Советники правителей-Чингисидов, как несториане, так и мусульмане, стремились обратить хана в свою веру. Для уйгуров религиозное рвение усугублялось ещё и корыстью: мусульманские купцы были соперниками уйгурских в торговле. В. В. Бартольд отмечает: "Началось соперничество культурных народов: мусульманских и уйгуров-несториан за влияние на ханов. Уйгуры были непримиримыми врагами мусульман. Религиозная вражда и политическое соперничество должны были принять особо ожесточенный характер в Средней Азии (то есть в Семиречье и Маверроунахре), где силы обеих партий были приблизительно равны". При первых Чингисидах казалось, что победа несториан обеспечена; впоследствии ситуация стала резко меняться.
Великая Орда не смогла избежать политических потрясений. Перед смертью Чингисхан разделил свое наследие между сыновьями. Чагатаю предназначалась Уйгурия, Семиречье, Маверроунахр. Угэдею достались Западная Монголия и Джунгария. Толую выпал "отцовский юрт", коренные монгольские земли. Не забыты были и дети убитого Джучи: им отводился удел от Хорезма до тех краев, "куда достигнут копыта монгольских коней". Эти внуки Чингиса тоже поделили между собой наследство: Орда-Ичэн взял себе Белую Орду, располагавшуюся между Иртышом и хребтом Тарабагатай, Батый (Бату) - Золотую Орду на Волге, Шейбани - Синюю Орду, простиравшуюся от Тюмени до Арала. Объединять же всю империю должна была власть великого хана.
Великие ханы избирались, вернее, утверждались на общемонгольских съездах - курултаях, где полководцы торжественно поднимали нового правителя "на белом войлоке", демонстрируя его народу. Однако, несмотря на всю демократичность этой процедуры, никому на курултае обычно и в голову не приходило избирать кого-то вместо законного наследника. Законом же престолонаследования у монголов был "минорат": после смерти отца его преемником делался младший сын. Первым этот закон нарушил сам Чингисхан, желавший, чтобы его власть воспринял не младший Толуй, а Угэдей, казавшийся ему более способным правителем. В дальнейшем это нарушение закона привело к соперничеству потомков Угэдея и Толуя и стало причиной монгольских междоусобиц, расколовших империю. Первым отделился хан Бату (Батый), сделавший свой удел - Золотую Орду самостоятельным государством. Туркменская земля оказалась разорванной надвое: Северный Туркменистан стал "крылом" Золотой Орды, Южный - отошел к ильханству Хулагу и его преемников в Персии.
В основанной Чингисханом гигантской державе несториане сразу же заняли выдающееся положение. Они составляли верхний слой ордынского общества: несторианские народы - уйгуры, кераиты, найманы - поставляли ханскому двору самых грамотных и деятельных чиновников. Правда, по "Великой Ясе", как мы уже упоминали, сами ханы не должны были отказываться от язычества, "черной веры". Но запрет этот был нарушен сразу же после смерти Чингиса, причем самым неожиданным образом. Верховным судьей империи и блюстителем "Ясы" был избран второй сын Чингисхана - Чагатай. И вот тот самый Чагатай, в котором видели оплот языческих законов, торжественно и принародно крестился в несторианском храме Самарканда.
По завещанию Чингисхана Чагатай, кроме звания судьи, получил ещё и огромный удел: он становился властителем Маверроунахра. Поведение несториан, получивших такого покровителя, в отношении к прежним своим благодетелям-мусульманам нельзя назвать иначе, как предательским.
При поддержке Чагатая несториане повели с мусульманами открытую борьбу за власть и влияние. Центром этой борьбы сделался Самарканд, кафедральный город несторианской митрополии.
