В 1337 году ханом Семиречья стал буддист Дженкши. Столица его находилась в Алмалыке, в те времена - знаменитом, цветущем городе (ныне городище у подножия горы Талка, в Талды-Курганской области Казахстана). Дженкши радушно принимал римо-католических миссионеров. Уведомленный об этом, папа послал в Алмалык группу миссионеров во главе с епископом Ричардом Бургундцем. Местные несториане встретили пришельцев восторженно, видя в них сильных союзников. Несторианские вельможи подарили епископу Ричарду усадьбу, где тот выстроил красивый собор. Несторианам вскоре пришлось горько пожалеть о своем гостеприимстве: римо-католики вытеснили несториан из окружения Дженкши. Среди миссионеров были врачи, им удалось вылечить заболевшего хана. В награду Дженкши разрешил им окрестить своего семилетнего сына и наследника - царевич был крещен с именем Иоанн. Эта удача латинской миссии оказалась смертоносной не только для нее.
Заговор против хана Дженкши организовывала его собственная мать, фанатичная мусульманка. Она уговорила другого своего сына, Есун-Тимура, убить Дженкши и взойти на его престол. Тот поддался на её внушения, но его совесть не выдержала совершенного преступления. Братоубийца сошел с ума: в припадке безумия Есун-Тимур вырезал грудь матери, проклиная её за то, что она подстрекала пролить братнюю кровь. Сумасшедшего хана низложил Чингисид угэдейской ветви, Али-султан, человек жестокий (мусульманские авторы тоже называют его "свирепым тираном").
К дворцовым смутам прибавилось общенародное бедствие: в Семиречье начала свирепствовать чума. Али-Султан объявил, что во всех несчастьях виноваты христиане. Латинские миссионеры в Алмалыке вместе со своим епископом Ричардом погибли мучительной смертью; затем по всему Семиречью началась резня несториан. Волны мусульманского фанатизма перекатились в Маверроунахр, где захватил власть дервиш Халиль, называвший себя потомком Чингиса (в источниках, приводящих списки Чингисидов, - его имя не значится, возможно, это был самозванец). Халиль перенял у своего соперника Али-Султана лозунг "джихада" - мусульманской "священной войны" - и также приступил к истреблению несториан. Так порочные методы несторианских и латинских миссий привели к резне 1339 года, когда брат убивал брата. Несторианская Церковь в Центральной Азии была почти полностью уничтожена.
Религиозная война страшнее обычной войны. Она отличается жестокостью и беспощадностью. Думая, что поднимаются на защиту своих святынь, люди могут впасть в ослепление фанатизма - и тогда уже не способны разглядеть в своем противнике брата по человечеству. Фанатичные толпы часто не слушают ни законных правителей, ни даже религиозных наставников. Что самое ужасное - страдает множество невинных людей. А ведь в Библии сказано: "Голос крови брата твоего вопиет ко Господу от земли" (Быт.4,10). Еще более грозные слова звучат в Коране: "Кто убил душу человеческую без вины, тот как будто бы убил людей всех" (Сура 5, аят 35/32/).
Л. Н. Гумилев высказывает предположение, что "именно удар в спину, нанесенный римо-католиками, сделал несторианскую церковь на Востоке нежизнеспособной и беззащитной перед буддизмом и мусульманством, разделившими в конце ХIV века несторианское наследство". Однако это мнение далеко не бесспорно. Миссионерскую практику самих несториан, особенно в мусульманской среде, смело можно назвать самоубийственной.
К чести Туркменистана можно отметить, что здесь не было межрелигиозной бойни. Туркменские мусульмане предоставили несторианским общинам возможность угасать естественным образом, от отсутствия духовенства.
Преемниками монгольских династий во владычестве над Центральной Азией стали Амир Темур и его потомки. Историк Ибн-Арабшах сообщает, что одна из жен Амира Темура, дочь Хызр-хана, была несторианкой. Однако неясно: как это могло быть? Ведь её отец, хан Могулистана Хызр-Ходжа отличался приверженностью к мусульманству и даже проводил насильственную исламизацию уйгуров. Как же и где эта женщина приняла несторианскую веру? Возможно, что именно её крещение привело к трагическим событиям, разыгравшимся в Самарканде.
