На следующем этапе работ предстояло загерметизировать шлюз Принсес-дока, на акватории которого находилось немало судов. Скоро должны были начаться сизигийные приливы, во время которых из-за малой глубины в доках суда могли оказаться на грунте и из-за касания лежащих на дне доков стальных обломков и камней получить повреждения днища. За 36 часов с помощью портальных и плавучих кранов удалось расчистить вход в Принсес-док от стальных обломков и кип хлопка. Теперь можно было закрыть ворота, которые ниже ватерлинии не пострадали. Одновременно было углублено дно, что позволило переместить батопорт с его якорного места в доке Виктория, и притопить в канале, соединяющем оба дока. Итак, «запечатанный» Принсес-док мог держать свой уровень воды постоянным, когда он падал в море.
У входа в док Виктория поперек ворот затонули два водоналивных судна: одно — на внешнем рейде снаружи, другое — внутри, на акватории. Спасатели определили, что в док можно заводить суда, имеющие небольшую осадку, ширину не более чем 23 м, проводя их над затонувшими корпусами.
Они подняли корпуса двух судов: «Род эль Фарага» и «Бароды», отбуксировав их в северную часть бухты, и затопили. Однако третье судно, которое они попытались поднять, затонуло и полностью перекрыло вход в док. Спасательная команда привела буксир, оборудованный насосом. Спасатели спустили 12-дюймовые патрубки четырех дизельных насосов на затопленное судно, палубы которого осушались в отлив. Во время прилива вода переливалась через комингсы трюмов, затапливая их и, кроме того, через отверстия, прорезанные в бортах судна для стока воды во время отлива, поэтому спасатели бросились заваривать их, чтобы успеть к приливу. С его началом всеми средствами откачивали воду, но вода поднималась столь быстро, что качать пришлось с удвоенной силой и одновременно с осторожностью, ведь даже небольшая поломка одного из насосов могла бы привести к неудаче, и все пришлось бы начинать сначала. Работа продолжалась двое суток без перерыва. Судно удалось поднять над водой настолько, что его можно было отбуксировать к причалу, где оно тут же затонуло. Перемещение этого судна позволило спасателям поднять со дна еще один корпус затонувшего судна.
Затем спасатели нашли еще два выгоревших судна: «грязнуху», как называли шаланду для отвала грунта, и землечерпалку, котлы которых были целы. Матросы развели в них пары и по гибким шлангам дали пар на лебедки и шпили на неповрежденных судах, чтобы выгрузить из их трюмов груз.
Для того чтобы обеспечить движение судов в доках, решили расчистить дно бассейна до глубины 3 м. Между двумя буксирами на нужную глубину опустили на тросах рельс. Оба судна дали малый ход. Когда рельс задевал, буксиры стопорили ход, рельс поднимали и засекали место, где было препятствие.
Водолазы обследовали затонувшие суда и сделали эскизы их положения на грунте. Суда поднимали понтонами и плавкранами. Позже земснаряды углубили док-бассейн до 3,6 м.
Самая большая работа в доке Виктория заключалась в восстановлении 152-метрового пирса, в бетонном теле которого от взрывов образовались две огромные воронки. Было очевидно, что это можно сделать быстрее, если сначала осушить док-бассейн, что облегчало и расчистку его дна. При этом, конечно, был риск, что море с внешней стороны обрушит стены пустого дока, однако инженеры, проверив строительные чертежи, решили рискнуть. У входа в док со стороны моря установили батопорт, поставленный здесь впервые. Затем началась откачка тысяч тонн воды с помощью всех имеющихся средств.
На дне док-бассейна спасатели обнаружили затонувшее судно с неповрежденными котлами. На нем было два насоса, и механики решили добавить к ним еще четыре, снятые с других судов. Это судно завели в сухой док, где оно стало откачивать 2 тыс. т воды в час. Столько же воды откачивало речное водоналивное судно, оборудованное одиннадцатью бензиновыми и двумя паровыми насосами. В первые три дня непрерывной работы всех насосов уровень воды в доках не понизился ни на дюйм: течи и муссонные дожди добавляли столько же воды, сколько ее откачивали. Люди работали день и ночь, борясь с этим, и наконец уровень воды начал падать. На одиннадцатый день показалось дно, покрытое черной скользкой грязью.
Началось восстановление стенок доков. Сотни людей работали неделями, извлекая 30 тыс. куб. метров грунта с задней стороны старой стены, убирая 15 тыс. т камней с образованного взрывами «шельфа» и 10 тыс. куб. метров разрушенной каменной кладки уцелевшей стенки. Только на уборку камней и обломков ушло шесть недель.