Руководивший тогда ГВФ маршал авиации Ф.А. Астахов обратился к штабу ВВС с просьбой передать излишние В-25 в его ведомство. Однако получил отказ. Для того, чтобы «демобилизовать» нужное количество бомбардировщиков, потребовалось бы расформировать одну из дивизий Дальней авиации. Командование ВВС на это не пошло.
Самолеты из 3-й дивизии связи перешли к Якутскому управлению ГВФ и летали там до ноября 1948 г.
Некоторое количество В-25 после войны использовала так называемая ведомственная авиация. Среди владельцев «Митчеллов» числились Полярная авиация ГУСМП, Главное управление гидрометеослужбы (ГУГМС), Главное управление геодезии и картографии (ГУГК), министерства авиационной промышленности, геологии и рыбной промышленности, «Даль-строй» МВД — «царство» лагерей на Дальнем Востоке и Главное управление лагерей горно-металлургической промышленности МВД.
Полярная авиация получила первый В-25 (с бортовым номером Н-366) еще в 1944 г. Но большого успеха у полярных летчиков он не имел, и в январе 1945 г. его передали «Дальстрою». Позже ГУСМП получило от ГУЛГМП еще один самолет. В январе 1947 г. он совершил вынужденную посадку на «брюхо». Полярники его отремонтировали, прежнее обозначение Х-717 заменили на Н-445. Самолет использовался Московским отрядом, базировавшимся на аэродроме Захарково (на территории нынешнего г. Химки). Этот В-25 списали в первой половине 1950 г.
Гидрометеослужба эксплуатировала бывшие бомбардировщики в качестве разведчиков погоды и льдов — здесь пригодилась их большая дальность полета. Пик численности парка пришелся на июнь 1947 г. — восемь самолетов. Далее их количество постепенно снижалось за счет износа и аварий. Так, 6 сентября 1947 г. при перегонке самолета М-345 с аэродрома Набережная в Ленинград сразу после взлета возник пожар левого мотора. Самолет упал на жилой дом и сгорел. Из экипажа остался в живых только радист. Одна пассажирка погибла, другие получили ранения. В доме погиб маленький мальчик и была ранена его мать.
Самолеты, принадлежавшие МВД, являлись просто грузовыми. Один был у «Дальстроя» и два у ГУЛГМП (в отряде, обслуживавшем Норильский комбинат). В качестве грузовых служили и машины министерства авиапромышленности. В сентябре 1947 г. одна из них (И-850) во время рейса в Казань совершила из-за пожара вынужденную посадку во Внукове и врезалась в Ил-12. Весь экипаж и пассажиры В-25 погибли.
Самолеты авиаотрядов министерства геологии (они входили в трест «Аэрогеология») в основном осуществляли фотосъемку районов работ геологических партий. Их было немного, на 1 января 1950 г. за этим ведомством числились всего три машины. Министерство рыбной промышленности восточных районов в июле — сентябре пыталось использовать В-25 для поиска скоплений рыбы в Тихом океане, но неудачно — решили, что скорость машины слишком велика. Кроме одного самолета, находившегося в распоряжении Главсахалинрыбпрома, еще два В-25 базировались в Москве. В ноябре 1948 г. московский авиаотряд ликвидировали. Один самолет списали, а второй передали…гаражу министерства «без права вмешательства в оперативно-техническую работу…». Этот самолет являлся персональным «лимузином» министра и имел обитый бархатом салон-люкс на четыре-пять мест.
Аналогичные переделки выполнялись как в гражданской, так и в военной авиации. Подобные машины имелись в 65-м полку ВВС ВМФ. Среди них были два разоруженных B-25G и салонный «лимузин» на базе B-25J. В 1947 г. один B-25G переоборудовали в Ленинграде в специальный штабной самолет для командующего ВВС ВМФ.
Часть машин приспособили для различных экспериментов. Один бомбардировщик переделали в летающий стенд для испытания реактивных двигателей. Третий двигатель у него стоял на пилоне над фюзеляжем. В частности, на этой машине испытывали ТРД РД-10Ф. В 1947–1948 гг. на B-25J (без вооружения) опробовались отечественные взлетные ускорители «93-I» (пороховые) и СУ-1500 (с ЖРД). В 1948 г. в ЛИИ испытывали отделяемую кабину экспериментального ракетного самолета «346», В 1947–1948 гг. два B-25G участвовали в программе отработки планирующей торпеды «Щука» в Евпатории. Один самолет возил макет торпеды, а на втором опробовали систему наведения; в емком фюзеляже разместили инженера-оператора с аппаратурой. В ОКБ-115 в 1949 г. разработали систему «Бурлак». С ее помощью предполагалось увеличить радиус действия реактивных истребителей, который поначалу был очень небольшим. Бомбардировщик стыковался с истребителем в воздухе и далее тянул его на буксире. Сперва экспериментировали с Ту-2 и Як-23, а затем приспособили В-25 и Як-25 (первую машину под этим обозначением, с одним двигателем). Бомбардировщик лебедкой БЛК-1 выпускал на тросе воронку. Истребитель нес в носовой части «гарпун» с шарниром, которым должен был попасть в воронку.