Шамиль расширил территорию имамата вдвое, имея под ружьем более 20 000 воинов.
В 1844 году командующим Отдельным Кавказским корпусом с чрезвычайными полномочиями был назначен граф М.С. Воронцов. Приказ царя гласил: «Разбить буде можно, скопище Шамиля, проникнув в центр его владычества, и в нем утвердиться».
Началась Даргинская экспедиция. Воронцову удалось дойти до Дарго, не встречая серьезного сопротивления, но когда пустой и зажженный горцами аул был занят Воронцовым, отряд, окруженный горцами и отрезанный от продовольственной базы, оказался в ловушке. Попытка подвезти продовольствие под сильным конвоем потерпела крах и лишь ослабила отряд. Воронцов попытался пробиться на линию, но беспрерывные атаки горцев настолько дезорганизовали отряд, что он, будучи уже невдалеке от укрепленной линии, принужден был прекратить свое продвижение. Только появление отряда генерала Фрейтага, действовавшего в чеченских лесах, спасло экспедицию, закончившуюся, в общем-то, неудачей, хотя Воронцов и получил за нее княжеский титул. Но восстание не разрослось – крестьяне практически не получили ничего и только терпели тяготы войны. Огромные средства, затрачиваемые на войну, только отчасти покрывались военной добычей; чрезвычайные военные налоги, во взимании которых наибы проявляли полный произвол, разоряли горское население. Наибы – начальники отдельных районов – широко практиковали различные поборы и штрафы, которые часто присваивали себе. Одновременно они стали принуждать население бесплатно работать на них. Наконец, имеются источники о раздаче земель наибам и лицам, приближенным к Шамилю. Отряды муртазеков стали использоваться для подавления возникающего то тут, то там недовольства наибами. Характер военных операций также изменился самым существенным образом.
Имамат стал отгораживаться от неприятеля стеной укрепленных аулов – война все более и более превращалась из маневренной в позиционную, в которой у Шамиля не было шансов. Среди горского населения появилась поговорка – «лучше просидеть год в яме-тюрьме, чем месяц пробыть в походе». Все более и более растет недовольство поборами наибов. Особенно сильно проявляется оно в Чечне, служившей для Нагорного Дагестана основной продовольственной базой. Большие закупки продовольствия, производившееся по низким ценам, переселение в Чечню колонистов-дагестанцев, назначение чеченскими наибами дагестанцев, постои дагестанцев в Чечне – все это, вместе взятое создало там атмосферу постоянного брожения, прорывавшегося в небольших выступлениях против отдельных наибов, как, например, восстание против Шамиля в 1843 году в Чеберлое.
Чеченцы перешли к оборонительной тактике против русских войск, непосредственно угрожавших разорением аулов. Соответственно с изменением обстановки изменилась и тактика русских войск. Прекращаются военные экспедиции в горы и русские переходят к позиционной войне – Воронцов сжимает имамат кольцом укреплений. Шамиль несколько раз пытался прорвать это кольцо.
В Дагестане русские войска в течение трех лет систематически осаждали укрепленные аулы. В Чечне, где русские войска при своем продвижении встречали помеху и препятствие в густых лесах, они производили систематическую рубку этих лесов; войска прорубали широкие, на ружейный, а иногда на пушечный выстрел, просеки и методически укрепляли занятое пространство. Началась длительная «осада Кавказа».
В 1843 году Шамиль прорвался через Сунженскую укрепленную линию в Кабарду, но был отбит и вернулся в Чечню. Попытавшись прорваться на дагестанское побережье Шамиль был разбит в сражении при Кутиши.
В 1848 году после вторичной осады М.С. Воронцов взял аул Гергебиль, но через год не взял аул Чох, хотя и отбил попытку горцев Шамиля пройти в Кахетию, построив за год до этого в Малой Чечне укрепление Урус-Мартан.
В 1850 году в результате военной экспедиции в Ингушнтию к карабулакам и галашевцам от имамата отошла его западная часть. Тогда же в Большой Чечне русские войска взяли и уничтожили построенное Шамилем укрепление – Шалинский окоп. В 1851–1852 годах были отбиты два похода имамата в Табасарань – Хаджи-Мурата и Бук-Муххамеда, разбитого у аула Шеляги. Шамиль поссорился с Хаджи Муратом, который перешел на сторону русских; за ним пошли и другие наибы.
На западном Кавказе племена адыгов штурмовали Черноморскую береговую линию. В 1849 году во главе адыгов встал сменивший Хаджи-Магомета и Сулеймана Эфенди Мухаммед Эммин. В мае 1851 года выступление посланца Шамиля было подавлено.
В Чечне в течение 1852 года шла упорная борьба между отрядами князя А.И. Барятинского и Шамиля. Несмотря на упорное сопротивление имамата А.И. Барятинский в начале года прошел через всю Чечню к Куринскому укреплению, что вызвало отпадение части аулов от Шамиля, который пытался удержать за собой Чечню, внезапно появляясь то в районе Владикавказа, то у Грозной; у аула Гурдали он разбил один из русских отрядов.