Известно, что несторианским проповедникам удалось окрестить какую-то из жен Амира Темура. Но он был не из тех людей, которые позволяют хозяйничать посторонним в своем гареме. Последовала казнь миссионеров и полное истребление несторианской общины в Самарканде. Часть несториан попыталась укрыться в своих убежищах за арыком Даргом, но их настигли и перебили. Перед пещерой, в которой спрятались последние беглецы, развели огромный костер, и те задохнулись от дыма. До новейших времен в окрестностях Самарканда (в Паст-Даргомском районе) сохранились памятники того давнего разгрома: развалины, называемые "кафир-кала" - "укрепление неверных", а поблизости - "кафир-мола" - "пещера неверных", где задохнулись несториане.
Некоторые исследователи считают, что Амир Темур "уничтожил последних христиан Центральной Азии". Однако это мнение действительности не соответствует. С самого начала своего правления Амир Темур, при том, что являлся ревностным мусульманином, руководствовался многими положениями "Великой Ясы" Чингисхана, в том числе - необходимой для правителя империи веротерпимостью. Уничтожение самаркандских несториан было не религиозным актом, а его личной реакцией на их миссионерскую выходку. Самаркандская несторианская община погибла в 1376 году, а побывавший при дворе Амира Темура через сорок лет после этого посол кастильского короля Рюи Гонсалес де Клавихо встретил в Самарканде множество христиан - и несториан, и сирийских яковитов, и армян, и греков (православных). Эти люди были переселены Амиром Темуром из завоеванных стран в его столицу: как известно, он свозил отовсюду "самых красивых, самых умелых, самых знающих и самых талантливых", чтобы и их трудами Самарканд украшался ещё больше.
По-видимому, в ХV веке в Центральной Азии ещё имелись укрывавшиеся в глухих местах отдельные общины несториан, а возможно, и других исповеданий. Однако их существование в "катакомбах", при отсутствии епископата и, следовательно, без возможности рукополагать новых священников должно было неминуемо угаснуть. В 1603 году латинский миссионер Гоэс беседовал с правителем восточнотуркестанского города Джамина (ныне Карашар), который хвалил христианство и рассказывал, что христианами были его предки. Однако Гоэс, пересекший всю Центральную Азию, нигде не нашел никаких христиан.
В ХIII веке багдадский несторианский католикос-патриарх имел в своем ведении 25 митрополий, 126 епископских кафедр. В следующем столетии сохранилась только горстка малочисленных несторианских общин в горах Урминэ и Курдистана. Могучая несторианская церковная организация как бы мгновенно остановилась в своем развитии и стала рассыпаться в прах.
Возвышение несториан дошло до того, что они стояли на пороге создания охватывающей всю Азию "христианской империи третьего типа", - отличающейся как от православных держав Византии и Руси, так и от римо-католических государств Запада. Л. Н. Гумилев утверждает даже: "Тысячелетняя история Азии от Мраморного до Желтого моря - это история сложения и гибели этноконфессиональной несторианской цивилизации". В своем фундаментальном труде "Поиски вымышленного царства", ныне являющимся главным пособием по изучению духовной истории Азии монгольского периода, он пишет: "Проблема исчезновения несторианства столь сложна, что заслуживает специального исследования не меньшего объема, чем предпринятое нами". Востоковед Айдер Куркчи подчеркивает: "После Л. Н. Гумилева до сих пор не существует второй попытки "взять тему" - описать причину падения несторианства на Востоке". Взгляд на события, связанные с "несбывшейся историей несторианства", требует анализа исторической ситуации не в одной Центральной Азии, но и в Персии, и в Китае, а в монгольской период - и на Руси. С православной точки зрения эта проблема представляет отнюдь не только исследовательский интерес, но тесно соприкасается со многими животрепещущими проблемами современности. Происшедший всего за несколько десятилетий (по историческим масштабам - мгновенно) крах мощной несторианской организации во всех странах средневековой Азии служит ярким примером того, к чему может привести любое искажение веры и разрыв общения с Вселенской Соборной Церковью. Порочные методы прозелитизма, некогда применявшиеся несторианами и приведшие к почти полному их истреблению в межрелигиозной резне 1339 года, в точности напоминают методику многих нынешних сект: это указание на грозную опасность, которую таит в себе деятельность сектантов в современных центральноазиатских государствах и вообще в мусульманских странах.