Гуюк благоволил к христианам всех конфессий. При нем самаркандские несториане продолжали теснить мусульман. Побывавший в Самарканде в 1248 году Сембат, брат армянского царя Гетума I, не без злорадства отмечает: "Сарацины (то есть мусульмане), прежде наводившие страх на христиан, теперь сами терпят вдвое больше". Однако, говоря о нравах несториан, он указывает: "Те, которые здесь считаются проповедниками, заслуживали бы великого наказания". А Гильом Рубрук пишет: "Несториане - люди, не искушенные в тонкостях богословия, лихоимцы, пьяницы и многоженцы, поста по пятницам не соблюдают. - И добавляет о несторианских иереях: - Хотя они и учат Евангелию и вере, однако своей дурной жизнью и страстями, скорее, удаляют от Закона Христа, так как жизнь идолопоклонников более невинна, чем жизнь этих священников". Мнение римо-католика Рубрука можно было бы считать предвзятым, но в достоверности свидетельства монофизита Сембата (учитывая несторианско-монофизитскую "унию") сомневаться нет оснований. Впрочем, некоторые выходки тогдашних несториан говорят сами за себя.
На одном из часто проводившихся монгольскими правителями межрелигиозных диспутов несториане грубо оскорбили знаменитого имама Нур ад-дина Хорезми во время совершения им намаза. Современник описываемых событий, персидский историк Джузджани утверждает, что хан Гуюк был убит мусульманами за попустительство этому хулиганству: "В ту же ночь Гуюк за оскорбление имама лишился жизни; сыновья его на следующий день извинились перед оскорбленным и постарались удовлетворить его". О нравах несториан этот эпизод свидетельствует достаточно ясно. Однако в том, что касается обстоятельств смерти Гуюка, известие Джузджани сомнительно. В то время мусульмане при дворах монгольских властителей не имели ещё ни сил, ни влияния, которые позволяли бы мстить великому хану.
Известно, что Гуюк умер во время начатого им западного похода, - умер внезапно, скорее всего от яда. Выгодна его смерть была уж никак не мусульманам. Во главе общемонгольского войска Гуюк шел с целью смирить мятежную Золотую Орду, а затем - приступить к покорению Европы.
Вражда между Гуюком и золотоордынским ханом Бату вспыхнула во время первого западного похода монголов: тогда Гуюк обозвал Бату "старой бабой", именно за то, что тот снял главные силы с европейского направления и бросил их на Северную Русь. Тайных врагов у Гуюка было больше чем достаточно: и сторонники Бату, и законники языческой "Ясы", и наверняка имевшиеся среди его советников папские агенты (не случайно у одного из новейших историков вырвалось восклицание: "Смерть Гуюка спасла Европу!"). Но все же, по-видимому, с покровителем христиан Гуюком расправилась могущественная несторианская клика. Несториане имели в виду гораздо более выгодную, чем он, кандидатуру на престол великого хана. После внезапной смерти Гуюка во внешней политике монгольской империи произошел резкий поворот: острие завоевательных походов обращалось уже не на европейские государства, а на мусульманские страны. Такая война была давней (еще со времен похода Елюя Даши на Маверроунахр) мечтой уйгурских купцов, сочетавших приверженность к несторианству с корыстными интересами.
Великий хан Гуюк, по-видимому, был человеком искренним как в своих религиозных исканиях, так и в стремлении выполнить завещание Чингисхана. Его преемник на престоле Великой Орды, хан Мункэ был прежде всего ловкий политик. Он заявлял, что пять религий (христианство, мусульманство, буддизм, "черная вера", конфуцианство) как пять пальцев на одной руке одинаково дороги и нужны ему. На самом же деле Мункэ рассматривал религии как карты в большой политической игре. Он умел угодить язычникам, монгольский летописец одобрительно отзывается о нем: "Степенен, решителен, говорил мало, не любил пиршеств, о себе говаривал, что он следует примеру своих предков. Верил волхвам и ворожеям, при каждом предприятии призывал их к себе и ни одного дня без них не был". В Китае он поддерживал буддизм. На организуемых им диспутах несториане и мусульмане, основываясь на общей вере в Единого Бога и как бы восстанавливая былое добрососедство, против буддистов выступали вместе. Но, будучи ставленником несторианской партии, великий хан Мункэ прежде всего старался угождать политическим амбициям несториан.
