Существует иная, несторианская версия относительно происшедшей в Самарканде резни несториан. По этой версии, наместником города был монгол, женатый на несторианке. С её помощью несторианские миссионеры проникли ко двору, им удалось окрестить какого-то крупного военачальника. Мусульмане возмутились и донесли хану Берке: дескать, "христианство проповедует всепрощение и любовь к врагам, и если все полководцы окрестятся, то некому будет воевать". Невероятно, чтобы такой довод мог подействовать на хана. Несторианами были очень многие монгольские военачальники, и религия никак не отражалась на их боевых качествах. Даже несторианские священники порой с оружием в руках участвовали в битвах. Не знать этого хан не мог. После доноса хан будто бы устроил избиение несториан. Оставшихся вместе с митрополитом изгнали из Самарканда, и они поселились в окрестностях города за арыком Даргом. Версия эта невероятна в целом ещё и потому, что хан Берке правил Золотой Ордой, а отнюдь не в Самарканде, и до полководцев Чагатайского улуса ему не было никакого дела. Мусульманин Берке послал карательный отряд в чужие владения явно в отместку за какую-то обиду исламской вере. По-видимому, в несторианском источнике спутана хронология и рассказано о каком-то гонении, происшедшем не при Берке, а в более позднее время. Но рассказ этот очень показателен для характеристики миссионерских методов несториан: политиканства и стремления действовать через женщин.
Направляя войско на подавление самаркандских несториан, хан Берке выходил за границы своего удела и открыто вмешивался в дела Великой Орды. Он показал себя врагом великого хана ещё перед началом "желтого крестового похода", воскликнув: "Мы возвели Мункэ-хана на престол, а чем он воздает нам за это? Тем, что отплачивает нам злом против наших друзей, нарушает наши договора, домогается владений халифа, нашего союзника. В этом есть нечто гнусное!" Берке тайно готовился к заключению союза с Египтом. Султаны Египта Куттуз и его преемник Бейбарс по национальности были половцы. Через своих соплеменников - половцев, которых в Золотой Орде было много, они завязали сношения со своим единоверцем - мусульманином Берке, склоняя хана на свою сторону. Самаркандский инцидент должен был ускорить назревавшее столкновение Золотой Орды с Великой. Смерть Мункэ стала тем рубежом, после которого вспыхнули и эта, и другие монгольские междоусобицы.
Золотоордынский хан Берке был ревностный мусульманин и в то же время превосходно разбирался в различиях между христианскими конфессиями. Направив карательную экспедицию против самаркандских несториан, Берке в том же году озаботился созданием православной епархии в собственной столице Сарае. Это был не просто жест в сторону Православной Руси, входившей в состав Золотой Орды. Разрывая отношения с великим ханом, Берке не желал, чтобы его воины-ордынцы сохраняли религиозные связи с несторианскими митрополичьими центрами. Берке просто приказал несторианам из своего окружения перейти под окормление русских православных священников, заявив: "Веру Исы (христианство) нужно держать так, как русы, а не так, как эти чагатайские собаки (то есть самаркандские несториане)". Берке издал ярлык (указ), по которому любому ордынцу за оскорбление православной веры и православного духовенства грозила смертная казнь. Этот указ впоследствии неизменно подтверждали все ханы Золотой Орды вплоть до самозванца Мамая. Л. Н. Гумилев по поводу позиции Берке замечает: "Друг халифа и враг несториан искал опоры в Православной Церкви и на Руси".
При известии о смерти Мункэ-хана Хулагу немедленно отправился в Кара-Корум: курултай с выборами нового великого хана требовал его личного присутствия. С собой Хулагу увел главные монгольские силы, оставив своему полководцу Кит-Буке для борьбы с Египтом только двадцатитысячное войско.
