Третьим имамом стал кандидат койсубулинских узденей Шамиль. Тогда же в Закубанье русские войска построили укрепления Николаевское и Абинское.
Шамиль сумел объединить под своей властью горные народы Чечни и Дагестана, уничтожив непокорных беков. При крупных административных способностях Шамиль был выдающимся стратегом и организатором вооруженных сил. Ему удавалось выставлять против русских войск до 20 тысяч воинов. Это были массовые военные ополчения. Все мужское население от 16 до 50 лет обязано было нести военную службу.
Особое внимание Шамиль уделял созданию сильной конницы. В составе конницы лучшую в военном отношении часть представляли муртазеки, которые набирались по одному из десяти семей. Шамиль стремился создать регулярную армию с разделением на тысячи (альф), способной к подвижной обороне в горах. Превосходно зная все горные тропы и проходы, Шамиль совершал в горах поразительные переходы до 70 км в сутки. Благодаря своей подвижности войско Шамиля легко выходило из боя и уходило от преследования; но оно было крайне чувствительно к обходам, которые обычно применяли русские войска.
Полководческий талант Шамиля выразился в том, что он сумел найти тактику, соответствующую особенностям его армии. Свою базу Шамиль устроил в центре горной системы северо-восточного Кавказа. С юга сюда ведут два ущелья – долины рек Аварского и Андийского Койсу. У их слияния Шамиль построил свое знаменитое укрепление Ахульго, с трех сторон окруженное неприступными обрывами. Подступы к своим опорным пунктам горцы закрывали завалами, строили укрепленные посты и целые ярусы оборонительных линий. Тактика заключалась в том чтобы задержать наступление русских войск, измотать их в непрерывных стычках, неожиданных налетах, в особенности на арьергарды. Лишь только русские отряды вынуждались к отступлению, оно всегда проходило в трудных условиях, так как непрестанные атаки горцев в конец истощали силы отступавших. Используя свое центральное положение по отношению к разбросанным вокруг русским войскам, Шамиль делал грозные набеги, неожиданно появляясь там, где он рассчитывал на поддержку населения и на слабость гарнизона.
Значение высокогорной базы для военных операций Шамиля станет еще более ясным, если учесть, что здесь у него были организованы военные, правда упрощенные производства. В Ведено, Унцукуле и Гунибе производили порох; селитра и сера добывались в горах. Население аулов, производивших добычу селитры, освобождалось от военной службы и получало особую плату – полтора рубля серебром на семью. Холодное оружие выделывалось кустарями, винтовки употреблялись обычно турецкого и крымского производства. Артиллерия Шамиля состояла из орудий, отбитых у русских войск. Шамиль пытался организовать отливку орудий и производство лафетов и артиллерийских ящиков. В качестве мастеровых и артиллеристов у Шамиля служили беглые русские солдаты и даже несколько офицеров.
Летом 1834 года из крепости Темир-Хан-Шура на подавление восстания Шамиля был направлен большой русский отряд, который 18 октября взял штурмом главную резиденцию мюридов – аулы Старый и Новый Гоцатль в Аварии – Шамиль ушел из ханства. Русское командование на Кавказе решило, что Шамиль не способен к активным действиям и до 1837 года ограничивалось небольшими карательными экспедициями против «непокорных» аулов. Шамиль же за два года подчинил себе всю горную Чечню и почти всю Аварию со столицей. Правитель Аварии позвал на помощь русскую армию. В начале 1837 года отряд генерала К. К. Фези, оставившего интереснейшие воспоминания, взял Хунзах, Унцукутль и часть аула Тилитль, в который отошел Шамиль. Понеся большие потери и не имея продовольствия войска К. Фези оказались в трудном положении. 3 июля было заключено перемирие и русские войска отошли. Это событие как всегда было воспринято как поражение русских и для исправления положения для овладения резиденцией Шамиля Ахульго был отправлен отряд генерала П. Х. Граббе.
После 80-ти дневной осады в результате кровопролитного штурма 22 августа 1839 года русские войска взяли Ахульго; раненому Шамилю с частью мюридов удалось прорваться в Чечню. После трехдневных боев на реке Валерик и в районе Гехинского леса в июле 1840 года русские войска заняли большую часть Чечни. Своей резиденцией Шамиль сделал аул Дарго, откуда удобно было руководить восстанием и в Чечне, и в Дагестане, однако предпринять серьезные действия против русских войск Шамиль тогда был не в состоянии. Воспользовавшись поражением Шамиля, русские войска усилили наступление на адыгов. Они ставили своей задачей окружить адыгейские племена и отрезать их от Черного моря.