На прошедшем в 1251 году при возглавлении Мункэ-хана общемонгольском курултае было решено: прекратить продвижение на Европу и завершить покорение Азии. Во главе завоевательных армий Мункэ поставил своих братьев. Хан Хубилай отправлялся в поход, чтобы окончательно подчинить монголам Китай. Целью наступления хана Хулагу являлась Палестина - это был "желтый крестовый поход" (термин Л. Н. Гумилева). На оба направления завоеваний несториане возлагали огромные надежды. Хубилай, по словам Марко Поло, в то время уже принял несторианское крещение, - он должен был возвысить несторианскую церковь в Китае. Хулагу был буддист; но жена его кераитка Докуз-хатун, являлась ревностной несторианкой и везла с собой целый штат священников-несториан, среди них - и епископа. Непосредственно во главе войск Хулагу стоял найман Кит-Бука, несторианин фанатичный.
"Желтому крестовому походу" придавалось значение особое. Мункэ-хан озаботился тем, чтобы приобрести союзников. Вместе с монголами выступал царь Малой Армении Гетум I. При заключении договора Мункэ торжественно поклялся, что в случае победы крестится со всем своим народом. Нет сомнений, что хан сдержал бы это слово: слишком лакомой добычей представлялись богатейшие мусульманские страны, чтобы отказываться от союзнических обязательств. К участию в походе Гетум I привлек ещё правителя созданного "крестоносцами" Антиохийского княжества, князя Боэмунда. Чтобы скрепить союз, армянский царь выдал свою дочь замуж за этого антиохийского князя.
Поход Хулагу начался триумфально. В 1258 году монголы взяли Багдад. Хан, по просьбе своей жены-несторианки, подарил дворец халифа несторианскому католикосу. Тот не долго думая вселился в апартаменты своего недавнего благодетеля. Католикос благословил Хулагу на "священную войну". В следующем году монголы окончили завоевание Месопотамии, покорили Сирию, войска Хулагу стояли уже у стен крепости Газа. Во всех городах, оказавших сопротивление, фанатичные несториане Кит-Буки первым делом жгли мечети. Местных несториан не только не грабили, но даже делились с ними военной добычей. Последней опорой мусульманского мира, последним мусульманским государством оставался Египет. Если бы Хулагу удалось одержать верх над Египтом, мусульмане повсюду оказались бы под властью несториан. Казалось, Ислам вот-вот падет, уступив место несторианской монгольской империи.
"Желтый крестовый поход" был несравненно опаснее и для мусульманской, и для православной веры на Востоке, чем остановленное сельджуками вторжение латинских "крестоносцев". Западные рыцари были явными оккупантами, их властвование не могло продолжаться долго и даже в марионеточных латинских "империях" и "княжествах" как мусульмане, так и православные сохраняли свои веру. А степняки, монголо-тюркское воинство Орды на Востоке было "своим"; к тому же ордынцы несравненно превосходили западных "крестоносцев" по боевым качествам, пощады же от монгольских несториан представителям иных религий и конфессий ждать не приходилось.
Великий хан Мункэ уже не сомневался в успехе "желтого крестового похода", а вот медлительность действий Хубилая в Китае его раздражала. Мункэ сам отправился в Китай, где принял на себя командование монгольскими войсками. В 1259 году он умер во время осады одной из китайских крепостей. В том же году (до или после смерти Мункэ - неизвестно) в Самарканде произошел очередной конфликт между несторианами и мусульманами. Очевидец, самаркандский мусульманин Ашраф-ад-Дин, рассказывал об этом так: "Молодой христианин (несторианин) в Самарканде принял Ислам, и самаркандские мусульмане осыпали его благодеяниями. Христиане пожаловались монгольскому начальнику на то, что мусульмане совращают в свою веру их детей. Начальник хотел заставить новообращенного юношу отказаться от Ислама, но юноша остался тверд и за это поплатился жизнью. Мусульмане обратились с жалобой к хану Берке, мусульманину. Берке велел убить всех христиан, участвовавших в этом деле. Они были перебиты в своей церкви, которая подверглась разрушению".