Хотя и присвоившая себе название Сиро-Халдейской (по богослужебному языку), церковная организация несториан имеет преимущественно персидское происхождение. Началась же её история даже не с еретических мудрований - а с иного, но не менее пагубного явления, имя которому: раскол.
Когда персидские шахиншахи, теснимые эфталитами и армянами, приостановили травлю христиан, те начали восстанавливать свою церковную жизнь. Но тень недавних ужасов омрачала их существование. Церковь Персии в то время состояла из "катакомбников", вышедших из укрытий, а также "падших", отрекавшихся от Христа из страха перед гонителями, но затем покаявшихся и снова принятых в церковное общение. И "катакомбникам", и "падшим" хотелось пожить спокойно. Им мерещилось: сменится политическая обстановка, вновь обострятся персидско-византийские отношения - и палачи шахиншаха опять начнут гоняться за ними, как за "вражескими шпионами". Им хотелось выказать свое "верноподданичество", свой "персидский патриотизм". И вот в 410 году на местном соборе епископы Персии заявили о своей независимости от Антиохийской Патриархии, находившейся на территории "недружественной державы". Ни о каких вероучительных расхождениях и речи не было; да и случилось это за двадцать с лишним лет до того, как Ефесский Собор анафематствовал Нестория и его мудрования. Персидские раскольники сначала попрали не догмат, а канон: выход из подчинения Антиохийской Церкви без Ее согласия был грубым нарушением законов церковной жизни. В дальнейшем та же логика политиканства, ставящая земное выше Небесного, привела персидских иерархов и к искажению догматики, отступлению от Христовой Истины.
В 414 году посланец Византийского императора и Антиохийского Патриарха, святитель Маруф выхлопотал у шахиншаха указ о веротерпимости, обеспечивающий персидским христианам спокойное существование. Эта услуга не была оценена. Национализм продолжал возвышаться над церковным сознанием, политика - над верой. Собравшись в Ктезифоне в 423 году, персидский епископат провозгласил запрет на упоминание Антиохийского Патриарха за Богослужениями и избрал собственного первоиерарха, присвоив ему титул "патриарх-католикос".
Учинив раскол, Церковь Персии "выпала" из единства Вселенской Церкви и утратила противоядие против ересей - Соборность, где мнение одного богослова поверяется разумом всего христианского мира. Персидские епископы не присутствовали на III Вселенском Соборе 431 года, на котором святители разных стран и народов единодушно разоблачали несторианство.
Впоследствии возникла легенда о том, что в Персию несториане якобы "бежали из-за страшных гонений, которым они подвергались в Византии". В плену этого мифа оказываются даже некоторые современные историки, пишущие о "гонимых несторианах". Но что подразумевается под этими "гонениями"? Сослан был только сам Несторий и несколько его наиболее рьяных сторонников. Ни тюрьмы, ни уже тем более пытки и казни несторианам не грозили. Даже среди епископата еретических церковных организаций того времени находились люди, честно отмечавшие: худший вид гонений, которому мог подвергнуться неправославный, - это лишиться престижной епископской кафедры или богатого прихода. В подобных условиях говорить о "гонениях" - это надругательство над памятью древнехристианских мучеников, нечеловеческими страданиями и кровью запечатлевших верность Христу Господу. Изданный в 482 году императором Зеноном указ "Энотикон", на который обычно ссылаются пишущие про "гонимых несториан", просто отказывал еретикам в государственной поддержке, но не грозил им никакими карами. Даже в Сирии, входившей в состав Византийской империи, несториане смогли создать собственную иерархию и церковную организацию, - впоследствии, уже при власти арабов, слившуюся с аналогичной персидской. Но, конечно, в отпавшей Церкви Персии, где несториане могли играть первые роли, они чувствовали себя привольнее.
