Большинство приверженцев этого искусства в мире рассматривает как эталон именно японский стиль бонсай. Японские бонсай отличаются рафинированной естественностью и тонко выверенной гармонией. В отличие от китайской традиции, которая почти не изменилась за столетия, японская подразумевает более абстрактный подход. Если китайцы стремились к копированию естественных растений, а зачастую ландшафтов, то японцы почти всегда обходились и обходятся намеками и иносказаниями. Важным смысловым дополнением к бонсай стали камни – бонсэки и суйсэки, которые часто могли экспонироваться самостоятельно. Маленький камешек на деревянном постаментике рядом с бонсай может символизировать горную гряду, такой же камень в плоском бронзовом или керамическом поддоне, заполненном песком, олицетворяет остров в океане, а тонкая вертикальная прожилка кварцита означает водопад.
В Японию бонсай, это зернышко великой китайской цивилизации, прибыл на волнах распространяющегося дзэн-буддизма. В VI веке монахи секты Чань вместе с буддизмом из Китая в Японию завезли искусство чайной церемонии, икебаны (составления букетов), а вместе с ними и искусство создания миниатюрных деревьев. Грациозные крошечные деревья находят приют в буддистских монастырях. Именно в монастырской среде берут начало корни искусства выращивания «деревьев на подносах» в Японии. Как и в Китае, впоследствии занятие это стало привилегией знатных и богатых. К этому увлечению приобщаются самураи. Путь воина, оказывается, не чужд общению с прекрасным. Старинная легенда рассказывает, что, когда одному знатному аристократу пришлось бежать из своей страны, он пренебрег многими сокровищами, предпочтя им несколько карликовых деревьев, полученных в наследство.
Упоминание о ранних бонсай можно найти в письменах периода Камакура (1192–1382), где в хрониках храма Касуга встречаются изображения карликовых деревьев естественной формы – их называли «хатиуэ». Изображения бонсай мы можем увидеть на знаменитых иллюстрированных свитках настоятеля храма Хонена. На иллюстрациях деревья естественных форм, растущие в ванночках и расставленные на полке. Растения в сосудах уже в то время служили целям познания и эстетики. Хотя иллюстрированный свиток был создан в период Камакура, изображает он главным образом жизнь хэйанского периода (794–1191). Этот факт подтверждает, что бонсай существовал и раньше. В знаменитой пьесе «Хатино Ки» театра Но говорится о сливе, вишне, сосне как о горшечных растениях. В японских записях XII века о бонсай сказано как «о наслаждении, которое ты можешь найти в удивительных изгибах дерева, растущего в горшке». На свитках периода позднего Камакура (1249–1382) «Касуга гонгэн рэйгэнки», а также более поздних «Хонин сенин эдэн», «Иппэнкамихито эдэн» встречаются такие изображения хатиуэ, которые можно оценивать как ранний бонсай. Глядя на них, не трудно догадаться, что уже в то время травы и растения культивировались с использованием специальной посуды, ими украшались сады и жилища.
Что же видели японцы в этих деревьях? Несгибаемую волю к жизни и одновременно пластическую податливость, гибкость, благородную старость и возможность вечного обновления, внутреннюю дисциплину и самоконтроль. Каждый стиль бонсай символизировал определенные качества, воинскую доблесть, связь поколений, преемственность традиций, стойкость самурайского духа. Доподлинно известно, что уже в XIII веке изящные растения в не менее изящных сосудах становятся украшением садов и домов японской знати, став не только привилегией богатых, но и важным звеном в японской философии, связавшей воедино дух человека и древнюю веру в могущество природных сил. Культивирование бонсай стало неотъемлемой частью японской культуры, так как именно там оно приобрело статус искусства, получило законченную форму и канон, пережило свое становление и оттуда широко распространилось в мире. В поздний период Эдо (1600–1867), отображая жизнь простого народа, художники Утамаро, Хиронобу, Тоекуни, Харунобу, Киенага и другие рисовали растения и деревца, которые по форме стволов и ветвей не уступали современным совершенным бонсай.