В начальный период османской экспансии султаны сохранили, а в некоторых случаях и расширили роль кочевых племен, создав, по меткому выражению Рес¸ат Касаба, "подвижную империю". Правители разработали специальные правила для регулирования племенных дел, классифицировали племена и назначали племенных вождей для управления и сбора налогов. Они регулировали отношения между кочевниками и оседлым населением и защищали пути миграции. Кочевые племена выполняли важные функции по всей империи, обеспечивая торговые и коммуникационные сети, но особенно ценились на расширяющихся границах. Они использовались для захвата завоеванных территорий, где политические структуры были слабыми, а местные общины разрушены или рассеяны. В первые века, когда кавалерия была доминирующим родом войск, они выступали в качестве мощной военной силы. В XIV веке на Балканах спонтанная миграция 10 000 кочевников, соединившихся с влахами и албанцами, подготовила почву для последующего завоевания регулярной армией. В XIV веке чепни-туркмены из Черноморского региона были переселены в северную Албанию. Правительство также прибегало к принудительной миграции, чтобы наказать непокорных. В 1502 году семьи землевладельцев из приграничных районов восточной Анатолии, симпатизировавшие иранским Сефевидам, были насильно переселены в Морею, а в 1570-х годах мятежные племена из восточной Анатолии были перевезены на Кипр.
В ходе эволюции от кочево-племенной организации к оседло-имперскому государству, особенно после завоевания Константинополя, перемещения населения использовались для укрепления городской экономики. Завоевав Константинополь с его истощенным греческим населением, Мехмед II приказал массово переселить крестьян из недавно завоеванных земель Сербии и Мореи в окрестности своей новой столицы, переименованной в Стамбул. В 1455 году он выселил все еврейские общины на Балканах и поселил их в Стамбуле, чтобы стимулировать его экономическую жизнь. На протяжении всего своего правления он продолжал привозить другие этнические группы, армян, греков и мусульман, чтобы заселить столицу.
Обращение в суннитскую ветвь ислама, по-видимому, сыграло более значительную роль в исламизации Балкан, чем колонизация, хотя цифры трудно найти. Процесс обращения в ислам также вызвал активные дебаты между историками, которые подчеркивают либо добровольное, "социальное", либо принудительное обращение. Есть свидетельства с обеих сторон. Начиная с начала XII века, призыв немусульманских, в основном крестьянских, мальчиков в ряды элитного военного формирования янычарского корпуса обеспечил около 200 000 принудительных обращений в ислам, хотя некоторые христианские семьи также рассматривали этот институт как средство социальной мобильности.
За исключением янычар, обращение в христианство началось медленно, и, по словам Антона Минкова, прошло три периода: "новаторов" и "ранних последователей", завершившихся к 1530-м годам; и "раннего большинства", ускорившегося в 1640-х годах и достигшего своего пика во второй четверти XVIII века, когда, по оценкам, 50 процентов мусульманского населения Балкан были новообращенными. В восемнадцатом веке обращение в другую веру внезапно прекратилось. Отчасти это было связано с ростом фундаментализма, который предъявлял более высокие требования к новообращенным, а отчасти - с социальными и экономическими изменениями, которые сводили на нет практические преимущества обращения. К 1831 году общая доля мусульман на Балканах сократилась до 37 процентов. Однако картина распределения сильно различалась. Мусульмане были особенно сильны в пограничных районах, сталкивающихся с империей Габсбургов: в Албании и Косово их доля достигала более 70 процентов, в Македонии - почти 40 процентов, а в Боснии и Герцеговине - 50 процентов.
Широкомасштабное добровольное обращение боснийской знати и крестьянства в ислам было исключительным явлением на протяженных границах между христианством и исламом. Существуют некоторые споры о том, почему это произошло. По всей видимости, свою роль сыграл целый ряд факторов; все они, однако, были обусловлены "привилегированным положением, которое Босния заняла уже в XVI веке как важнейшая пограничная провинция Османской Европы". Отчасти решение о переходе в другую веру было обусловлено особенностями социально-экономической жизни Боснии. За османской политикой наделения тимарами (землей в обмен на службу государству) местной христианской элиты и ее обращением в ислам последовало обращение крестьян и зависимого населения. Одновременно крестьяне обращались в ислам, чтобы избежать тяжелой трудовой повинности своих помещиков-христиан.55 Отчасти обращению способствовало отсутствие в регионе четко очерченной границы веры. На внешних границах после древнего разделения на греческое и латинское христианство "ни одна из конфессий не имела сильной организации, связывающей ее членов с церковью ни верой, ни убеждениями, ни чувством общности", по словам Джона В.А. Файна, "смена религии была общим разнонаправленным явлением". Местные народные традиции, характерные как для христианства, так и для ислама, сосуществовали и смешивались. Граница между ними легко преодолевалась.