Разрыв между Церковью Вселенской и Персидской поначалу казался преодолимым. В Константинополе отнеслись к факту раскола в духе "икономии": христианской терпимости. Противоречия, вызванные причинами национальными и политическими, могли с годами сгладиться (как иногда и случалось в церковной истории относительно самочинных "автономий" и "автокефалий"). Виделось, что нет противостояния в вопросах веры. Хотя Персидский Собор 484 года в Бет-Лапате, подстрекаемый ярым несторианином, митрополитом Варсумой Низибийским, и заявил: "Мы веруем иначе, чем греки", но уже через два года католикос Акакий снял конфликт, обнародовав хотя и обходящее острые вопросы, но приемлемое для православных исповедание веры Церкви Персии. Персидских епископов, посещавших Царьград, его святители встречали приветливо: уже шла речь о совместном служении. Появилась общая для всех угроза со стороны ереси монофизитов, в неприятии которой Царьград и Ктезифон были единодушны.
Однако, как отмечает церковный историк А. В. Карташов: "Официальная политика католикосов приспособлялась к интересам шахской Персии. Персидскому правительству интереснее были подданные-еретики, отдаленные от греков, чем православные". Персидские иерархи вновь изменили Христовой Церкви в угоду политиканству. "Назло" Византии персидский епископат внес в Богослужебные книги восхваление "трех великих учителей" - отнюдь не учителей Вселенских (святителей Григория Богослова, Василия Великого и Иоанна Златоустого), но Нестория, Феодора Мопсуестийского и Иву Эдесского именно тех, ересь которых Церковь Вселенская предала анафеме. Православных персидские несториане стали называть "мелькитами" (то есть приверженцами "царской веры", религии императорской Византии); "мелькиты" попали под подозрение в политической неблагонадежности и подверглись преследованиям. С того момента (середина VI века) можно считать церковную организацию Персии окончательно впавшей в несторианскую ересь. Якобы "гонимые" несториане сами превратились в гонителей. Один из примеров тому находим мы в сирийской "Книге химьяритов": "Сила, епископ несториан Персии, ополчился на ромейских (греческих) и персидских мелькитов, желая задобрить язычников и иудеев".
Ценой искажения веры купив покровительство язычников-шахиншахов, несториане двинулись миссионерствовать в Центральную Азию. Как всякие еретики, чье внутреннее мировоззрение ущербно, они отличались повышенной внешней активностью. Как всякие еретики, они предпочитали не проповедовать язычникам, а совращать в свою ересь тех, кто уже воспринял Христово Учение. Как всякие еретики они не брезговали никакими методами пропаганды своих взглядов, употребляя при случае и насилие. Их "миссия" была направлена прежде всего против "мелькитов".
Большинство христианских общин Центральной Азии оказалось не готово дать отпор вторжению еретиков. Здесь привыкли смотреть на Церковь Персии, как на "старшую сестру", от которой принимали епископов, откуда приходили ученые наставники. Собственных богословских школ, могущих разобраться в тонкостях вероисповедания, ещё не было. Многие просто не понимали разницу между Православием и несторианством, не отличали Учения Спасителя от его искажения - и так принимали "змею вместо хлеба". Эфталиты, обращавшиеся в середине VI века к Ктезифонскому католикосу с просьбой прислать им епископа, вероятно, и не подозревали, что зовут в свой край еретика.
Несторианские пропагандисты являлись сюда хорошо подготовленными: за их спиной была мощная Низибийская школа, вскоре возникли и специальные центры по подготовке несторианских миссий, где обучали и языкам центральноазиатских народов, и искусству красноречия. Учебные центры несториан размещались на острове Харк в Персидском заливе, а также в Мерве, откуда православные были просто изгнаны. Казалось, "мелькитские" общины станут легкой добычей таких пришельцев. Однако борьба была.
Устояла Хорезмийская епархия, хранившая верность Православию, как некогда на этой же земле ветхозаветный Патриарх Иов хранил верность своему Господу. Хорезм и знать не желал никаких несториан, черпая чистую веру от Вселенской Церкви. Православную Мервскую митрополию несториане захватили насилием, когда Маргиана опять оказалась в руках Персии. По сообщению аль-Бируни, ещё в конце V века в Мерве был "мелькитский митран" митрополит антиохийского поставления; в VI веке его сменил несторианский иерарх. Тогда же несториане разгромили православный монастырь в Мерве. (Поначалу несториане выступили гонителями монашества. Впоследствии, правда, они в этом вопросе опомнились: среди них выделились "молельщики", не евшие мясного и ведущие целомудренный образ жизни, а затем они начали строить и монастыри.)