Хан Чагатай, покровитель несториан, не отличался ни мудростью, ни дальновидностью, ни необходимой христианину кротостью. Еще Чингисхан, хорошо знавший этого своего сына, говорил о нем: "Чагатай ведь жесток, пусть около него с утра до вечера будет Коке-Чос (один из ханских советников). Пусть помогает ему обдумывать свои поступки". Но никакие советники не помогли Чагатаю избежать опрометчивых действий. В Маверроунахре, где мусульмане составляли большинство населения, он вздумал запретить обряды Ислама. При этом Чагатай ссылался даже не на несторианство, а на монгольские суеверия, по которым перерезать горло убиваемому барану или входить в текущую воду считалось дурным предзнаменованием. Мусульманские авторы сетуют на то, что при Чагатае никто не смел совершать намаз, - поскольку традиционное омовение перед молитвой было запретным; застигнутым в реке или ручье грозила казнь. По приказу Чагатая был казнен мусульманский ученый Абу Якуб Юсуф Секкаки. Когда Чагатай умер, мусульмане сложили ему эпитафию:
Вот тот, из-за которого народ воды речной страшился,
Сам в океан безбрежный смерти погрузился.
Опираясь на монгольские завоевания, несториане стремились все дальше распространить свое влияние в мусульманском мире. Покоритель Персии, монгольский полководец Чормаган был женат на несторианке, двух своих дочерей выдал замуж за несториан, вероятно, и сам был тайно крещен. Уполномоченным по религиозным делам (такие "министерства" монголы начали учреждать ещё при Чингисхане) в правительстве Чормагана являлся ревностный несторианин Симеон Раббан-ата, строивший храмы в Тебризе.
Чормаган выступил в поход, преследуя остатки хорезмийских войск. Монголы углубились в Месопотамию и вышли на берега Тигра: это был плацдарм для дальнейшего наступления на Ближний Восток. Хорезмийцы ушли в Египет, по пути отобрав у папских "крестоносцев" Иерусалим. Используя распри мусульманских правящих династий, "крестоносцы" выступили против Египта в союзе с мусульманской Сирией, но были вновь разгромлены в битве при Газе в 1244 году. А свободолюбивые хорезмийцы, которых в Египте обратили в "государственных рабов-солдат", подняли восстание и были полностью истреблены египтянами.
Сыновья Чингисхана, Угэдей, Чагатай и Толуй, ещё держались вместе, действовали сообща. Но в следующем поколении среди Чингисидов начались распри, дошедшие до смертельной вражды.
На курултае 1246 года великим ханом был избран Гуюк, сын Угэдея. Мать и жена его были несторианки, он рос и воспитывался в несторианском окружении, и ордынские несториане возлагали на него большие надежды. Однако, хотя Гуюк и стремился покровительствовать несторианской религии, политических чаяний несториан он не оправдал. Взойдя на престол, он заявил о своем намерении: согласно завещанию Чингиса, идти походом на Запад. Несториане же видели в римо-католиках союзников, даже заискивали перед ними и совершенно не желали войны монголов с европейскими государствами и папским Римом. Верхушка несториан, уйгурские финансовые воротилы жаждали иного: покорить мусульманские страны Востока, отнять у мусульманских купцов караванные дороги и перехватить у них огромные прибыли.
Плано Карпини пишет о хане Гуюке: "Говорили нам христиане, принадлежавшие к его челяди, что они твердо веруют, что он должен стать христианином, и явный признак этого они видят в том, что он держит христианских клириков и дает им содержание, также перед большой своей палаткой имеет всегда христианскую часовню; и они поют всенародно и открыто и звонят к часам, согласно обычаям греков, как бы ни была велика там толпа татар". Карпини не уточняет, о каком именно христианском исповедании идет речь. Однако в его свидетельстве содержится указание на "обычаи греков" (православных) и на колокольный звон. У несториан колоколов не было: они объясняли это тем, что не хотят уподобляться буддистам с их бесчисленными колоколами и колокольчиками. Так какого же исповедания были христиане, молившиеся в часовне перед "золотой юртой" великого хана - по "греческому обычаю" и с колокольным звоном? Вполне возможно, что часовня была православная и сам хан Гуюк склонялся к Православию. Такая догадка отчасти подтверждается тем, что Гуюк-хан приглашал на совет в Великую Орду византийских, сирийских, кавказских и русских православных священников. Планируя западный поход и ощущая в самой Орде сопротивление несторианской клики, Гуюк искал поддержку православных стран в намечавшейся войне с католической Европой. Однако несториане, враждебно относившиеся к православным, отнюдь не сочувствовали этому намерению хана. Гость из Православной Руси, великий князь Ярослав был оклеветан и отравлен по приказу матери Гуюка, несторианки Туракины.