Мы не знаем всех подробностей той давней трагедии - борьбы, которую "мелькиты" вели с еретиками за каждый храм, за каждую человеческую душу. Но отдельные православные общины существовали в этом краю и в Средние века. Так, в Семиречье найдено датированное 1289 годом надгробие с надписью: "Дживардис, священник, настоятель церкви православной". Это же мы узнаём косвенно: из факта чудовищной, немыслимой с точки зрения вероучений "унии", которую заключили в 1142 году глава несториан - католикос Эбедьешу и глава монофизитов-мафриан Дионисий. Две еретические крайности: "приземленное" несторианство и "неземное" монофизитство объединились тогда - исключительно для подавления Православия. С тою же целью борьбы с "мелькитами" впоследствии несториане искали союза с папским Римом, пока не рухнула сама огромная церковная организация несториан.
По археологическим находкам трудно провести различие между православными и несторианскими общинами. Современное незнание религии, вызванное долгим засильем тотального атеизма, приводит к тому, что некоторые исследователи называют "несторианскими" христианские памятники даже IV века или именуют "несторианами" гонимых при Шапуре II христиан Персии. Конечно, это абсурд: никаких несториан тогда просто не существовало; все христиане Центральной Азии были сынами Единой Вселенской Церкви Православной. Нельзя называть несторианским и равноконечный крест, наиболее часто встречающийся на древних памятниках. Это - "крест равноапостольного Константина Великого": тот знак, который святой император повелел изобразить на знаменах своей армии. Лишь значительно позднее православные начали изображать на нательных крестиках Распятого Господа, а также ввели "восьмиконечное" изображение Креста, учитывающее его подножие и дощечку: "Иисус Назорей, Царь Иудейский", - чтобы священное знамение не уподоблялось разбойничьим крестам или бессмысленным элементам орнамента. Первоначально же "равноконечный крест святого императора Константина" (часто - с монограммой "ХР") был общеупотребителен в христианском мире. К тому же крест на центральноазиатских памятниках не всегда равноконечен, часто он изображается с удлиненным нижним концом, - то есть так, как мы привыкли изображать крест в наши дни.
Не были несториане и иконоборцами. Сиро-халдейский епископ Марий призывал "расписывать храмы священными изображениями, чтобы верные, взирая на них, могли просвещаться". Какова была несторианская иконопись, можно представить себе по средневековым фрескам в Хара-Хото (Восточный Туркестан). Если византийские мастера стремились к одухотворению ликов и обликов на святых иконах, - то для несториан, с их "плотскими мудрованиями", характерен подчеркнутый реализм. Персонажи их храмовых фресок в национальных одеждах, тщательно выписаны лица тибетского или уйгурского типа. Только впоследствии несториане отказались от икон или стали их прятать и поклоняться им тайно. Так путешественник XIII века Гильом Рубрук обнаружил изображения ангелов и святителей "за сундуком, служившим несторианам в качестве алтаря". Несторианский католикос Мар Тимотеус в 854 году анафематствовал врача-несторианина Гонсаика за отказ поклониться иконе Девы Марии. Но скрытность иконопочитания привела к тому, что со временем несториане утратили искусство иконописи.
О засилье несториан и утеснении "мелькитов" в Центральной Азии, мы можем судить, в первую очередь, не по археологическим, а по письменным источникам. Уже во второй половине VI века повсюду в этом краю (кроме Хорезма) на месте православной утверждается несторианская иерархия. Одно за другим идут сообщения об успехе несторианских миссий. Побывавший в Маверроунахре несторианский проповедник VI века Косьма Индикоплов утверждает, что встретил там множество своих единоверцев. Одновременно упоминания о центральноазиатских "мелькитах" становятся все скуднее. Проникновению несторианства способствовала смена политической власти в регионе, а затем возникшие вновь междоусобицы и смуты.