В 1853 году произошло крупное сражение на реке Мичак – последнего опорного пункта Шамиля. А. Барятинский, имея 10 батальонов, 18 эскадронов и 32 орудия, обошел Шамиля, собравшего 12 тысяч пехоты и 8 тысяч конницы. Горцы отступили с большими потерями.
После начала Крымской войны 1853–1856 годов Шамиль объявил, что отныне священная война с Россией будет вестись совместно с Турцией. Шамиль прорвался через Лезгинскую укрепленную линию и взял крепость Закаталы, но был снова отброшен в горы князем Долгоруковым-Аргутинским. В 1854 году Шамиль вторгся в Кахетию, но снова был отбит. Англия и Франция послали в помощь адыгам только польский отряд Ланинского. И хотя из-за угрозы англо-французского флота русские войска ликвидировали Черноморскую береговую линию, это не оказало существенного влияния на ход войны. Турки были разбиты в сражениях на реке Чолок, на Чингильских высотах и при Кюрюк-Дара, был взят Карс; турок разбили в их походе на Тифлис.
Парижский мирный договор 1856 года развязал руки России, сосредоточившей против Шамиля 200 000-ю армию, которую возглавил сменивший Н.Н. Муравьева князь А.И. Барятинский, имевший и 200 орудий.
Положение на Восточном Кавказе в этот период было таким: русские прочно удерживали укрепленную линию Владикавказ-Воздвиженская, однако, дальше к востоку, до Куринского укрепления, равнина Чечни оказалась незанятой. С востока укрепленная линия шла от крепости Внезапной до Курахи. Шамиль перенес свою резиденцию в аул Ведено. К концу 1957 года вся равнина Большой Чечни была занята русскими войсками. Через год отряд генерала Евдокимова овладел Малой Чечней и всем течением Аргуни. Шамиль попытался взять Владикавказ, но был разгромлен.
В 1859 году русские войска взяли аул Таузень. Шамиль попытался задержать наступление, заняв с 12-тысячным войском позицию у выхода из Басского ущелья, но эта позиция была обойдена. Одновременно русские войска наступали на Ичкерию из Дагестана.
В феврале 1859 года генерал Евдокимов начал осаду Ведено, у которого горцы соорудили 8 редутов. После разгрома ключевого Андийского редута 1 апреля Шамль с 400 мюридами вырвался из селения. Его наибы перешли на сторону русских. Горцев массами стали выселять на равнину. Шамль отступил к югу, в Андию, где на берегу Андийского Койсу занял мощную укрепленную позицию – гору Килитль, в то же время заняв и оба берега Андийского Койсу, которые были укреплены каменными завалами, на которых стояли 13 орудий.
Наступление русских велось тремя отрядами одновременно: чеченским генерала Евдокимова, движущимся к югу через Андийский хребет; дагестанским генерала Врангеля, наступавшим с востока; лезгинским, наступавшим с юга по Андийскому ущелью. Чеченский отряд, подойдя с севера и устроив спуск в долину Койсу, угрожал старой главной позиции Шамиля. Большую роль сыграл обход дагестанского отряда, который овладел правым берегом реки Койсу и отрезал Шамиля от Аварии. Шамиль бросил Андийскую позицию и ушел в свое последнее убежище на неприступной горе Гуниб. Через две недели Гуниб был полностью окружен русскими войсками. 25 августа русским удалось незаметно для осажденных взобраться с разных сторон на считавшуюся неприступной Гуниб-Даг и окружить аул Гуниб, после чего Шамиль сдался и был отправлен в Россию, в Калугу.
20 ноября 1859 года сдался и Мухаммед-Эмин с двухтысячным отрядом черкесов.
После 1859 года была только одна серьезная попытка организации сопротивления адыгов, создавших Меджик. Неудача его знаменовала конец активного сопротивления адыгов.
Горцев северо-западного Кавказа выселяли на равнину, они массами уходили-уплывали в Турцию, погибая тысячами в дороге. Захваченные земли заселялись кубанскими и черноморскими казаками. Войну на Кавказе завершали 70 батальонов, драгунская дивизия, 20 казачьих полков и 100 орудий. В 1860 году было сломлено сопротивление натухаевцев. В 1861–1862 годах было очищено от горцев пространство между реками Лабой и Белой. В течение 1862–1863 годов операция была перенесена на реку Пшеху, при продвижении войск строились дороги, мосты, редуты. Русская армия продвинулась вглубь Абадзехии, в верховье реки Пшиш. Абадзехи были вынуждены выполнить предписанные им «мирные условия». Верхние абадзехи на гребне Кавказа, убыхи и часть шапсугов оказали более длительное сопротивление. Выйдя к Гойтхскому перевалу, русские войска вынудили в 1863 году верхних абадзехов к сдаче. В 1864 году через этот перевал и по черноморскому побережью русские войска вышли к Туапсе и начали выселение шапсугов. Последними были покорены убыхи по рекам Шахе и Сочи, оказавшие вооруженное сопротивление.