Арабы к тому времени уже разучились воевать; армия Египта была тюркская. Она комплектовалась из мамлюков: "государственных рабов" - на невольничьих базарах египтяне скупали у монголов их военнопленных и ставили на свою воинскую службу. В 1250 году мамлюки совершили в Египте государственный переворот и начали избирать султанов из своей среды. Первым мамлюкским султаном был туркмен Айбек, затем во главе Египта встали половцы Куттуз и Бейбарс. Тюрки-мамлюки были такими же степняками, как монголы, и их армия ничуть не уступала монгольской по воинским качествам. После отхода Хулагу получив численный перевес, султан Куттуз наголову разгромил монголов в битве при Айн-Джалуде. На стороне Египта выступило и присланное Берке из Золотой Орды вспомогательное войско, в составе которого была русская дружина. Так в этой "битве за спасение Ислама" против несториан плечом к плечу с мусульманами сражались и православные русичи. Монгольский полководец, "надежда несториан" Кит-Бука попал в плен и был казнен. Затем мамлюки перешли в наступление, отвоевали Сирию и Ирак. Мстя за обиды, причиненные монгольскими несторианами, мусульмане этих стран начали громить несторианские общины. "Желтый крестовый поход" провалился.
Монголы закрепились в Иране, но там вскоре началась "персизация" правителей и правительств. Ханы стали на местный лад именоваться "ильханами". Наследник Хулагу, ильхан Абага ещё пытался опираться на христиан. Он отчаянно взывал к Римским папам Клименту IV, а затем к Николаю III, умоляя организовать "крестовый поход" против Египта, - и обещал принять римо-католицизм, подчиниться папскому престолу. Но у Римских понтификов в то время не было сил для оказания помощи кому бы то ни было; в самой Европе шла жестокая борьба между гвельфами и гибеллинами, сторонниками и противниками светской власти пап. (Рим не мог спасти даже остатки своего ближневосточного "Иерусалимского Королевства".) Покровитель несториан Абага ходил походами на Маверроунахр. Его войска взяли Бухару и, по образцу "желтого крестового похода", разрушили знаменитую мечеть Масуд-бека. То была ещё одна рана, нанесенная мусульманско-несторианским отношениям. Преемник Абаги, ильхан Газан склонился к религии большинства своих подданных и принял мусульманство с именем Махмуд. Переход в Ислам он ознаменовал разрывом отношений со всеми остальными монгольскими улусами. Во время правления Газана был разрушен несторианский храм в Термезе: остались обугленные стены, на полу археологи нашли монгольскую железную стрелу.
Как и в Персии, в Маверроуннахре монгольские ханы начали принимать религию большинства народа. Возглавлявшие Чагатайский улус и боровшиеся между собой за власть ханы Барак и Мубарек-шах, правнуки гонителя мусульман Чагатая, теперь оба были мусульмане. Фактическим правителем улуса являлся неизменный ханский советник Масуд-бек, мусульманин ревностный. Свой пост ему удалось сделать наследственным: после смерти Масуд-бека делами Чагатайского улуса управляли его сыновья Абу-Бекр, Сатылмыш-бек и Суюнунч, унаследовавшие и исламское рвение своего отца. Еще действовала Самаркандская несторианская митрополия: в числе участников собора несторианской церкви в Багдаде, проходившем в 1281 году, упомянут митрополит Мар-Йаблахи Самаркандский. Но власть в Маверроунахре мусульмане уже твердо держали в своих руках.
Последнее известие о туркменских несторианах относится ко временам "желтого крестового похода", позднейших сообщений - нет. Очевидно, в Туркменистане шло угасание несторианских общин, обусловленное целым рядом факторов. Первая из таких причин, конечно, распространение и утверждение Ислама, с которым несторианство уже не могло соперничать. Вторая причина: падение Мервской архиерейской кафедры и, как следствие, невозможность поставления духовенства на месте. Третий фактор: Самаркандская митрополия, под окормлением которой оказались туркменские несториане, сама клонилась к закату (ко временам Амира Темура самаркандская несторианская община действительно оказалась вне городских стен, "за арыком Даргом"). Кроме того: Самарканд находился в государстве Хайду, враждебном ильханству Хулагуидов, которому принадлежал юг Туркменистана, - и посылка священников через границы враждующих стран вряд ли была возможна. Таким образом, туркменские несториане остались без духовенства, и их общины были обречены.