Поскольку Таманский полуостров был только что освобожден, требовалось установить навигационное ограждение фарватеров, створные огни, произвести промерные работы, организовать военно-лоцманскую и манипуляторную службы и т. д. Этим занимались гидрографические партии от АВФ, Керченской и Новороссийской баз. Главная проблема заключалась в том, чтобы обеспечить точный выход сотен мелких плавсредств к местам высадки в темное время суток. Задача была нетривиальной. Ведь значительная часть судов была оснащена самыми примитивными средствами навигации, не имела средств связи и подготовленных сигнальщиков. Некоторые команды вообще не имели опыта плавания в море, тем более в таких сложных условиях.
Для каждого десантного отряда была установлена пара ведущих створных огней определенного цвета (7 пар на косе Чушка и 6 пар в районе мыс Тузла — Кротков). В отдельных поворотных пунктах фарватеров должны были стать на якорь специально выделенные катера. Линия старта перед Еникальским полуостровом обозначалась секущими створными огнями из района Кордон, а перед Эльтигеном — с косы Тузла. С целью маскировки ведущие огни были включены так, чтобы их было видно только до середины пролива. За 15 минут до высадки они включались на полную мощность, чтобы суда видели направление движения вплоть до подхода к берегу. С первым эшелоном высаживались манипуляторные группы, которые должны были сразу установить на берегу ориентирные огни.
Гидрометеорологическое обеспечение осуществляли гидрометеорологические службы Керченской ВМБ и Азовской флотилии. В целом прогнозы погоды оказались довольно близки к реальности. Перед операцией было своевременно дано штормовое предупреждение. К сожалению, по известным причинам им пренебрегли.
4.3.4. Медико-санитарное обеспечениеИмеет смысл сказать лишь о специфических для десантной операции моментах. Потребовалось разделить функции медико-санитарных служб армии и флота. На долю флота выпали оказание медпомощи при посадке, переходе морем и высадке десанта, а также эвакуация раненых через пролив. Все катера десанта были укомплектованы флотскими боевыми санитарами и снабжены медимуществом. Армия должна была доставлять раненых автотранспортом в распределительные пункты и затем в армейские госпитали. Поскольку специально оборудованных санитарных судов не было, эвакуация проводилась теми же катерами, которые доставляли на плацдармы войска и грузы. В Эльтигене погрузка раненых проходила в тяжелейших условиях с необорудованного берега и под огнем. Ходячим раненым иногда приходилось добираться до катеров вброд. Впервые на Черноморском флоте была осуществлена замкнутая система эвакуации, то есть все попавшие в армейские госпитали раненые моряки (за исключением 36 нетранспортабельных) были переведены во флотские медучреждения.
4.3.5. Политическое обеспечениеПолитическое обеспечение операции возглавило Политуправление фронта. От Черноморского флота участвовала опергруппа Политуправления флота. Основной целью политработы было поднять боевой дух и обеспечить наступательный порыв войск. С личным составом проводились политинформации и беседы, распространялись печатные материалы. Пропагандировались многочисленные победы, одержанные Красной армией за последний год. Той же цели служило и награждение накануне операции отличившихся в предыдущих боях. Часть политбесед была посвящена практическим вопросам — распространялся боевой опыт, полученный в предыдущих десантах. Кроме того, воспитывалась ненависть к врагу. Для этого использовались материалы Чрезвычайной государственной комиссии, расследовавшей преступления фашистов на оккупированных территориях, и другие материалы. Еще одной функцией политорганов была организация культурно-массовой работы в войсках. Проводились концерты, просмотры кинофильмов и т. п.
Одновременно велась спецпропаганда, обращенная к войскам противника, — главным образом путем сброса листовок с воздуха. Благодаря наличию разветвленного подполья в Крыму политорганы достаточно хорошо представляли себе политико-моральное состояние немецких и румынских солдат. Немецкая пропаганда в условиях постоянного отступления и регулярных поражений сменила акценты. Теперь она внушала войскам, что упорной обороной можно обескровить русских и таким образом переломить исход войны. Подчеркивалось, что оборона — выгодный способ ведения войны, выдвигался лозунг «оборона — залог победы». Соответственно, наши листовки в первую очередь были направлены на подрыв веры в несокрушимость немецкой обороны. Психологическое давление на войска противника оказывали и предупреждения о неминуемой расплате за совершенные на советской земле злодеяния.