Анапы до порта Тамань — небольшими силами и с перерывами на непогоду. До начала операции удалось протралить фарватер шириной всего один кабельтов, причем не на всю длину. Были обнаружены заграждения в районе м. Панагия, но проходы в них получились слишком узкими для безопасного плавания. Фарватер, проложенный вдоль берега, нельзя было обеспечить ведущими створами. В поворотных точках были поставлены освещаемые буи. Но этого для уверенного плавания по узкому фарватеру было недостаточно, что и привело в ходе операции к потерям и закрытию фарватеру. Заграждение «К-12» в районе мыса Тузла было обнаружено только утром 31 октября, за считаные часы до начала операции, когда на поверхности было замечено 5 мин. Границы заграждения без траления определить было нельзя, поэтому «К-12» стало причиной немалых потерь. Поскольку все тральщики были загружены десантниками, проводка отрядов за тралами не предусматривалась. Можно было бы посчитать это решение ошибкой, но проводка за тралами в ночь на 1 ноября все равно оказалась невозможной из-за плохой погоды.
Отдельно нужно сказать о заграждениях из неконтактных донных мин. Осенью 1943 года у немцев с ними происходило что-то непонятное. То ли поступила партия мин или взрывателей ненадлежащего качества, то ли их подготовка к постановке сопровождалась какими-то ошибками. В уже упомянутом случае в Новороссийском порту за несколько суток оживленного движения прямо по минному полю не произошло ни одного подрыва. Срабатывание мин началось уже после окончания Новороссийской операции. Возможно, это связано с неправильной работой приборов срочности и кратности. Примерно то же произошло и в Анапе. Из двух донных заграждений, имевшихся в зоне 3-й группы высадки, «К-9» в районе мыса Железный Рог вообще никак себя не проявило и не было обнаружено даже при послевоенном тралении. Относительно «К-11» в районе Тузлинской промоины нельзя сказать с уверенностью, были ли на нем подрывы (есть несколько спорных случаев). Не выполнили своей функции и донные мины в Керченской бухте (см. главу по Митридатской операции).
На Азовском море перед операцией траление проводилось настолько эпизодически, что при этом ни одной мины обнаружено не было. Заграждение «К-13» у мыса Ахиллеон было обнаружено наблюдением с берега. В отличие от донных заграждений в Керченском проливе и далее на юго-восток, заграждение «А-8» (10 донных мин LMB), выставленное противником в сентябре при эвакуации Темрюка, оказалось просто убийственным. Вероятно, оно стало самым смертоносным из всех, выставленных на наших морских театрах (на 10 минах за несколько месяцев подорвались 7 катеров). Невнимание к борьбе с минами привело к серьезным потерям.
4.2.4. Противовоздушная оборонаВсе пункты сосредоточения и погрузки войск, a также аэродромы и железнодорожные станции были плотно прикрыты зенитной артиллерией Северо-Кавказского фронта (см. схему 6). Имелось (включая аэродромные полки ПВО 4-й воздушной армии) 95 85-мм и 32 76-мм орудий, а также 256 37-мм автоматов, не считая 21 авиационной пушки ШВАК и многочисленных пулеметов ДШК. Перед операцией и в ее начале прикрытие осуществлялось также барражем истребителей. Затем они, в основном, перешли к прикрытию дежурством на земле. Была развернута широкая сеть постов ВНОС. Кроме того, ситуацию в воздухе контролировали PЛC «Пегматит» в Фонталовской, приданная 229-й иад, «Редут» в совхозе Бугае и отчасти «Пегматит» в Анапе (последние две станции принадлежали флоту).
Движение десантных отрядов и высадку войск также было намечено обеспечить прикрытием истребительной авиации и рядом предварительных ударов по аэродромам противника.
4.2.5. Противокатерная оборона