Всего полтора века потребовалось алтайским тюркам-ашина (тюркютам), чтобы выхватить власть над Центральной Азией из слабеющих рук эфталитов. Тюркюты подчинили себе и Великую Степь, и Маверроунахр, и Восточный Туркестан. На смену Эфталитской державе явился Великий Тюркский каганат. Первоначально союзником тюркютов выступала Персия, принявшая участие в "дележе эфталитского наследства". К Персидским владениям отошел Тохаристан (долина Сырдарьи), персы вновь захватили Маргиану. Этим, сравнительно недолгим, периодом тюркютско-персидского союза, очевидно, и воспользовались несториане, перехватывая повсюду возглавление епископских кафедр и христианских приходов.
Внутреннее самоуправление тюркютов строилось на аристократичности, строгом подчинении представителям влиятельных родов. Тот же принцип, приемлемый для управления малым народом, тюркюты пытались перенести на завоеванную ими огромную империю - выделяя племена "привилегированные" и "второстепенные". Ответом было появление самосознания у отдельных тюркских этнических групп: в противовес правящему "союзу десяти стрел (племен)" возникают союзы "трехстрельный" (карлуки), "девятистрельный" (уйгуры) и так далее. Тогда-то вместо однородного древнетюркского "сакского" мира перед нами является множество народностей, каждая со своим именем и судьбой. Для созданного тюркютами государства это дробление, естественно, оказывается пагубным. Уже в начале VII века Великий каганат распался на Восточный и Западный каганаты, начались междоусобицы, внутренние раздоры, усилилось давление со стороны сильных соседей.
Религией тюркютских правителей оставалось родовое язычество. Мы имеем известие о крещении лишь одного кагана из династии Ашина: в 619 году в Константинополе принял Православие "гуннский князь". Это был Колюг Сибир-хан, правивший Западнотюркским каганатом очень недолго. Однако именно в период Каганатов христианство (правда, по-видимому, в несторианском искажении) приобретает наибольшее влияние на умы тюркских народов. Возникают даже целые города с исключительно христианским населением.
В эпоху Каганатов несторианские миссии особенно активно действуют в Семиречье. Несторианские общины и храмы возникают в столицах-ставках тюркских каганов. Вопреки расхожим мнениям об "убогом быте кочевников", жизнь степных тюрок в те времена отличалась красотой и высокой культурой. Даже послы Китайской империи изумлялись тому, что видели при дворах каганов: великолепные дворцы, роскошь одежд из шелка и меха, обилие произведений искусства. В обеих столицах Западного каганата: Суябе (впоследствии переименованном в Ордукент, ныне городище Ак-Бешим близ Токмака) и Невакете (название это означает "новый город", в свое время это был знаменитый семиреченский "Новгород", ныне - городище неподалеку от села Красная Речка в Киргизии) - имелись крупные соборные храмы.
Несторианские миссии все дальше продвигались на восток, успешно проповедовали среди кочевых народов, создали мощные митрополии в Семиречье и Китае. Но несторианская экспансия исказила основы веры Христовой в краях, бывших местом апостольской проповеди и древнейшего распространения христианства - в Туркменистане и Маверроунахре. Тем временем религиозная ситуация в регионе кардинально изменилась: рядом с несторианством явилась уже не былая мешанина языческих культов, а мировая религия Ислама.
"Ты, несомненно, найдешь, что самые близкие по любви к мусульманам те, которые говорят: "Мы христиане!" Это потому, что среди них есть священники и монахи и что они не превозносятся" (Сура 5 "Трапеза", аят 85 /82/) - так сказано в Коране, главной книге исламского вероучения. В полном соответствии с этим утверждением Ислам выступил на историческую арену как религия не только не враждебная, а дружественная христианству.
Всего через 34 года после смерти основателя Ислама Мухаммеда его арабские последователи принесли мусульманство в Центральную Азию. Арабские завоевания носили характер мусульманских военно-миссионерских походов; однако обращена эта миссия была не на приверженцев Единобожия (христиан и иудаистов), а исключительно на язычников. К несторианам мусульмане поначалу относились с особым доверием. На протяжении ряда столетий казалось, что утверждение Ислама не только ничем не угрожает несторианству, но благоприятно ему. Недаром современник арабских завоеваний, несторианский патриарх-католикос Тимофей I писал восторженно: "Арабы, которым Бог дал власть над миром в эти дни, как вы знаете, не только не противодействуют христианству, но хвалят священников и святых Господа нашего, помогают церквям и монастырям".