Китайцам удалось удержать Внутреннюю Монголию. Там был заложен принцип неравенства между пятью расами: ханьцами (китайцами) и четырьмя народами пограничных территорий - маньчжурами, монголами, мусульманами и тибетцами. Но соперничающие правительства - на севере при Юань Шикае и на юге при Сунь Ят-сене - не могли договориться о том, как ее реализовать. Юань Шикай надеялся вернуть верность халкских монголов, укрепив власть местных монгольских князей. Чтобы добиться одобрения, он назначил генеральным директором монголо-тибетского министерства принца Гунсаньнорбу, лидера реформаторского движения, на которое повлияла реставрация Мэйдзи в Японии и которое было предостережено провалом "Ста дней реформ" в Китае. Однако принц восхищался Сунь Ят-сеном и вступил в Гоминьдан, проводя реформы с помощью молодых интеллектуалов, получивших образование в Японии. Его скромные инициативы вызвали недовольство консервативной знати, но не привлекли его более демократически настроенных сторонников.
Когда в 1916 году умер Юань Шикай, в Северном Китае началась гражданская война, грозившая перекинуться на Внутреннюю Монголию. Японцы выразили обеспокоенность нарушением общественного порядка в своей области - восточной Внутренней Монголии, что вызвало опасения среди интеллигенции, что это было прелюдией к интервенции. Элита разрывалась между сторонниками правительства в Пекине, которые хотели сохранить традиционную власть князей, и демократическим режимом Гоминьдана на юге, который обещал автономию; было лишь несколько энтузиастов панмонгольского объединения с Внешней Монголией. Оуэн Латтимор объяснил неудачу монгольского единства противодействием князей Внутренней Монголии с их тесными экономическими связями с Китаем, которые боялись, что их затмят их коллеги во Внешней Монголии, и считали, что смогут обеспечить свою власть за счет слабого республиканского правительства в Пекине. Еще более мощным сдерживающим фактором было противодействие русских и японцев.
Третья часть монгольских народов была включена в состав Российской империи в 1689 году по Нерчинскому договору с Китаем. Попытки русских интегрировать их начались с того, что они стали называть малоизвестным этнонимом "буряты" множество родов, считавших себя частью первоначального юрта Чингисхана. Некоторые из них были коренными жителями Забайкалья, другие мигрировали с маньчжурской территории. Они называли свой регион "задней страной", чтобы намекнуть, что он был резервуаром монгольской силы в трудные времена или, как выразился один русский чиновник, своего рода "Запорожской Сечью". Колонизация кардинально повлияла на уклад жизни монголов. Несмотря на указы Петра о сохранении их исконных земель, русские колонисты постепенно занимали большие участки богатых пастбищных земель, что стало еще одним эпизодом экологической борьбы за пограничные земли. Тем не менее, между русскими и монголами наблюдались признаки межкультурных контактов и экономического сотрудничества, которые имели свою параллель во Внутренней Монголии между китайцами и монголами. Если Внутренняя Монголия была в значительной степени синизирована, то Бурятская Монголия была в равной степени русифицирована. Когда Российская и Китайская империи распались, две наиболее интегрированные части монгольского народа остались в своих соответствующих государствах-преемниках, вместо того чтобы присоединиться к движению за монгольское единство.