Тем временем между Сербской национальной скупщиной на Корфу, Югославским комитетом в Лондоне и другими югославскими эмигрантскими организациями возникли разногласия по поводу структуры будущего государства и контроля над добровольцами. Через год в России была сформирована Вторая дивизия, в которой сербы по-прежнему составляли большинство, но в нее вошло больше хорватов и словенцев, чем раньше. Хотя она носила название Сербской, Хорватской и Словенской дивизии, ее сербские командиры считали ее полностью интегрированным подразделением сербской армии. Это привело к массовому увольнению хорватских и словенских офицеров и мужчин, которые присоединились к русским частям.
Вторая дивизия испытывала дополнительные проблемы с моральным духом и дезертирством, особенно после русской революции в феврале 1917 года. Она была эвакуирована через Архангел и Сибирь во Владивосток. Обе дивизии были восстановлены и перевооружены экспедиционными силами союзников в Салониках под французским командованием, где они присоединились к остаткам регулярной сербской армии. Как и в случае с Чешским легионом, военные подвиги Первой сербской дивизии на Салоникском фронте были превознесены в послевоенной националистической литературе и превращены в основополагающий миф югославского (читай великосербского) государства.
Тем временем в горах оккупированной Сербии и Черногории формировалась другая сербская боевая сила. В феврале 1917 года в оккупированной Болгарии произошло стихийное сербское восстание - Македония на протяжении многих поколений была нестабильной пограничной территорией, - которое было подавлено немецкими и австрийскими войсками. Но возникли группы партизан, называемые комитаджи, которые вели "малую войну" (maly rat), используя те же термины и символы, которые использовались в борьбе с турками в XVI и XVII веках. Лидеры национального сопротивления во Второй мировой войне, такие как Коста Печанац и Дража Михайлович, получили свои шпоры в партизанских боях 1917-1918 годов. В 1918 году партизанская война быстро распространилась среди беглецов из габсбургской армии, укрывавшихся в лесах. Комитаджи присоединились к Салоникским войскам, которые пробивались в Сербию через Македонию. Им даже удалось освободить некоторые районы до прибытия регулярных сербских дивизий. Объединенная национальная армия вновь заняла Косово и начала репрессии против албанских банд и предполагаемых коллаборационистов с Габсбургами. В Боснию прибыло подкрепление из местных партизанских отрядов, которые сражались против мусульманско-хорватского шюцкорпуса, сформированного габсбургским командующим для подавления "бандитизма".
Осенью 1918 года Хорватия погрузилась в состояние, близкое к анархии. Самую серьезную угрозу сплоченности габсбургской армии представляли военнопленные, освобожденные по условиям Брест-Литовского договора. До 200 000 человек вернулись в монархию; большинство из них были настроены враждебно по отношению к продолжению войны. Хотя правительство Габсбургов интернировало их, опасаясь распространения "красной волны", те, кого отправили обратно в свои части, способствовали подрыву морального духа; другие отказались вновь поступать на службу.
В Боснии вспыхнули коммунальные столкновения между сербами и мусульманами. В Словении и Хорватии местные сторонники югославского движения призвали сербские войска предотвратить наступление итальянской армии и восстановить общественный порядок. Югославский национальный совет распустил хорватские военные части армии Габсбургов. Сербские войска также двинулись в Воеводину и Банат, чтобы оспорить территориальные претензии венгров и румын и создать основу для окончательной делимитации границ.